De huidige molen verving in 1893 op de zelfde plek een standerdmolen, die eeuwenlang op deze plaats op de noordelijke stadsmuur heeft gestaan. Van onderdelen van de standerdmolen werd gebruik gemaakt; zo is de standerd in vier stukken gezaagd en op die manier in diverse zolderbalken verwerkt. Verder is het spoorwiel het omgebouwde bovenwiel van de voorganger.

In 1934 werd de molen, toen buiten bedrijf gekomen, inwendig grotendeels uitgesloopt en verbouwd tot café-restaurant. Zo waren in de kap enige vensters gemaakt om de molen te laten fungeren als uitkijktoren. Vanaf dat moment werd meestal gesproken over 'De  Panoramamolen'. De stelling fungeerde, bereikbaar via een trap, als terras. Later werd het gedeelte onder de stelling afgetimmerd en werd het café vanaf de begane grond geëxploiteerd. Tenslotte stond de molen erbij als romp met wiekenkruis, maar zonder staart.
In mei 1940 raakte de molen tijdens de zware gevechten tussen Nederlandse en Duitse troepen om de Grebbelinie slechts licht beschadigd: een flink gat in de stenen romp, veroorzaakt door een kanonskogel, is later vermaakt tot een rond venster.

In 1957 volgde een restauratie, waarbij de molen uitwendig weer grotendeels een molen werd door het aanbrengen van een staart. Ook is de molen toen krui- en draaivaardig gemaakt. Beide oude roeden, kennelijk van Belgisch fabrikaat, waren onbetrouwbaar geworden en zijn toen vervangen door uit Groningen afkomstige tweedehands roeden. Dit werk is uitgevoerd door molenmaker De Roos uit Leeuwarden.
Intussen bleef de molen in gebruik als café-restaurant, pas in 1968 beeindigde men dit.

IN 1969 besloot de gemeente Rhenen, de molen voor ƒ 1,-- aan de Stichting De Utrechtse Molens te verkopen. Onder de nieuwe eigenaar werd in 1970 een restauratie uitgevoerd. Bij deze gelegenheid is de maalfunctie niet hersteld, in plaats daarvan verbouwde men de molen tot woning.

De Binnenmolen draaide sindsdien weer regelmatig, al is er uit sommige hoeken forse windbelemmering door de omringende bomen.

Eind 2021 heeft men deze molen, net als vele andere van de SDUM, preventief stilgezet: onderzoek naar de kwaliteit van de roeden had problemen aangetoond. Hier lijkt het ook voor de hand te liggen dat de inmiddels behoorlijk op leeftijd zijnde Derckx-roede is uitgediend. Een oplossing voor deze molen is nog niet op korte termijn voorzien.