De Lakerpolder werd als waterschap opgericht op 17 augustus 1632.

Aan het begin van de 19e eeuw bouwde men hier een nieuwe molen met een experimenteel horizontaal, dus liggend uitgevoerd, wiekenkruis. Dit lag als het ware bovenop de ronde stenen romp. Deze molen kwam in 1821 gereed en verving een kleine vijzelmolen. 
Het was kennelijk toch geen succes, want in of vlak na 1830 heeft men weer een normale kap en wiekenkruis aangebracht.
Eén ding herinnert echter nog steeds aan de periode 1821-1830: de stenen romp heeft geen 'plattezij': een dergelijke constructie was vooral bij kleinere stenen molens nodig om een scheprad aan te brengen én een wiekenkruis te kunnen laten passeren. Dat was hier, met het experimentele, bovenop de molen liggende wiekenkruis in eerste instantie niet nodig en dat bleef zo na de ombouw van 1830. 

Voorheen was de molen eigendom van het waterschap; aangezien de gehele polder in handen van één particulier bleek, is de molen vervolgens overgedragen aan de familie Van Schie. Op 1 januari 2014 werd de Rijnlandse Molenstichting eigenaar. Al eerder had de familie Van Schie het eiland zelf verkocht aan Staatsbosbeheer.

Honderden jaren was dit een zomerpolder: 's winters werd deze polder onder water gezet, waarna in het voorjaar de molen de polder in enkele dagen droogmaalde en vervolgens gedurende enige maanden drooghield. Sinds ca. 1990 wordt de polder ook in de winter bemalen. Omdat het land meestal toch erg vochtig bleef, liep er in de regel geen vee maar werd in plaats daarvan enige malen per jaar het gras gemaaid en gehooid voor het vee van de familie Van Schie dat elders was ondergebracht. Het eiland is een natuurgebied met het hele jaar door zeer veel vogels.

Ook hier ontbreekt in de kap, net als bij de kleine buurmolen 'De Kok' en andere kleine bovenkruiers in Rijnland, een steunder: door het kleine formaat van de kap en het niet al te grote gewicht van houten as en roeden kon deze achterwege blijven.
Vroeger, toen de Lakerpolder nog zomerpolder was en de molen in de winter dus stilstond, werden tussen de toppen van de houten roeden kabels aangebracht om doorbuigen tijdens de lange stilstand in de winter te voorkomen. Inmiddels heeft ook deze molen stalen roeden, zodat dit niet meer zou zijn, ware dit nog een zomerpolder.