De Wippersmolen is gebouwd in 1726 om de Sluispolder te bemalen en verving daarbij een wipmolen. De molen bemaalde een polder van iets meer dan 88 hectare.
De molen vertoont (in ieder geval uitwendig) opvallende gelijkenissen met de (in 1963 gesloopte) molen van de Zijdepolder te Leidschendam. Wellicht zijn beide molens door dezelfde molenmaker en/of vanaf hetzelfde bestek gebouwd.

In de vloer van de kapzolder zijn de kokerbalken verwerkt van de wipmolen, de voorganger van de huidige molen; ook vrijwel alle andere vloerbalken zijn 'gebruikt'. De molen heeft vroeger mogelijk een vangtrommel gehad (niet ongebruikelijk in het Westland): er bestaan diverse oude tekeningen met de molen zonder vangstok.
De "molenmeesters" van de Sluispolder traden streng op: zo blijkt uit een brief van 25 september 1829 dat de molenaar werd ontslagen "wegens het niet behoorlijk waarnemen van zijn post". De molenaar moest "binnen den tijd van veertien dagen om een ander heenen komen zien". Dit ontslag werd later ingetrokken vooral met oog op het grote gezin van de molenaar (die sprak van "negen broodelooze kinderen").
Tot 1898 woonden de molenaar en zijn gezin in de molen; in dit jaar werd het huisje naast de molen gebouwd (dat in 1908 werd vergroot, maar desondanks nog steeds erg klein is!).

Opmerkelijk is, dat het molenerf rond 1904 particulier eigendom was; de polder had hierop het recht van opstal. Vanouds was een kring van 375 m. rond de molen beschermd tegen bebouwing en begroeiing, in 1905 echter kreeg de Westlandsche Stoomtramwegmaatschappij van Gedeputeerde Staten toestemming om in de nabijheid van de molen een stoomtrambaan te mogen aanleggen. Het polderbestuur had hier uitdrukkelijke voorwaarden aan verbonden, om de (broodnodige) vrije windvang te garanderen.

De molen had tot 1906 een open houten scheprad met een middellijn van 5.42 m. en een breedte van 0.32 m. In dat jaar werd dat vervangen door een gesloten ijzeren scheprad. Hiermee heeft de molen nog tot 1926 gemalen, in dat jaar werd het binnenwerk uitgebroken en in de molen een dieselmotor geplaatst. Op de plaats waar de schepradkast heeft gezeten heeft de stenen romp nog steeds een 'plattezij' .
In deze periode had de molen bredere hekken en windborden dan thans en een voor een poldermolen opvallend diepe zeeg. Ook zijn nog altijd diepe sporen van de (verdwenen) bovenbonkelaar in het bovenwiel zichtbaar, ofwel: de Wippersmolen was een klein maar behoorlijk krachtig molentje.

Na tien jaar stilstand brak in 1936 tijdens een zomerstorm één van beide roeden. Vermoedelijk was dit nog steeds een houten roede (in 1904 had de molen immers nog nieuwe gekregen). In 1938 wilde de polder de molen verder onttakelen, maar ‘meester Blom’, destijds een bekende onderwijzer in Maassluis, richtte een comité op om de molen te behouden. Ook de burgemeesters van Maassluis en Maasland namen hierin zitting. Het lukte om voldoende geld voor restauratie bijeen te brengen, waarna de molen uitwendig gerestaureerd werd en zo als (stilstaand) monument behouden kon worden. Let wel: tot 1941 stond de molen in de gemeente Maasland, net als de in 1922 verbrande korenmolen De Arend aan de Noorddijk. Maassluis was destijds een stadje vrijwel zonder buitengebied.

Rond 1940 werd direct ten noorden van de molen de verhoogde verkeersbrug aangelegd, de eerste echt duidelijke aantasting van de omgeving. In 1951 brak wederom een roede; herstel vond in 1956 plaats met gebruikmaking van een ijzeren exemplaar, afkomstig van het in 1955 gesloopte korenmolentje van Hekelingen.

Na 1956 volgde opnieuw verval. In 1972 werd de gemeente Maassluis eigenaar en die liet hem in 1974 restaureren. Een groot deel van de kap alsmede het staartwerk werd vernieuwd en het voegwerk van de stenen romp kreeg een grondige aanpak. Ook werden twee nieuwe gelaste roeden gestoken.

Na deze restauratie draaide de molen weer af en toe. Helaas verslechterde de windvang van de molen in de loop der jaren aanmerkelijk: de omgeving was al behoorlijk aangetast door hoogbouw en het viaduct, maar ging verder achteruit door de aanleg van het Wipperspark met onder andere populieren en andere hoogopgaande begroeiing.

In 1990 verkocht de gemeente de molen aan het Hoogheemraadschap van Delfland. Medio jaren ‘90 volgde een nieuwe restauratie. Hierbij werden onder andere de roeden opnieuw opgehekt en het staartwerk deels vernieuwd. Het molenaarshuisje uit 1898 werd ook opgeknapt en als verblijfplaats voor de vrijwillig molenaar geschikt gemaakt.
Begin 2002 werd een deel van de rollenwagen en van de vloeren vernieuwd, in 2003 heeft men onder andere de roeden doorgehaald en de molen geheel geschilderd.
Om meer zicht te krijgen op de vochtproblemen (de meeste stenen molens in Nederland kennen problemen met doorslaande muren en meer van dergelijk ongemak) heeft men in juni 2004 de molen inwendig uitgehakt en van vier verschillende soorten nieuwe pleisterlaag voorzien, ontwikkeld door de TU Delft, met als doel te kunnen evalueren welke soort het beste de vochtdoorslag tegengaat. De molen functioneerde zo dus als 'proefkonijn'!

In mei 2005 werd de penbalk vernieuwd en ook de stapeling iets verhoogd, zodat het wiekenkruis - zij het krap - nu wél over de verhoogde waterloop op NW kan draaien.
De laatste jaren is de omgeving van de molen nogal 'op en neer' gegaan: er werd het nodige gekapt en gesnoeid, maar de windvang verslechterde begin 2006 wederom door de forse verhoging en verbreding van een schoolgebouw op slechts 100 meter ten WZW van de molen. Zowel Gedeputeerde Staten van Zuid-Holland, de gemeente Maassluis alsook de voorzieningenrechter te Rotterdam achtten een bouwhoogte van 12 meter aanvaarbaar o.a. omdat het bestaande schoolgebouw alleen in de lengterichting naar de molen toe uitgebreid zou worden. Onjuist: het schoolgebouw is ook in de breedterichting uitgebreid en levert daardoor meer windbelemmering op.

Begin 2006 is het nodige verbeterd aan het kruiwerk, vooral de mogelijkheid om de overring te smeren, waardoor de molen daarna veel beter te kruien was. Eveneens in 2006 is de molen in de steigers gezet vanwege uitgebreid herstel aan het voegwerk. Dit is gedaan met kalktras en binnen is de muur van een stuclaag voorzien. Dit aansluitend op de al genoemde proef van 2004 met het doel, de molen droger te maken.
In het najaar van 2010 werd gewerkt aan kap en staartwerk: voorkeuvelens deels vernieuwd en korte schoren 'aangescherfd'. In het late najaar van 2013 kreeg het bovenwiel een nieuwe voering.

In 2017 was er weer het nodige aan de hand: van eind februari tot en met half juni kon de molen beperkt draaien omdat het elektrische gemaal volledig moest worden vernieuwd.
De eerste weken van juni voerde de molenmaker groot onderhoud uit: roeden doorgehaald, rechter lange schoor vernieuwd, enige kruipalen vervangen, diverse houten kruirollen vernieuwd en enige luiken en ramen gerepareerd of vervangen.

In november 2022 werd groot onderhoud uitgevoerd: linker lange schoor vernieuwd, roeden doorgehaald en gecontroleerd, wiekenkruis nagelopen en waar nodig hersteld, kruipaal vervangen enz.