De molen staat langs de Kanaalweg, in de volksmond De Nieuwe Vaart, even buiten de Leidse Singels. De oorspronkelijke naam is De Kanaalwegmolen. De molen werd gebouwd in 1647 en brandde in 1805 en 1893 uit. De huidige molen is in 1893 herbouwd.
De molen bemaalde van oorsprong de Rodenburger- en Cronesteinsepolder. De polder wordt in twee delen gesneden door de Filosofen- of Stadsmolensloot. In het noordoosten ligt de Rodenburgerpolder, vroeger de Roomburgerpolder, en in het zuiden de Cronesteinsepolder. De polders werden in 1627 gecombineerd en werden bemalen door een molen die in het uiterste zuiden van het deel Rodenburgerpolder stond en uitmaalde op de Roomburgerwetering. Deze molen werd in 1704 van steen gebouwd. De molen is in 1805 in brand geraakt en in 1806 herbouwd als ronde stenen grondzeiler met buiten liggend scheprad. De rekeningen van de herbouw zijn bewaard gebleven in de archieven van het Hoogheemraadschap van Rijnland, in het bijzonder in de polderrekening over 1805. Hierin staat o.a. vermeld dat aan "de brandspuyten van Zoeterwoude en Leyderdorp" een bedrag van fl. 21,- is betaald voor de bluswerkzaamheden.
Op zondagavond 10 september 1893 werd de molen tijdens een zwaar onweer door de bliksem getroffenen en verbrandde opnieuw.
In het Leids Dagblad van 11 september 1893 staat een verslag van deze brand.
De molen werd daarna herbouwd door de molenmaker A.P. Vreeburg uit Zoeterwoude en herkreeg zijn oude gedaante. De houten roeden en de houten bovenas werden daarbij vervangen door ijzeren exemplaren en in de plaats van de oude houten, met lood beklede wielbak kwam een gemetselde wielbak. De vlucht van de roeden bedraagt 18,20 m. Het gesloten ijzeren scheprad, met een diameter van ongeveer 4 meter, staat op enige afstand van de molen.
De Kanaalwegmolen of Rodenburgermolen werd in 1910 onteigend door de provincie Zuid-Holland in verband met de verbreding van het vaarwater van De Nieuwe Vaart of Rijn-Schiekanaal. De molen werd bewoond en was tot 1952 in bedrijf. In 1959 werd de molen gerestaureerd en is sindsdien niet bedrijfswaardig.
Rond 1983 was de molen in het nieuws vanwege de bewoning door de familie van Bohemen.
De omgeving van de Rodenburgermolen was op warme zomerse dagen een geliefd oord voor zwemmers en bermrecreanten. Het was er goed toeven onder het lommer van de bomen. De weg langs de vaart was in die dagen echt landelijk te noemen met heel veel groen en grienden aan weerszijden van het water. Aan de Leidse kant is dat allemaal verdwenen door stadsuitleg, vestiging van industrie en scholen. De Nieuwe Vaart is nu een drukke weg.
De molen wordt sinds de jaren 1980 bewoont door particulieren. In de jaren 1950 werd het gaande werk inclusief scheprad verwijderd, m.u.v. het gietijzeren bovenwiel en de vang.