In de oude heerlijkheid Wittem lag als een staatje in een staat de Malthezer Commanderij met aan het hoofd een commandeur. Ze was rijk aan bezittingen, die allemaal verpacht werden. In 1215 kreeg de commanderij de molen ten geschenke en van die tijd af waren de pachters van de landerijen verplicht daarop hun graan te laten malen. De molen werd toen reeds ‘Commandeursmolen’ genoemd.
In de Franse Tijd werd ook deze molen in beslag genomen en in 1797 openbaar verkocht. Eigenaar werd de Parijse koopman Jean Baptiste Paulee. In 1810 werd Gerard Joseph Heusch, lakenfabrikant te Aken, eigenaar en in 1816 de Duitse papierfabrikant Carl Joseph Hollmann, die in Gulpen woonachtig was.

De molen lag in die tijd op de linkeroever van de Geul. Het gebouw bestond uit vakwerkbouw met een strodak. De gevel aan de waterzijde was van mergelsteen.
Hollmann liet op de rechteroever een papiermolen bouwen die voorzien was van een eigen waterrad waar handgeschept papier werd vervaardigd. De grote zolder deed dienst als droogruimte. Hollmann kwam echter in financiële moeilijkheden en verkocht de molen in 1825 aan pachter Gerard Keuven. Later verhuurde hij de molen aan de Duitse papierfabrikant Carl Heinrich Engels en vervolgens aan Tielens en Schrammen, die later ook de watermolen van Weert bij Meersen als papiermolen lieten inrichten.

In 1838 plaatsten zij in de Mechelse papiermolen, als eerste in Nederland, een machine die papier zonder einde kon maken. Dit papier was zwaar pakpapier; zonder einde betekende een papierbaan met een lengte van meer dan 9 m., die later in stukken werd gesneden. Druk- en schrijfpapier werden nog met de hand geschept.

In de jaren veertig van de 19e eeuw was de graanmolen niet meer in bedrijf. In 1848 liet Keuven zowel de voormalige graanmolen als de papiermolen herbouwen. Kort daarvoor had de firma Tielens en Schrammen de papiermolen verlaten, waarna Keuven de papierfabricage aan J.M. Noppen overliet, die eerder bij Engels en daarna bij Tielens en Schrammen bedrijfsleider was geweest. Ook diens zoon Hubert werd bij het fabricageproces ingeschakeld. Het bedrijf floreerde dusdanig, dat er op een hoogtepunt ongeveer 50 mannen, vrouwen en kinderen werkzaam waren. In 1866 kocht Hubert Michaël Noppen de molen van een erfgenaam van Keuven en bezat toen zowel de Onderste- als de Bovenste Molen.

Bij de Onderste Molen had elk molengebouw in die tijd een eigen waterrad. Het middenslagrad van de papiermolen had een middellijn van 6,50 m. en een breedte van 1,40 m.; de afmetingen van het middenslagrad van de korenmolen waren respectievelijk 5,00 m. em 0,78 m.
De molens lagen op een tak die ongeveer 325 m. bovenstrooms uit de linkeroever van de Geul kwam. Daar lag een overlaat die het water naar de molentak regelde. In de molentak bevond zich een sluisgebint met twee maalsluizen en een lossluis.

In 1874 werden de papiermolen en de woning door brand vernield. De produktie stagneerde tot 1876, in welk jaar de nieuwe fabriek in gebruik kon worden genomen. Uit die tijd dateren het huidige bakstenen molengebouw en het fraaie molenaarshuis ertegenover. Het waterrad was bij de nieuwbouw vervangen door een turbine, voorzover bekend de eerste waterturbine in Limburg. Na de nieuwbouw werd alleen de fabricage van bruin- en grijspapier ter hand genomen; vervuiling van de Geul door de zink- en loodertsmijnen in het Belgische dorpje Bleyberg had dusdanige vormen aangenomen, dat geen witpapier meer vervaardigd kon worden.

In 1881 ging H. Noppen, die met de koopman Kocks uit Vaals een vennootschap was aangegaan, waaruit de firma H. Noppen en Kocks ontstond, failliet. Nieuwe eigenaar werd graanhandelaar Joseph Schyns te Wylre, wiens bedrijf zich een eeuw wist te handhaven. In de twee jaren na de koop werd het lege gebouw van de papiermolen op de rechteroever ingericht als korenmolen door de Ateliers de Construction G.J. Pasté ger & Fils uit Luik. Het oude korenmolengebouw op de linkeroever werd ingericht als woning voor de smid en als koffiehuis. Boven het water werd tussen de twee kopgevels een eenvoudige turbinekamer gebouwd, voorzien van een pannen-zadeldak.

Op 7 oktober 1904 kreeg Schyns toestemming om een nieuwe turbine aan te schaffen; de oude begon gebreken te vertonen. De nieuwe Francisturbine werd geleverd en geïnstalleerd door het bedrijf Schneider Jaquet Cie. te Strassbourg-Königshoffen.

De inrichting is als volgt: met behulp van een tussenas, voorzien van twee conische tandwieloverbrengingen, drijft de vertikale turbine-as evenals zijn voorganger, de koningspil aan. De fraaie maalstoel bestaat uit gietijzeren kolommen, die de steenbedding van de zolder ondersteunen, waarop vroeger drie koppels 16der maalstenen lagen. Op de koningspil bevindt zich boven het conische aandrijftandwiel het spoorwiel, dat de rondsels op de steenspillen aandrijft. Als de waterhoeveelheid maximaal is en het verval 3,50 m., wordt het vermogen van de turbine op ongeveer 50 Pk geschat.
In de loop der jaren werd de inrichting uitgebreid met onder andere graanreinigers, mangmachines, een koekenbreker, een haverpunter, een haverpletter, een zakkenklopmachine, elevatoren en transportschroeven.

Joseph Schyns stierf in 1909 op 52-jarige leeftijd. Het bedrijf werd door zijn vrouw Caroline Hermens voortgezet. Zij stierf in 1919 op 69-jarige leeftijd en liet tien kinderen na, waaronder zeven zonen. Deze kinderen gingen een familiemaatschap aan, waarna het bedrijf in eerste instantie door vier broers onder de firmanaam J. Schyns-Hermens werd voortgezet. In de loop der jaren vonden onder nieuwe erfgenamen opnieuw delingen plaats.

Na de Tweede Wereldoorlog toen het mengvoer opgang maakte, liep het maalbedrijf met stenen sterk terug. De molen werd uitgebreid met silo’s voor de opslag van grondstoffen en eindprodukten, een elektrische hamermolen, een korrelpers voorzien van een melasseerinrichting met stoomtoevoeging, een korrelkoeler en een tweede mengketel. Daarmee werd niet alleen meelvormig veevoer gefabriceerd, maar ook geperst voer in korrel- en in brokvorm met melasse en vetten als bind- en voedingsmiddel. Eén koppel stenen werd vanwege de plaatsruimte uitgebroken.

Toen de vraag naar ambachtelijk gemalen tarwe- en bakroggemeel weer begon toe te nemen, werden ook de twee overgebleven koppels maalstenen weer gebruikt.
Caspard Schyns, sinds 1919 de molenbaas, trad in 1968 uit het bedrijf. Kort na 1980 werd de molen stilgelegd en tenslotte in augustus 1984 verkocht aan Cees Spelt, eigenaar van de Groote Molen in Meerssen. Kort daarna werd ook de Oude Molen in Valkenburg verkocht. Beide molens werden in verband met sanering en uitkoop als mengvoederbedrijf bestemd voor het malen van biologisch graan.

In 1987 werd de Commandeursmolen voor biologische produkten met een koppel 17der stenen ingericht. Tot de inrichting behoren een fraaie houten graanreiniger en een spits- en schilmachine van Belgische makelij uit het begin van deze eeuw. De maalinrichting voor veevoer werd grotendeels verwijderd. Een grote ruimte achter het molengebouw werd als bezoekerscentrum ingericht, van waaruit rondleidingen in de molen plaatsvinden. Daartoe heeft de molen meer levensvatbaarheid gekregen.

In 1989 werden de turbine en het drijfwerk van de molen gereviseerd. Tevens werden de maal- en de lossluis en het brugje voor het turbinehuis vernieuwd. In later jaren werd de molen ook voor de opwekking van elektriciteit ingericht. Voor dat doel is de gelijkstroom-generator van 24 kW en de mutator, afkomstig van de Breustermolen van Eijsden, op het drijfwerk aangesloten.

In 2005 is deze molen opnieuw maalvaardig gemaakt. In feite gaat het hier om een kleine meelfabriek, uit een molen opgebouwd. Met de turbine wordt energie opgewekt, die vervolgens voor de meelproductie zorgt.
Er wordt met zes koppel Franse stenen gemalen, soms gelijktijdig. Ze worden in eigen beheer gescherpt m.b.v. een slijpschijf. De productie bedraagt zo'n 60 ton in de week.
Een zevende maalstoel is nog aanwezig voor "kleine" bestellingen.