De beginselen van een watermolen op deze plaats dateren vermoedelijk al uit de 7de eeuw. Daarmee zou dit de oudste nog op dezelfde plaats bestaande watermolen van Nederland zijn.

De eerste historische vermelding dateert uit 1092. In die tijd was deze molen eigendom van Godfried van Bouillon. Die beantwoordde de oproep tot de eerste kruistocht van paus Urbanus II en trok met zijn leger naar Jeruzalem om daar de Turken te bevechten. Uiteraard kostte dit een vermogen dat hij verkreeg door zijn bezittingen te verpanden, waaronder ook deze molen op de Jeker in Maastricht. De molen kwam in handen van de Bisschop van Luik, die samen met de Hertog van Brabant de stad Maastricht bestuurde.

In 1291 wordt de Bisschopsmolen voor het eerst vermeld als brouwersmolen. De molen komt dan ook in het bezit van het brouwersgilde in 1438 die hier ook tijdelijk hun luibe (gildehuis) in vestigden. Het brouwersgilde zorgde ook voor de verfraaiing van de voorgevel van de Bisschopsmolen. Men brengt dan ook het gildeteken van de brouwers aan op de voorzijde van de Bisschopsmolen in 1442. Vanaf dat moment is de Bisschopsmolen onderdeel van het maken van bier voor alle Franstalige Maastrichtenaren.

De huidige achtergevel van de Bisschopsmolen werd gebouwd in 1609. In het begin van de 17e eeuw wordt ook de huidige voorgevel gebouwd. Bovenin is het prachtige logo van de gilde van de Bierbrouwers te zien. Het is een kom met twee roerspannen om het bierbeslag te maken.

Al die tijd was de Jeker met haar snelle stroming een ideale krachtbron voor watermolens. Rond 1500 waren er binnen de stadsmuren van Maastricht dan ook zo'n 15 tot 20 werkzaam (en nog veel meer in de wijdere omgeving).

In 1801 bouwde men deze molen om, zodat het meer een graanmolen dan brouwersmolen wordt. Het huidige gaandewerk moet omstreeks 1875 zijn aangebracht.
De laatste beroepsmolenaar was Frans Crijns, die in 1924 ook het nu nog in gebruik zijnde geklonken waterrad liet plaatsen. Zijn naam is nog in de achtergevel links te vinden.

Na diverse eigenaren besluit de gemeente Maastricht in 1957 om de molen te restaureren. In 1977 wordt de molen verplaatst van half boven de Jeker tot naast de Jeker.

In 2004 onderging de molen een uitvoerige restauratie; in mei 2005 volgde een feestelijke ingebruikstelling. Sindsdien wordt er dagelijks gemalen. De productie is grotendeels bestemd voor ambachtelijk bier maar ook voor de eigen bakkerij.