Molen 'De Gooyer' is een oorspronkelijk omstreeks 1725 gebouwde en als korenmolen ingerichte bovenkruier met stelling.
De aan de noordoostzijde van de oude stad, nabij het Funen gelegen molen beheerst, door zijn grote afmetingen hier ter plaatse in belangrijke mate het stadsbeeld.
De vroegste geschiedenis met betrekking tot deze molen voert terug tot in de 16de eeuw. De molen bestond reeds bij het uitbreken van de 80-jarige oorlog en werd in 1572 door Lumey vernield, te samen met alle andere gebouwen rondom de muren van Amsterdam. Eerst ca. 20 jaar later werd bij herbouwd door de zoon van de toenmalige eigenaar. In 1603 werd de ene helft en in 1609 de andere verkocht aan Claes en Jan Willemsz., gebroeders uit Gooiland. De naam 'De Gooyer' stamt uit deze tijd.
In 1620 wordt bij vermeld als 'De Goyermolen'. Deze molen - een standerdmolen zoals vrijwel alle korenmolens uit die tijd - werd, mogelijk vanwege windbelemmering als gevolg van de stadsuitleg in 1613, rond 1640 verplaatst naar de oostzijde van de Amstel. De doortrekking van de vestinggordel van de stad leidde in 1662 of kort hierna nogmaals tot verplaatsing en wel naar het bolwerk Oosterbeer.
In of omstreeks 1725 is de vermoedelijke standerdmolen vervangen door de huidige achtkante bovenkruier met stelling. In 1814 werd de molen, vanwege windbelemmering door een in 1811 gebouwde kazerne, op stadskosten verplaatst naar de stenen voet van een van de twee in 1812 afgebroken stadswatermolens, die in de nabijheid hadden gestaan. Deze stadswatermolens waren oorspronkelijk in 1688 gebouwd aan de Zeeburg voor de waterverversing van de stad, maar in 1759 verplaatst naar het Funen. In 1904 werd onder in 'De Gooyer', die in 1843 twee koppels stenen bezat, een gasmotor geplaatst. Omstreeks 1920 is de windmolen buiten bedrijf gekomen, maar het maalbedrijf werd tot het eind van de jaren twintig voortgezet met een op de begane grond geplaatste en door een zuiggasmotor aangedreven maalinrichting. In 1927 was de in slechte staat geraakte stelling al niet meer aanwezig.
Nadat al omstreeks 1918 was overwogen de wieken te verwijderen, werd in 1928 de in verval verkerende molen door de gemeente aangekocht.
In 1929-1930 vond algehele restauratie plaats en het bij die gelegenheid aangebrachte stroomlijn-wieksysteem Dekker, maakte 'De Gooyer' tot de eerste verdekkerde korenmolen in ons land. Na in de Tweede Wereldoorlog veel voor particulieren te hebben gemalen, is de molen nog tot in het eind van de jaren veertig regelmatig in gebruik geweest. Sindsdien werd bij echter alleen nog maar op geregelde tijden in werking gesteld.
Op 13 november 1972 sloeg de molen als gevolg van een zware storm op hol, waardoor as en wiekenkruis werden verspeeld en zware schade werd aangericht. Algehele verwoesting als gevolg van brand kon echter worden voorkomen en na het gereedkomen van de herstelwerkzaamheden in 1976 wordt de molen nu weer met regelmaat in werking gesteld.