De molen bemaalde vanouds de polder Oudenhof. Deze werd gesticht in 1631.
Steeds werd aangenomen dat de huidige wipmolen uit 1783 dateerde maar dat blijkt sinds 2013 niet langer juist: de molen is van 1819. Een compleet bouwbestek in het polderarchief levert daarvoor voldoende bewijs. Mogelijk heeft de toen nieuwe gebouwde molen een verbrande of beschadigde voorganger moeten vervangen.

In 1926 werd in de molen voor de hulpbemaling een Ericsson-installatie geplaatst, die het scheprad kon aandrijven.

Nadat in 1963 de polder door ontpoldering fysiek opgehouden had te bestaan, werd 1965 de gemeente Oegstgeest eigenaar van de molen, en deze liet hem in dat zelfde jaar restaureren, onder meer door het steken van nieuwe roeden.
De polder zelf werd op 1 juli 1967 formeel opgeheven. Vrijwel tegelijk verrees een complete nieuwe wijk, waardoor de landschappelijke waarde geheel verloren ging: de Oudenhofmolen is al meer dan 40 jaar niet meer dan een vriendelijk accent temidden van flatgebouwen en plantsoenen.

In maart 2003 kreeg de molen nieuwe roeden; ook de trap en schoren werden vervangen. Bij deze gelegenheid werden nummer en gietjaar van de bovenas, die altijd onder de vulstukken verborgen zaten, door de molenmaker ontdekt.

De molen draait in een circuit, d.w.z. het water wordt hier rondgeroerd, zonder dat dit wordt opgevoerd.