Molen De Put is een replica van de houten korenmolen uit 1619 van Jan Janszn. Put. Hij liet op het bastion aan het Galgewater de molen bouwen. In 1640 brandde de molen af; spoedig daarna werd hij herbouwd.

In 1729 moest de oorspronkelijke standerdmolen plaatsmaken voor een stellingmolen, vergelijkbaar met molen De Valk. Deze stellingmolen, De Korenmolen, werd in 1817 gesloopt. In 1982 vonden archeologen paalfunderingen van het achtkantige molenbolwerk.

Herbouw
Ter gelegenheid van het 25-jarig bestaan van de Rijnlandse Molenstichting op 20 januari 1983, werd het idee om op het voormalige bastion een standerdmolen te herbouwen, gelanceerd. De herbouw van de molen naar oorspronkelijk model vond plaats in 1987, onder meer na een succesvolle actie onder de Leidse bevolking. Aannemer was molenmakersbedrijf Van Beek uit Rijswaterswoude.

Zeldzaam
Een houten standerdmolen zoals deze is zeldzaam voor Nederland, er zijn nog ca. veertig. Kap en romp vormen één geheel, dat draait rond een zware houten as; de standerd. Door de beperkte maalcapaciteit en de hogere onderhoudskosten zijn na 1800 veel standerdmolens door grotere en vaak stenen molens vervangen.