De polder Vrouwgeest werd ca. 1634 gesticht. In verband met vervening en droogmaking waren deze polder en een gedeelte van de polder Gnephoek van 1756 tot 1813 samengevoegd onder de benaming Veen- en Droogmaking in de Gecombineerde Gnephoek- en Vrouwgeestpolder. Het consent tot vervenen, bedijken en droogmaken werd op 4 oktober 1756 door hoogheemraden van Rijnland verleend.
Na de uitvening is de polder tussen 1797 en 1799 drooggemaakt door de toen nieuw gebouwde Vrouwgeestmolen. Een wipmolen, die de polder voor de volledige uitvening bemaalde, moet rond die tijd zijn afgebroken.

Tot 1968 werd de polder Vrouwgeest (ca. 150 ha.; opvoerhoogte 4,20 m.) aldus bemalen. Vanwege de samenvoeging met de polder Oudendijk tot één bemalingseenheid kwam de molen in dat jaar officieel buiten bedrijf. Op vrijwillige basis werd er evenwel nog wel gemalen.

In 1981/'82 werd bij een grote restauratie de kap vrijwel geheel vernieuwd; in 2004 kreeg de molen nieuwe roeden en in het late voorjaar van 2009 een nieuw rietdek.
In het najaar van 2014 verving men de fokken: de binnenroede behield de remkleppen, op de buitenroede bleef het bij steekborden. Ook kreeg de molen een nieuwe korte spruit.

Begin 2020 gebeurde iets opmerkelijks: het gemaal dat de polder drooghield bleek defect en wel in die mate, dat het Hoogheemraadschap van Rijnland in eerste instantie koos voor de bouw van een nieuw gemaal. Als gevolg heeft de molen toen een tijdlang als vanouds de polder moeten bemalen. Uiteindelijk heeft men toch het gemaal gerepareerd en geen nieuw gebouwd. 
Vervolgens was de molen aan de beurt: van 9 juni tot 14 juli werden voorwaterloop en kruiwerk grondig nagekeken.

Sinds de oplevering, Kerstmis 1797, maalt de familie Vrolijk hier van vader op zoon:
Cornelis Vrolijk (1797 - 1829)
Jan Vrolijk (1829 - 1873)
Art Vrolijk (1873 - 1915)
Cornelis Willem Vrolijk (1915 - 1950)
Karel Vrolijk (1950 - 2008)
Hans Vrolijk (2008 - )