De Berkmeermolen is een achtkante binnenkruier die dateert van omstreeks 1608. In 1803 werd de molen verplaatst naar zijn huidige locatie
Hij bemaalt daar de 225 ha. grote polder De Berkmeer op de Vereenigde Raaksmaats- en Niedorperkoggeboezem.

Al in 1609 was het plan opgevat om het in open verbinding met de Heerhugowaard staande Berkmeer droog te maken. Alvorens dit echter plaats zou vinden werd al eerder de Heerhugowaard bedijkt en drooggemaakt, krachtens octrooi van maart 1625, waardoor de bedijking en droogmaking van het Berkmeer eenvoudiger was geworden.
Voor deze laatste onderneming werden in de loop der tijd twee octrooien verleend. Het ene op 14 december 1626 aan Reinoud van Brederode als Heer van Veenhuizen en Spanbroek. Het andere op 21 maart 1633 aan Johan van Mathenes, Heer van Mathenes, Riviere, Opmeer, Souteveen etc. en de voogden van de kinderen van wijlen de Heer van Obdam, onder welke genoemde heerlijkheden het meer zich uitstrekte. In 1635 was de ca 255 ha grote polder al droog en kon de grond worden opgemeten en verkaveld.
Tot 1725 vond de bemaling plaats door middel van een gang van drie wipmolens met scheprad. In dat jaar werd de bovenmolen omgebouwd tot vijzelmolen en werd naar deze molen een nieuwe aanvoertocht gegraven. De onder- en middelmolen werden in 1726 of 1727 voor afbraak verkocht.

In of kort voor 1740 is de vijzelmolen zwaar beschadigd of zelfs omgewaaid, hetgeen in november 1802 nogmaals gebeurde. Op de plaats van de wip-vijzelmolen werd in 1803 de huidige molen gebouwd. Deze was afkomstig uit de polder De Wogmeer bij Hensbroek en was vermoedelijk een door vervijzeling overcompleet geworden schepradmolen uit omstreeks 1608.
In 1877 werd naast de molen een hulpstoomgemaal gebouwd bestaande uit een locomobiel met centrifugaalpomp. Die stoominstallatie werd in 1925 vervangen door motoraandrijving en dat betekende het voorlopige einde van de windbemaling want het wiekenkruis, dat toen nog houten roeden had, werd toen verwijderd.

In het oorlogsjaar 1941 besloot men evenwel de windmolen in ere te herstellen: deze werd met derdehands roeden maalvaardig gemaakt en fungeerde vervolgens zelfs als hoofdgemaal. Dit laatste duurde tot 1990, sindsdien maalt de molen regelmatig op vrijwillige basis.

Eind juli 2021 begon men met een flinke opknapbeurt: om te beginnen zijn beide oude Potroeden gestreken om elders grondig te worden hersteld. Op 18 november 2022 zijn zij opnieuw gestoken en in februari 2023 was de molen weer geheel maalvaardig.

Constructie
Het eiken achtkant is in het verleden al eens verstijfd met een extra veldkruis in vier velden. Veldkruisen, boventafelementen, rolvloer, kuip en kap lijken al eens vernieuwd, vermoedelijk bij de herbouw in 1803.
De oude telmerken en het totaalbeeld dat de molen biedt, geven aan dat de bouw in het begin van de 17de eeuw moet hebben plaatsgevonden.
Dat het ooit een schepradmolen is geweest kan onder andere worden gezien aan de beide naast elkaar gelegen aangelaste achtkantstijlen op de noordoostkant. De lassen moeten al vóór 1803 in de Wogmeer zijn aangebracht.
Het wiekenkruis bestaat uit twee ijzeren roeden, indertijd gemaakt voor molens van de Schermer. Nadien zijn ze gestoken in Strijkmolen L te Rustenburg. Daar werden zij, na de buitenbedrijfstelling in 1941, gestreken om vervolgens in de toen wiekloze Berkmeermolen aangebracht. Zij moesten daar worden verlengd (en kwamen zo weer op hun oorspronkelijke lengte!) en werden meteen voorzien van Dekkerwieken. Bij de restauratie in 1965-1966 zijn de Dekkerwieken vervangen door fokken.
De molen is uitgerust met een houten vijzel, die door middel van licht en zwaar werk. De overgang van licht naar zwaar en omgekeerd kan hier niet anders plaatsvinden dan door de spil te lichten middels een op de eerste zolder opgestelde dommekracht en hefboom. De eenvoud of onvolmaaktheid van dit systeem maakt het aannemelijk dat deze vinding hier voor het eerst is toegepast, vermoedelijk in of omstreeks 1887. Door een wijziging van het interieur van de molen is het echter niet meer mogelijk, de molen in het 'lichte' werk te zetten: de molen kan dus óf zonder vijzel óf met de vijzel in het zware werk draaien.

Opmerkelijk is dat het Engelse kruiwerk, dat hier in 1952 werd aangebracht, in 1992 weer werd vervangen door gewone rollen. Het Engels kruiwerk voldeed namelijk niet: de rollen kantelden en liepen vast. Bij die gelegenheid zijn ook enige tafelementstukken vervangen.