De Buurterpolder, ook wel Bakkers- of Ruygenhouckpolder genoemd, werd gesticht op 29 juni 1652. De huidige molen is jonger, maar het bouwjaar is niet bekend: vermoedelijk is deze ergens in de 18e eeuw gebouwd als opvolger van een eerdere wipmolen. De molen ligt aan de oostzijde van de Kever.

Rond 1841 was L. van der Voort hier molenaar. 

Tot 1968 zorgde de molen voor de bemaling van de polder (ca. 67 ha.; opvoerhoogte van 1,80 m.). In dat jaar werd dit overgenomen door een elektrisch gemaal. Als gevolg raakte de molen spoedig in minder goede staat. 

De Rijnlandse Molenstichting zorgde tot twee keer toe voor een grote opknapbeurt. Met name de herstelbeurt van 1982 was fors: het bovenhuis werd grotendeels vernieuwd, evenals trap en staart en het riet op de ondertoren. Ook werden nieuwe roeden gestoken. Daarna was de molen weer geregeld in bedrijf.

Nieuw ingrijpend herstel kon zo'n 25 jaar later niet uitblijven: de molen was verzakt (de dijk rond de polder en het binnentalud waren dat ook), de vijzel was vastgelopen en deels weggeroest en de trap was weer aan vervanging toe. 
In de nazomer van 2017 heeft men het binnenwerk in de ondertoren grotendeels verwijderd en de molen drooggelegd. Nadat men aldus de molen onder de waterlijn kon onderzoeken kwam men tot de conclusie dat fundering en gemetselde onderbouw geheel resp. gedeeltelijk dienden te worden vernieuwd. Nadat nieuwe palen waren geslagen, stond de molen halverwege oktober alleen nog op metalen stutten: de oude palen waren verwijderd dan wel inmiddels vergaan... 
Op 7 november 2017 stond de molen weer op vaste grond, namelijk een nieuwe betonnen plaat. In maart 2018 werd begonnen aan de nieuwe en ook te verdiepen vijzelkom. Naast de vijzel moest ook het vijzelwiel worden vernieuwd. 
Eind oktober 2018 werd deze zeer omvangrijke klus opleverd en was de Buurtermolen weer volledig voor zijn taak berekend.

Overigens is het voor deze molen, mits in goede conditie, geen al te groot probleem om deze polder te bemalen. Eigenlijk is deze molen gezien de oppervlakte van het eiland dat hij bemaalt veel te groot. Men spreekt in Rijnland in zulke gevallen wel van "een paard voor een hondekar".