In de Franse Tijd werden op verschillende plaatsen in Limburg nieuwe molens gebouwd en kregen sommige bestaande molens een andere functie.
Het heerlijk recht, een voorrecht waarbij door de landsheer alleen aan de Heer van de heerlijkheid werd toegestaan om een molen te bouwen, werd door de Fransen afgeschaft. Wat telde was "vrijheid, gelijkheid en broederschap" en dat betekende bijvoorbeeld dat burgers, na toestemming van de (nieuwe) overheid, molens mochten bouwen en iedereen vrij was zijn graan op een molen te laten malen die hem of haar gunstig leek.

De standaardmolen van Klein Genhout, staande langs de weg Beek-Schimmert-Valkenburg, kwam evenals de iets noordelijk staande standerdmolen van Urmond uit deze gewijzigde omstandigheden voort. Beide molens hebben ook overeenkomsten wat het interieur betreft.

Aangenomen wordt, dat deze molen in 1801-1802 werd gebouwd in opdracht van Willem Kerkhoffs uit Klein Genhout. Tegenover de molen liet hij enige jaren later een woning bouwen. De hardstenen latei boven de deur vermeldt het jaartal 1808 en de letters WK en MCP, ongetwijfeld de beginletters van Willem Kerkhoffs en zijn echtgenote Maria Catharina Pluymaekers. Voor de bouw was een heuveltop op de Gijsberg gekozen, zodat de molen in alle richtingen van een goede windvang verzekerd was.

In de eerste helft van de 19e eeuw staat Willem Kerkhoffs als eigenaar vermeld. Hij was landbouwer van beroep en overleed in 1847. Bij scheiding en deling van zijn nalatenschap in 1848 werd de molen met aanhorigheden toegewezen aan Maria Catharina Kerkhoffs, echtgenote van Jan Pieter Dominicus Penris. Hij was landbouwer van beroep en woonde in Kelmond-Beek.

Tot in het begin van de 20e eeuw is de molen steeds verpacht geweest en hebben de eigenaren zich voornamelijk op het boerenbedrijf toegelegd. In 1881 volgde een successie en werd Pieter Frans Penris, zonder beroep, te Beek, eigenaar. In hetzelfde jaar werd na boedelscheiding Jan Willem Hubert Kerkhoffs, landbouwer in Beek, eigenaar. In 1895 werd, bij een zelfde procedure, Guillaume Kerkhoffs uit Klein Genhout eigenaar, die toen nog minderjarig was. In de jaren 1920 kwamen in de nalatenschap een groot aantal namen van de families Kerkhoffs, Smeysters, Wouters en Stassen voor.

Vanaf 1915 was de molen verpacht aan Frans Boonen. Boonen vertrok in 1928 naar Nederweert, waar hij de grondzeiler op Kreijel had gekocht. Nieuwe pachter werd Jean 'Sjang' Voncken. In hetzelfde jaar werd hij eigenaar en tien leden van de familie Voncken mede-eigenaar. De vier eerder genoemde families waren het blijkbaar oneens met elkaar en om uit de verdeeldheid te raken, werd besloten om de molen in 1928 aan de nieuwe pachter te verkopen. In 1941 werd Voncken bij boedelscheiding alleeneigenaar.
Twee jaar later liet hij de molen door de Weerter molenmaker Hub. Adriaens, in overleg met de afdeling welstandstoezicht van de Limburgse Streekplannendienst, restaureren. Bij die gelegenheid werd het stroomlijnsysteem Van Bussel aangebracht en kreeg de molen de naam Sint Hubertus, de patroon van de parochie.
Gedurende de daaraan voorafgaande jaren werd veel gebruik gemaakt van een hulpgemaal met een Deutz-gloeikopmotor, dat in een klein magazijn aan de rechterzijde van de molenaarswoning stond. In de latere oorlogsjaren werd dieselolie voor particulier gebruik erg schaars; een reden voor Voncken om de zijn molen te laten herstellen.

De molen bleef tot het einde van de jaren veertig in bedrijf. Gedurende de twintig jaren daarna, dat de molen stilstond, takelde hij zienderogen af. Pogingen om de molen als fraai landschappelijk element te herstellen, liepen op niets uit.
In 1966 werd Louis Voncken, de zoon van Sjang, eigenaar en vier jaar later verkocht hij de molen voor de symbolische ƒ 1,-- aan de gemeente Beek. Die laatste stond prompt voor een zware opgave want de herstelkosten waren aanzienlijk toegenomen: bedroeg de begrotingin 1968 ƒ 35.000,--; uiteindelijk zouden de restauratiekosten ƒ 114.000,-- worden, inclusief de bijkomende werken.
De molen kreeg onder andere een nieuwe staart met trap en bordes, de paraplu werd vernieuwd en de bovenbouw werd met nieuwe planken gedekt. De kap en de borst werden met eikenhouten schaliën afgewerkt. Er werden twee nieuwe gelaste roeden gestoken, die Oud-Hollands werden opgehekt. Bovendien werden onderdelen van het gangwerk en de maalinrichtingen vernieuwd.
Wél zijn bij die grote restauratie enkele zaken veranderd: het was een gesloten standaardmolen, daarna werd het een halfgesloten standaardmolen. Ook heeft men rondom de molen een klein deel van het erf, waarover de kruilier van de staart en het gevlucht zich bewegen, opgehoogd. Als gevolg werd de hoogte van de vier gemetselde teerlingen kleiner, waardoor de verhoudingen van deze statige molen van nabij gezien enigszins veranderden.
Op 2 oktober 1971 werd de restauratie, uitgevoerd door de Gebr. Adriaens uit Weert, met een groots Limburgs molenfeest afgesloten en de molen weer in werking gezet.

Door de prachtige standplaats (met niet of nauwelijks windbelemmering), de fraaie uitstraling en het uitstekende gemeentelijke molenbeleid wordt de Hubertusmolen wel als de mooiste standerdmolen van Limburg beschouwd.