Deze molen heeft een voorganger gehad, die gebouwd was in 1643. In 1773/1774 is deze molen, tezamen met buurmolen De Hoop, grotendeels door brand verwoest. Beide molens werden in 1777 herbouwd in opdracht van de eigenaar, Arnoldus Theodorus Zodaar.
In 1781 kocht Jan Breur uit Delft de "houtcoperij". Jan Anthony Prijn, schoonzoon van Zodaar, had zich enkele jaren vóór 1781 in de zaak ingekocht.

De Hoop, die iets noordelijker stond, was geheel identiek aan De Salamander. Deze verbrandde op 25 juli 1894 tijdens een hevige onweersbui en werd niet meer herbouwd. Beide molens behoorden tot hetzelfde bedrijf, Windlust genaamd.
Tot nu toe werd steeds aangenomen dat De Salamander in 1792 was gebouwd; dit blijkt dus 1777 te zijn. 

Diverse houthandelaren waren de afgelopen eeuwen eigenaar van De Salamander. Eén van hen was zelfs burgemeester van het dorp, toen nog Veur geheten (de naam 'Leidschendam' bestaat pas sinds 1938).

Eind 19e eeuw werd de molen gemoderniseerd en voorzien van vier zaagramen. Om ook bij windstilte te kunnen zagen, werd een stoommachine geplaatst; deze werd omstreeks 1940-42 vervangen door een grotere.
De molen was aan het begin van de 20ste eeuw al in verval geraakt, deels onttakeld maar werd later in opdracht van de nieuwe eigenaar, Fijnhouthandel en Zagerij J. Koerts N.V., geheel geschikt gemaakt om ook op windkracht te zagen. Herstel van De Salamander als windmolen moet plaats hebben gevonden na 1917, toen Jan Koerts eigenaar werd. (De redactie van de Nederlandse Molendatabase was zo vrij dit te stellen op '1918').

De molen was dan als windwerktuig in ere hersteld, de stoommachine bleef het meeste werk doen: pas als de molen harder kon draaien dan de machine, werd gebruik gemaakt van de windkracht. In de praktijk draaide de molen (let wel, dus met het volle zeil) pas bij windkracht 6!

In 1953 werd De Salamander, toen al in matige staat, stilgezet. De windkracht was op dat moment buiten gebruik en, naar het zich liet aanzien, voorgoed. In de molen werd evenwel volop doorgewerkt op motorkracht.
Voor de windmolen was de ontwikkeling evenwel een drama: het verval sloeg snel toe en van lieverlee verviel de bovenbouw tot een haveloze bouwval.

In 1974 werd, nadat diverse pogingen tot behoud niet waren gelukt, geconstateerd dat er geen toekomst voor dit monument meer was en kreeg eigenaar Koerts een sloopvergunning.
Tot afbraak kwam het evenwel niet: geëist was namelijk, dat die sloop, om zoveel mogelijk van de molen te redden, door een erkende molenmaker moest worden verricht, en dat was duur. Vermoedelijk heeft die bepaling de molen van de ondergang gered. Er was intussen driftig geadverteerd, zelfs in buitenlandse kranten en tijdschriften, dat de molen te koop was op één voorwaarde, namelijk dat deze ook werd gerestaureerd. Er moet toentertijd ook een plan zijn geweest om de molen over te plaatsen naar een houtzagerij in Assen (Dr.) maar ook dat is (kennelijk) niet doorgegaan. 

Tot verkoop kwam het niet en dus maakte de molen een verval mee dat rond 1982 ronduit dramatisch te noemen was: zo was het riet van romp en kap geheel verdwenen en stond de molen als een skelet met kale roeden te wachten op....

In 1985 volgde dan toch de ommekeer: de oprichting van de Stichting Opbouw Salamander (S.O.S.), zorgde ervoor dat de restanten van de molen bewaard bleven en herbouw in de toekomst mogelijk was. Dankzij de financiële bijdragen van overheden, bedrijven en particulieren, kreeg De Salamander een tweede leven. De molen zelf, althans het karkas dat er nog over was, werd daarna gedemonteerd en opgeslagen.

In 1989 volgde herbouw op een nieuw stuk grond in het oude balkengat. Ten opzichte van zijn oude plaats is de molen niet alleen een stuk verhuisd maar ook ongeveer een kwartslag gedraaid. Voor de restauratie is o.a. gebruik gemaakt van het originele achtkant. In 1990 was de molen uitwendig compleet, maar de herbouw van het zaaggedeelte en de winderij (voor het verplaatsen van de stammen) duurde nog enkele jaren: op 25 oktober 1995 kon voor het eerst in vele jaren weer met windkracht worden gezaagd.

Op de molen wordt momenteel hout gezaagd voor parketvloeren, meubels, scheepsrestauratie en koets- en wagenbouw. Bij windstilte kan m.b.v. een elektromotor worden gezaagd.

In oktober 2014 won de molen de BankGiroloterij Molenprijs; het geld werd bestemd voor de bouw van een bezoekerscentrum annex molenaarsonderkomen. Met dit nieuwe educatieve centrum naast de molen kan men bezoekers ontvangen. Bovendien hebben molenaar en molengidsen dan de ruimte om iedereen het molenaarsvak en de werking van de molen goed uit te leggen.

Eén onderdeel overleefde het ruim 30 jaar durende intense verval en is nog onmiskenbaar aanwezig: de teakhouten windpeluw, vermoedelijk lang geleden door de fa. Koerts uit eigen voorraad gezaagd en vervolgens geplaatst.