De molen was oorspronkelijk een brandersmolen en maakte deel uit van de vroegere krans van 19 molens om de oude stad.

Tot ca. 1950 was deze molen nog in bedrijf voor het malen van graan. In de periode van stilstand daarna ging de staat van onderhoud achteruit en dat bleef niet zonder gevolgen: in 1966 werden beide roeden gestreken.

Evengoed waren er ook plannen voor herstel, zo werden in 1968 nieuwe roeden besteld en geleverd. Maar daarna gebeurde er vooralsnog niets en lagen die roeden ruim vier jaar naast de molen op de kade.
Hierin kwam pas verandering, nadat de molen in 1972 aangekocht was door de gemeente Schiedam. Toen volgde namelijk een restauratie waarbij tot slot een maalvaardige molen werd opgeleverd. Bijzonder belangrijk hierbij was de inzet van vele vrijwilligers: de van binnen verwaarloosde en vervuilde molen werd zolder voor zolder schoongemaakt en waar nodig hersteld.

Al snel was niet alleen sprake van een maalvaardige, maar ook een malende molen: op 1 juli 1974 werd een bedrijf gestart door Fré Kodde, veteraan uit de bekende molenaarsfamilie uit St. Annaland. De officiële in gebruikname was op 5 november dat jaar.
Geëxploiteerd door de Stichting Molen De Vrijheid werd er volop meel geleverd voor het Echte Bakkersgilde. Later kwamen daar moutmeel en rogge voor de ambachtelijke jeneverindustrie, vanouds in Schiedam prominent aanwezig, bij.

Ruim 25 jaar functioneerde De Vrijheid op deze manier met veel succes. Helaas kwam in 2000, na het plotselinge overlijden van Niek Boekestijn jr., die per 1 april 1999 de bedrijfsvoering in Schiedam had overgenomen, een voorlopig einde aan het zeer produktieve bestaan van De Vrijheid. Daarna draaide de molen nog wel regelmatig, maar gemalen werd er niet veel meer.
In 2009 veranderde dit wederom ten goede: de molen maalt sindsdien behalve voor diverse bakkers ook voor branderijen in en om Schiedam.

Met het vorige stel roeden van deze molen is iets opmerkelijks gebeurd: zoals al vermeld waren die in 1968 afgeleverd, maar door omstandheden pas na vier jaar gestoken. In 1979 verhuisden deze Bremer-roeden naar De Drie Koornbloemen (die toen geheel werd gerestaureerd) en kreeg De Vrijheid twee nieuwe exemplaren van het fabrikaat Derckx. Dit alles in verband met aanpassingen aan het maalbedrijf. Mogelijk is dit de enige keer geweest, dat gelaste roeden om economische redenen naar een andere molen zijn verhuisd.

In april 2012 werden beide Derckx-roeden gestreken om op de grond na te worden gekeken en waar nodig gerepareerd. 3 mei werden zij weer gestoken en opgehekt; 7 mei werden de nieuwe fokken aangebracht, waarna de molen als vanouds weer aan de slag kon.

In maart 2016 werd in betrekkelijk korte tijd een grote hoeveelheid graan gemalen, waarna de molen voor ca. acht weken werd stilgezet vanwege noodzakelijke herstellingen aan het metselwerk. Zodra de steigers boven stellinghoogte niet meer nodig waren, werd de molen weer in werking gesteld. In juli dat jaar werd het werk ook beneden de stelling opgeleverd.

In 2021 werd duidelijk dat beide roeden waren uitgediend (iets wat ook gold bij De Palmboom).
Nieuwe roeden werden 1 oktober bij de molen afgeleverd, de oude gingen er op 8 oktober uit. 26 oktober stak de Restauratiewerkplaats Schiedam de nieuwe roeden.