De Bospolder werd op 26 augustus 1634 gesticht door samenvoeging van het Boschpoldertje, gesticht op 11 november 1628, met de Hartogenpolder, de Cornelis Willem Diertsz. polder, de West- of Groteren polder en de Cornelis Pieter Arisz. polder. Deze samenvoeging hield ook in, dat voor deze polder een nieuwe molen moest worden gebouwd. Eventuele afkomende molentjes uit de op te heffen particuliere polders zullen nadat de molen gereed was, zijn gesloopt.

Die molen vloog op 8 december 1703 als gevolgd van zware storm in brand en werd grotendeels vernield. Voor de bouw van een nieuwe molen schreef Arent van der Spelt uit Zoeterwoude als laagste in en kreeg de opdracht. Op 29 augustus 1704 was de molen maalvaardig. Het bemalen van de Bospolder werd zolang verricht door de molen van de Hoogmadese polder.

In 1836 was een nieuw bovenhuis nodig. Gerrit van Heteren kreeg de opdracht, Gerrit van Geer stelde bestek en voorwaarden op.

De molen bemaalde oorspronkelijk met een scheprad; in 1928 werd dit nog houten exemplaar onder advies van molenmaker A.J. Dekker vervangen door een schroefpomp. Ook werden toen stroomlijnneuzen, ook wel bekend als het 'half-Verdekkerd-systeem', aangebracht en liet men de bovenas draaien op een conisch rollager (in plaats van een halssteen). Deze diverse vernieuwingen waren hier een matig succes: de drijfriem van de schroefpomp liep nogal eens van de poelie af (waarna deze met het nodige kunst- en vliegwerk weer moest worden aangebracht) en het halslager liep vaak heet (en werd om die reden tenslotte weer vervangen door een traditionele arduinen halssteen).

In 1955 kwam aan de windbemaling van de Bospolder een einde: men stond wederom voor hoge kosten (zo moest de buitenroede worden vervangen) en daarom besliste het polderbestuur tot aanschaf van dieselgemaal.  De molen werd deels uitgesloopt: pomp en grote aandrijfpoelie werden verwijderd, van het gaandewerk bleef slechts de ingekorte en gedeeltelijk stalen koningspil over. De waterloop bleef intact (en bleef nog jarenlang in gebruik voor het inlaten van water). 

In 1963 werd de inmiddels wat vervallen molen eigendom van de gemeente Leiderdorp, die de molen in 1965 deed restaureren.
Veel is er in de jaren daarna niet met deze molen gedraaid; als één van de weinige molens in deze regio was deze namelijk niet maalvaardig en dat maakte dit voor vrijwilligers tot een tamelijk onaantrekkelijke molen. Vervijzeling, waarover rond 1980 werd nagedacht, vond geen doorgang, althans: niet meer op deze locatie. Rond 1982 waren er namelijk plannen voor een (inderdaad dringend noodzakelijke) rondweg om Hoogmade heen en daartoe zou de Bospolder grotendeels worden doorsneden en te weinig water overhouden voor een dure investering aan de molen.
De rondweg van Hoogmade betekende niet de enige grote verkeerstechnische maatregel hier: eind jaren '90 werd duidelijk, dat de molen niet op zijn originele plaats kon blijven: hij stond precies bij het begin waar de tunnel van de aan te leggen Hogesnelheidslijn (HSL) zou worden geboord. Tussen 1999 en 2002 werd de directe omgeving één grote bouwput.

Op 9 december 2002 werd de Bosmolen van zijn standplaats verwijderd om tijdelijk te worden ondergebracht bij de (dichtbij gelegen) werkplaats van molenmakerij Verbij. De molen zou een nieuwe maalvaardige functie krijgen, hemelsbreed niet ver van de oude locatie.

Op 27 september 2003 werden ondertoren, bovenhuis en staart op een dieplader in één keer van de werkplaats van de molenmaker naar zijn nieuwe locatie gebracht, de plek waar lang geleden de windmotor van de Lagewaardsche en Bruimadesche polder stond. Pas nadat de molen was geplaatst kon een nieuwe voorwaterloop worden gemaakt.
Ondertussen had de molenaar naast de molen een nieuwe woning gebouwd die qua bouwstijl aansluit op die van het op de oude plaats aanwezige huisje.

Op 27 maart 2004 werd er voor het eerst in bijna 50 jaar weer water gegeven en op 15 mei volgde de officiële ingebruikname. De naam 'Bosmolen' was niet meer van toepassing; de molen wordt, vanwege de polder die hij nu bemaalt, 'Lagenwaardse molen' genoemd.