De molen is in 1864 opgericht door een groep boeren. Tot na 1980 heeft de molen de polder bemalen. Voorheen heeft er ook een dieselmotor in de molen gestaan.

Bij de zeer zware storm van 12/13 november 1972 werd de molen behoorlijk beschadigd: beide houten roeden begaven het. Vervolgens werden nieuwe gelaste roeden gestoken. Hierover is weinig bekend; aan te nemen is dat zij gestoken zijn ergens in 1973. Wie deze heeft vervaardigd, is vooralsnog niet bekend.

De Oudkerkermolen werd in 1982 afgesloten van de Friese boezem. In 1987 legde het waterschap een maalcircuit aan, zodat de molen in ieder geval kon malen en de vijzel gebruiken.

In de zomer van 2002 heeft de molen een nieuwe lange spruit gekregen en werd er volop geschilderd.
In 2010/11 volgde een forse opknapbeurt: nieuwe windpeluw en korte spruit en nieuw riet op de kap. Ook kreeg het wiekenkruis een geheel nieuwe ophekking, waarvan de borden wat scherper werden gezet. Dat laatste had een reden, want men wijzigde ook de waterstaatkundige situatie van de molen: de vijzel werd sterk verdiept, zodat het vulpunt zo'n 80 cm. lager uitkwam. Door de aanleg van een duiker onder de dichtbijgelegen weg door, sloot men de molen weer aan op de boezem, zodat daadwerkelijk weer voor de polder kon worden gemalen. Wat sindsdien ook weer regelmatig gebeurt.