Molen De Ooievaar is een oorspronkelijk in of kort voor 1622 als oliemolen gebouwde achtkante bovenkruier met stelling.
Van oorsprong is deze molen afkomstig uit Assendelft, waar hij in of kort voor 1622 als naamloze oliemolen werd gebouwd aan de Delft, tegenover de Kerkbuurt. In genoemd jaar blijkt Gerbrand Cornelisz Houtkoper schuldig aan Anna van Renesse, Vrijvrouwe van Assendelft een recognitie van 4 ponden s jaars, om te erigeren een oliemolen in de Heerlijkheid, staande op Jan Baningersloot, aan de Delft.
In 1669 werd de molen gekocht door Cornelis Adriaensz. van der Ley, die hem liet afbreken en herbouwen aan de Kalverringdijk te Zaandam.

In 1897 verkocht de toenmalige eigenaar de al geruime tijd stilstaande molen, waarna de nieuwe eigenaar hem ging gebruiken voor het malen van doppen. Dit duurde slechts enkele jaren, waarna werd overgeschakeld op de verwerking van cacaoafval. Tenslotte werd een elektromotor geplaatst voor de aandrijving van het gaande werk. Omstreeks 1934 werd deze vervangen door een petroleummotor waarna in 1936 de windkracht geheel buiten gebruik kwam. De stilstaande molen bood nadien al spoedig een totaal verwaarloosde aanblik.
In juni 1936 stond de molen bij de officiële ingebruikname van de Julianabrug door de toenmalige kroonprinses Juliana, nog op Zaanse wijze 'mooi'. Potsierlijk, want de molen was op dat moment min of meer slooprijp.

Het verval ging vervolgens in razend tempo verder. Omstreeks 1955, toen de oude Bertus Battem de molen eindelijk had verkocht, wilde de nieuwe eigenaar Gruys direct van de molen af om op die locatie een nieuw bedrijf te stichten. De sloper werd besteld. 
Zover kwam het niet: op initiatief van een aantal Zaanse molenvrienden werd de sloop uitgesteld. In 1955 werd de molen (niet de schuur, die bleef van Gruys!) eigendom van de Vereniging De Zaansche Molen en in het daarop volgende jaar werd de molen geheel gerestaureerd.

Deze restauratie was - zeker voor die tijd - grensverleggend en veel meer een reconstructie dan een restauratie: het bovenachtkant was dermate slecht, dat dit geheel moest worden vernieuwd. Toentertijd was in Nederland in geen tientallen jaren een nieuw bovenachtkant gemaakt. Kap en stelling moesten ook geheel nieuw. Verder vereiste deze reuzenklus veel gespecialiseerde kennis van de molenmakers Husslage wat het oliewerk betreft: tot twee keer toe keurden zij een balk, bestemd voor de nieuwe wentelas, af. Tenslotte werd in het oosten van Nederland een bruikbare eik gevonden. Voor de roeden werd volstaan met twee uit de provincie Groningen afkomstige sloopexemplaren (die het tot 1978 uit zouden houden). 

Na 1956 was de windmolen weer zo nu en dan voor productiedoeleinden in bedrijf. Gruys gebruikte vaak de motor, maar soms de windkracht. In 2009 werd De Zaansche Molen ook eigenaar van de molenschuur.

De molen werd rond 2000 opnieuw stevig onderhanden genomen. De electromotor, drijfriemen en vijzels voor het malen van cacaoafval werden verwijderd, de zoldervloeren vernieuwd en er kwam nieuw riet op romp en kap; ook kreeg de molen een nieuwe stelling. In september 2001 werd nieuw laadgoed gemaakt voor het naslag en op de Zaansche Molendag kon weer olie uit pinda-afval worden geslagen.

Op 20 december 2011 werden beide, uit 1978 daterende, roeden gestreken. 20 januari 2012 stak men nieuwe. 

Sinds 1 januari 2014 huurt Molenmakerij Saendijck een groot gedeelte van de karakteristieke molenschuur als werkplaats. Voorafgaand aan deze nevenbestemming van de molen is de schuur zorgvuldig gerestaureerd en zijn bij die gelegenheid de oliekelders hersteld. Ondanks de inpassing van een moderne werkplaats heeft de schuur zijn originaliteit niet verloren.

In 2016 moest de fundering van de molen geheel worden herzien: die vernieuwde men door de toepassing van pulspalen. Dit was dringend noodzakelijk geworden nadat bleek dat onderbouw en de schuur gingen 'werken'. Begin 2018 is de molen maalvaardig opgeleverd na een restauratie die zich vrijwel geheel onder de grond heeft afgespeeld.

Constructie
Molen en schuur zijn grotendeels van grenen vervaardigd. Het onderachtkant heeft twee bintlagen en per veld twee in elkaar gewerkte veldkruisen. De verbindingen tussen de legeringsbalken en achtkantstijlen worden deels gevormd door korbelen en deels door krommers.
In tegenstelling tot wat gebruikelijk is, loopt het onderachtkant bij deze molen door tot ca. 3,4 meter boven de stelling. Hier ligt een tussentafelement waarop een bovenachtkant met twee bintlagen is geplaatst. Het oude bovenachtkant, dat bij de restauratie in 1956 geheel is vervangen, had slechts één bintlaag.