De voorganger van de huidige molen, een ronde stenen grondzeiler op een 200 m. oostelijker gelegen hoge belt, brandde in 1870 af. Vanwege de bepaling dat molens niet te dicht bij de openbare weg mochten worden gebouwd, verrees dus op een andere plaats een grote stenen stellingmolen met vijf zolders en een zeer uitgebreid gaandewerk.
Vroeger was de begane grond deels paardenstal; verder lag er over vrijwel de gehele oppervlakte een tussenzolder circa 1,15 m. onder de vloer van de eerste van de vijf zolders voor opslag van hooi en stro.

In 1933 werd deze molen door molenmaker Klaas de Troije uit Middelburg voorzien van het systeem Dekker. Dit voldeed zeer goed en men maalde dan ook veelvuldig op windkracht.

Helaas sloeg de zeer zware storm van 14 november 1940, die zoveel molens in Nederland en België verwoestte of zwaar beschadigde, ook hier toe: de as brak, als gevolg viel het wiekenkruis naar beneden en dat nam in zijn val een groot deel van de stelling mee. Vermoedelijk zijn daarna de restanten van de kap weggewaaid; een foto uit november 1940 laat zien, dat van de kap eigenlijk alleen nog bovenwiel, vang, voeghouten, windpeluw en korte spruit aanwezig zijn.
De Troije maakte de molen snel weer maalvaardig, zij het op motorkracht, aan herstel van de windmolen viel met deze schade, zeker in oorlogstijd, niet te denken. Op de steenzolder maakte een koppel stenen plaats voor een 40 PK elektromotor; deze kon het spoorwiel aandrijven en daarmee al het andere werk. Van buiten resteerde de stenen romp met twee kleine balkons bij de stellingdeuren. 

Vele jaren is vervolgens op motorkracht gemalen. In de schuur stond een trieur met 3 Pk elektromotor. Van de maal- naar de steenzolder werd in 1962 een elevator met kleine transportschroef en 2 Pk elektromotor geplaatst. Ondertussen bleef de pelsteen, aangebracht onder de vloer van de steenzolder, bewaard.
In 1967 werden de trieur en de buil op de eerste zolder verwijderd; de in een aparte schuur uit 1893 opgestelde 40 Pk ruwoliemotor voor aandrijving van twee koppel stenen werd tijdens de inundatie van Walcheren (1944) verwoest.
In 1953 richtte eigenaar G.J. de Regt Gzn. de firma G.J. de Regt en Zn op. Na de ontbinding hiervan kreeg C. de Regt in 1956 de molen toebedeeld.

Al zeer lang waren er plannen om deze fraai gelegen en van binnen geheel maalvaardig gebleven molen in ere te herstellen. In 1980 kocht de toenmalige gemeente Valkenisse de molen van J.W. de Regt, inmiddels de vierde generatie uit deze familie. 

In 1981 werd alles werkelijkheid: de stenen romp werd voorzien van een nieuwe kap, bovenas, roeden en stelling en zelf opnieuw gewit, net als dat vóór 1933 het geval was geweest. In 1982 werd een prachtige molen opgeleverd. Sindsdien wordt er regelmatig gedraaid en ook gemalen.

In 1998/99 werden diverse balken gerepareerd en de molen opnieuw gepleisterd. In de zomer van 2005 zijn keerklossen en roedwiggen, die slecht waren, vernieuwd. Ook werd het gaandewerk (sporing van de wielen e.d.) nagekeken.
In 2006 was de molen, als gevolg van de slechte staat van het staartwerk, enige tijd niet draaivaardig. In augustus 2007 zijn de staart en het achterkeuvelens vrijwel geheel vernieuwd, waarmee weer sprake was van een maalvaardige molen.
Eind 2009 stond de molen in de steigers, vanwege omvangrijk herstel aan het stucwerk. Ook werden voorkeuvelens en kapbedekking vernieuwd. In november 2016 stond de molen opnieuw geheel in de steigers om geheel te worden geschilderd: de romp kreeg nu een licht grijze kleur en ook de witte boogjes boven de ramen en deuren heeft men, zoals dat vroeger ook was, teruggebracht.

In 2017 probeerden de molenaars het pelwerk weer uit, onder meer voor haver en emmertarwe (een oude graansoort) en dit bleek een succes: tegenwoordig wordt dus niet alleen gemalen maar ook geregeld gepeld voor boeren en molenaars in de omgeving.

In het voorjaar van 2023 werd vastgesteld dat beide, ruime 40 jaar oude, roeden niet best meer zijn (zo waren enkele stuiklassen 'door'). In afwachting van nieuwe roeden staat de molen daarom stil. 
De Lelie blijft echter open voor bezoek en verkoop van meelproducten! Malen doet men ondertussen zoveel mogelijk op windkracht, maar dan in Aagtekerke.