Voorgangers van de huidige molen waren drie standerdmolens, banmolens van de Heer van Breda, Raso II van Gaveren. Deze edelman verkocht in 1292 het terrein waarop destijds de molen van Etten stond aan de Cisterciënser Sint Bernardsabdij van Bornem aan de Schelde met het uitsluitend recht een nieuwe molen in Etten op te richten. Alle onderhorigen in de Heerlijkheid Breda waren tot het einde van de 18e eeuw verplicht hun graan op de molen in Etten of Hoeven te laten malen. De ingezetenen moesten gebruik maken van deze dwangmolen en hiervoor maalloon betalen. In 1559 werd de Sint Bernardsabdij ingelijfd in het nieuwe bisdom Antwerpen. Pas in 1649 leidde het verzet van de Bernardijnen hiertegen tot het ongedaan maken hiervan. Als compensatie mocht de Antwerpse bisschop een deel van de abdijgoederen, waaronder de molen van Etten, behouden.
De oorspronkelijke standerdmolen was in 1583 bij een inval verbrand, waarna er in 1596 een nieuwe standerdmolen verrees. Vanaf 1633 kan er van de Bisschopsmolen worden gesproken. Na de Vrede van Munster in 1648 lieten de Oranjes de kerkelijke goederen in de dekenaten Breda en Bergen op Zoom ongemoeid. De bisschoppelijke rentmeester kon de molen in Etten en Hoeven daardoor elke zes jaar blijven verpachten.
In 1795 werd dit anders: alle goederen van het bisdom Antwerpen werden in beslag genomen door de Fransen en bij tractaat van 1800 aan het nieuwe bewind in de Bataafse Republiek overgedragen. De Bisschopsmolen, waar toen nog vlakbij een rosmolen stond, werd hierdoor staatsdomein.

De huidige molen werd 1744 gebouwd, zoals reeds uit het voorafgaande verhaal is te concluderen, voor de bisschop van Antwerpen. Dat was toentertijd mgr. G.P. de Herzelles. Nicolaas Hoffen, molenmaker te Breda, nam op 23 juni 1743 het werk aan.

In 1800 was deze molen dus staatsdomeingoed van de Bataafse Republiek geworden. In 1837 ging het eigendom naar Adriaan Verdiesen uit Etten (die al sinds 1814 pachter was). Verdiesen overleed in 1847, waarna de molen aan zijn erfgenamen toeviel. Pas in 1876 werd bij de boedelscheiding de molen eigendom van Adriaans oudste zoon Johannes, die in 1879 overleed. De molen kwam nu in bezit van diens oudste zoon, die hem meer dan twintig jaar zou bemalen.
In 1902 werd de molen verkocht aan Antonius Jos. Claassen uit Weert die hem op zijn beurt in 1918 overdeed aan Adrianus Petrus Wijnen, landbouwer te Hoeven. Hijzelf werd hier geen molenaar, wel diens zoon Martinus Laurentius Gerardus. In 1930 werd deze laatste zelf eigenaar. In 1959 ging de molen over naar de gemeente Etten-Leur.

Tot zover even de geschiedenis van vooral het eigendom van deze molen, over de molen zelf valt ook het nodige te vertellen.
Zo is de molen in 1939, na een periode van behoorlijke verwaarlozing grondig hersteld: men stak twee (tweedehands) roeden, die meteen het systeem Van Bussel kregen, een ijzeren staartbalk en een nieuw achterkeuvelens, dat achteroverhellend werd gemaakt in verband met het afdruipen van het regenwater (dat anders op de korte spruit zou stromen). De vangstok werd vervangen door een trommel en tenslotte werd de kap bekleed met Icopal.

Niet lang daarna, bij de beruchte storm van 14 november 1940, ging het mis: als gevolg van een gebroken bezetketting draaide de kap achterstevoren, de molen ging achteruit draaien, waarna de bovenas uit de springbeugel schoot. Hierdoor sloeg het wiekenkruis voorover door de stelling, maar gelukkig brak de bovenas niet; er zijn foto's bekend waarop de pen van de as door de kap heen steekt! Kort daarna is die schade weer hersteld.
Volgens de vroegere molenaar Tinus Wijnen, overleden 1989, waren de roeden na het ongeluk in 1940 te beschadigd om nog te gebruiken en is in plaats daarvan een stel oude poldermolenroeden. Niet bekend is vooralsnog, hoe dat precies is gegaan en van welke molen die roeden dan afkomstig zouden zijn geweest.

Oorspronkelijk had de molen drie koppel maalstenen, daarvan resteren er nog twee. Het verwijderde koppel 16der stenen ligt voor de moleningang.

Na het stilleggen van het maalbedrijf is de molen in 1959 voor ƒ 1,-- aan de gemeente Etten-Leur verkocht. In 1962 volgde een grondige restauratie, waarbij onder andere het metselwerk van de romp is hersteld en enkele zoldervloeren vernieuwd. De vloeren onder de maalstenen zijn toen niet vervangen (inderdaad is dat gecompliceerd werk) en dat had als resultaat, dat door vochtinwerking de liggers van beide koppel later scheurden.
Vanaf 1963 tot en met 1989 werd de molen verhuurd aan graan- en kunstmesthandelaar Guus Dirven, die tevens een dierenspeciaalzaak in de molen vestigde.

In 1966 is de molen weer maalvaardig gemaakt, drie jaar later werd de stelling vernieuwd en in 1972 zijn de werkzaamheden afgerond. Vanwege het ontbreken van de tempelbalk in de kap, moesten in 1983 de verzakte kap en kruivloer aan de zuidwest kant worden vervangen.
In 1989 is de romp geheel opnieuw gevoegd en zijn in eigen beheer luitafel, kruibok, kuip en kaarbomen gerestaureerd. In datzelfde jaar vond men een nieuwe huurder voor de onderbouw: een klokkenmaker.

De molen kampte ondertussen nog steeds met ernstige vochtproblemen, met als gevolg rottende draagbalken, waarna de vloer onder de maalstenen en alle koppen op de zuidwestkant werden in 1994 vervangen. Een jaar later werden steigers gezet om de romp op ambachtelijke wijze te voegen. Na het aanbrengen van nieuw hekwerk op de wieken en ijzeren spruiten en een staart was de molen in 1999 weer draaivaardig.
Op 1 december 2006 werd, nadat delen van gaande-, krui- en ook maalwerk waren vervangen, voor het eerst sinds 1960 weer gemalen.

Op 1 april 2017 vertrok de klokkenmaker. Het binnenwerk zal nu vermoedelijk verder aangevuld worden met een oude graanschoner, een kleine mengketel en jacobsladders, alle afkomstig uit de loods van de Heimolen uit Rucphen maar nu nog op de graanzolder opgeslagen. Met een graanbedrijf zijn afspraken gemaakt zodat de molen steeds voldoende aanbod van maalgoed zal hebben.