De molen werd 1744 gebouwd voor de bisschop van Antwerpen, mgr. G.P. de Herzelles, als opvolger van een eeuwenoude standerdmolen, vele jaren eigendom van St. Bernardsabdij te Bornem. Etten-Leur viel tussen 1561 en 1795 nog onder het bisdom van Antwerpen.
De molen gaf de bisschop een vaste bron van inkomsten. Op de groene molenbaard staat in geel ANNO 1744 met links het wapen van de bisschop van Antwerpen en rechts het wapen van de gemeente Etten-Leur met er tussenin een zonnerad als symbool van vruchtbaarheid.
Alle onderhorigen in de Heerlijkheid Breda waren tot het einde van de 18e eeuw verplicht hun graan op de molen in Etten of Hoeven te laten malen. De ingezetenen moesten gebruik maken van deze dwangmolen en hiervoor maalloon betalen.
Na de Vrede van Munster in 1648 lieten de Oranjes de kerkelijke goederen in de dekenaten Breda en Bergen op Zoom ongemoeid. De bisschoppelijke rentmeester kon de molen in Etten en Hoeven daardoor elke zes jaar blijven verpachten. In 1795 werden alle goederen van het bisdom Antwerpen in beslag genomen door de Fransen en bij tractaat van 1800 aan het nieuwe bewind in de Bataafse Republiek overgedragen. De Bisschopsmolen, waar toen nog vlakbij een rosmolen stond, werd hierdoor staatsdomein.

De familie van pachter Adriaan Verdiesen werd in 1832 de eerste particuliere moleneigenaar, reeds vanaf 1814 pachter van de molen. Verdiesen ging vanwege de hevige concurrentie van onder andere de nabij gelegen, in 1836 gebouwde korenmolen van Coppes, vanaf 1842 tevens schors malen.
In 1903 begon de toenmalige eigenaar Antonius Jos. Claassen uit Weert de mechanisatie. Eerst werd een petroleummotor geplaatst die in 1928 is vervangen door een 28 PK electromotor.
In 1939 zijn een nieuwe kap en Van Bussel-wieken geplaatst die tijdens een zware novemberstorm in 1940 sneuvelden. Als gevolg van een gebroken bezetketting draaide de kap achterstevoren en sprong de gietijzeren bovenas uit 1874 van zijn plaats, waardoor het wiekenkruis met ijzeren Pot roeden voorover door de stelling sloeg.
Oorspronkelijk had de molen drie maalkoppels, waarvan twee koppels 17er kunststenen resteren. Het verwijderde koppel 16er maalstenen ligt voor de moleningang.

Na het stilleggen van het maalbedrijf is de molen in 1959 voor één gulden aan de gemeente Etten-Leur verkocht. In 1962 volgde een grondige restauratie, waarbij onder andere het metselwerk van de romp is hersteld en nieuwe zoldervloeren zijn gelegd. Vanaf 1963 tot en met 1989 werd de molen verhuurd aan graan- en kunstmesthandelaar Guus Dirven, die tevens een dierenspeciaalzaak in de molen vestigde.
In 1966 is de molen weer maalvaardig gemaakt, drie jaar later werd de stelling vernieuwd en in 1972 zijn de herstelwerkzaamheden afgerond. Vanwege het ontbreken van de tempelbalk in de kap, moesten in 1983 de verzakte kap en kruivloer aan de zuidwest kant worden vervangen.
In 1989 is de romp geheel opnieuw gevoegd en zijn de luitafel, kruibok, kuip en kaarbomen gerestaureerd. De molen kampte echter met ernstige vochtproblemen, met als gevolg rottende draagbalken, waarna de vloer onder de maalstenen en alle koppen op de zuidwestkant werden in 1994 vervangen. Een jaar later werd de molen wegens instortingsgevaar in de steigers gezet om de romp op ambachtelijke wijze weer opnieuw te voegen. Na het aanbrengen van nieuw hekwerk op de wieken en ijzeren spruiten en een staart was de molen in 1999 weer draaivaardig.
Door de hogere bomen en bebouwing is de molenbiotoop echter aanzienlijk verslechterd de laatste jaren. In de molen is tevens een verzameling oud gebruiks- en electrisch gereedschap ondergebracht. Op de begane grond is vanaf 1990 klokkenmakerij Van Os gevestigd.