Deze grondzeiler is gebouwd in 1856 en was functioneel als poldermolen. In 1964 raakte de molen wegens ontpoldering buiten bedrijf.
Zeer bijzonder aan deze molen is de flessenhalsromp.

De geschiedenis van deze molen gaat terug tot de verversingsmolen op Boshuizen, welke in 1644 werd gebouwd aan de Boshuizerwetering of Nieuwe Sloot. In 1665 werd de molen uitgerust met een tweede scheprad en nam tevens de bemaling van de Boshuizerpolder op zich. In 1684 werd de molen verplaatst naar de Slaaghsloot en daar werd hij van tot 1691 bemalen door Arie de Klerck en daarna door Jacob Bernaerd.
In 1700 werd deze molen omgebouwd tot peldegartsmolen (pelmolen).
Op 24 oktober 1711 besloot het stadsbestuur van Leiden deze molen publiek te verkopen en tevens op Boshuizen een nieuwe stadsmolen te bouwen.
Ene Dirk van Overrijnder kocht de pelmolen voor afbraak voor een bedrag van fl. 500,-.
De nieuwe molen werd aanbesteed op 14 maart 1712 voor fl. 5.649,- aan de heren Van der Spelt, Jacob uit Zoetermeer en Arent uit Den Haag.
Op 20 april 1799 werd deze achtkante schepradmolen publiek verkocht aan Johannes van der Gaag voor een bedrag van fl. 800,-. Van der Gaag werd verplicht de molen op korte termijn af te breken.
Aan de Slaaghsloot stonden in 1685 vier watermolens:
De oude achtkante molen die in 1609 werd gebouwd, toen de Stadsvuilsloot werd gegraven. Deze molen werd in 1638 gerestaureerd en in 1645 werd een tweede scheprad aangebracht met een diameter van 16 voet.
Jan Jansz Bernaerd bemaalde de molen tot 1691 en daarna Arie de Klerck.
De molen werd in 1710 opnieuw gerestaureerd en bleef tot 1785 in bedrijf als stadswatermolen en als poldermolen van de Stads- of Slaaghpolder.
Na 1785 bemaalde hij alleen nog maar de polder, tot het jaar 1804.
De molen werd uiteindelijk in 1806 afgebroken en in dat jaar bouwde men een nieuwe grote molen. In 1856 werd de molen vervangen door de ronde, flesvormige molen, die tussen 1979 en 1981 geheel werd gerestaureerd.
Bij deze restauratie moest de complete romp opnieuw opgemetseld worden.

De Stadsmolen is oudhollands opgehekt en heeft een vlucht van 21,00 m. De molen is voorzien van een scheprad en doet thans dienst waterverversingsmolen van de nabije volkstuinen. Deze bemalingstaak kan ook met een motor worden uitgevoerd.
De bemaling wordt sinds 1963 hoofdzakelijk door een elektrisch gemaalnaast de molen uitgevoerd.
Dhr. Pouw Kraan heeft tussen 1947 en 2008 (het jaar van zijn overlijden) als molenaar op deze molen gewerkt.