De windmolen werd in 1860 gebouwd in opdracht van Catharina Berden, weduwe van Theodoor Geenen, en Bernard Geenen, brander in Heyhuysen, die mede-eigenaar was. Na het overlijden van de weduwe C. Geenen-Berden kwam de molen in bezit van haar kinderen Willem, Martinus en Dorothea. Later werd Martin alleeneigenaar. De molen met het grote molenaarshuis vererfde in deze tak van de familie Geenen. In 1930 werd Maria Helena Seraphina Geenen, gehuwd met Hyppolite Houtappel, koopman in Maastricht, eigenaresse. Na haar overlijden erfden Mathieu Clement Charles Marie Houtappel en zijn zuster Maria Clemence Hyppolite Elisabeth, echtgenote van Gustave Jos Maria Hubert van Liebergen uit s-Gravenhage de molen met aanhorigheden. In 1969 werd de molen door de gemeente Heythuysen aangekocht.
Bij de oudere generaties is deze molen beter bekend als „de molen van Coenen": drie generaties hebben de molen gepacht en bemalen. De laatste windmolenaars waren de gebroeders Jean en Antoon („Sjang en Toon”), waarvan Jean de meeste bekendheid genoot. Hij was onder andere de oprichter en voorzitter van de Midden-Limburgse Molenaarsbond, waarvan Chris van Bussel in Weert, secretaris was.

De molen werd als koren- en oliemolen gebouwd op de Neerakker of Achter het Areven. De weg kreeg later de naam St. Antoniusstraat, genoemd naar de St. Antoniuskapel. In 1886 werd een stoommachine geplaatst en onderin de molen een dubbele maalstoel. De oliemolen werd toen uitgebroken en in de molenberg werden twee kazematten gebouwd. In één ervan, waarschijnlijk de rechter, werd de stoommachine met de stoomketel opgesteld. De machine en de maalstoel zijn ruim veertig jaar in bedrijf geweest. In 1927 werden zij vervangen door een elektromotor van 25 pk en een enkele maalstoel.
Op de molen hebben steeds twee koppel 17der stenen gelegen. In het tweede en begin derde decennium van deze eeuw werden de blauwe Duitse natuurstenen vervangen door kunststenen, die toen sterk in opkomst waren voor het malen van voergraan en rogge. De vrijgekomen blauwe Duitse stenen werden tegen de molenberg gelegd. Nog in de jaren veertig versierden zes stenen de berg van de St. Antoniusmolen. Het laatste koppel daarvan, dat van een links scherpsel was voorzien, hetgeen zeer merkwaardig is voor deze molen, werd in 1972 op de windmolen van Nuenen (N.Br.) gelegd.

In 1927 werd het gevlucht van de molen ingrijpend veranderd. De houten as kreeg een gietijzeren kop van Belgisch fabrikaat en op de nieuwe Pot-binnenroede werd zelfzwichting aangebracht; hiertoe werd de as ook doorboord. De kap werd na het herstel weer met schaliën gedekt.
In 1936 werd op de buitenroede het Bilau-systeem aangebracht; op die manier kon op de binnenroede de zelfzwichting gehandhaafd blijven. Gunstig was dit niet: in verband met het grote gewicht van het Bilau-wieksysteem en de daarop werkende krachten verdient toepassing van dit systeem op de binnenroede duidelijk de voorkeur. De uitvoering werd opgedragen aan de licentiehouder, de firma Wijnveen in Voorthuizen. Hier werd niet het algemene Bilau-systeem aangebracht, maar de variant, met ingesloten klep.
Nadat de molen ongeveer een jaar met de Bilau-wieken had gemalen, achtte men de dertig jaar oude Fransen-buitenroede niet sterk genoeg voor dit wieksysteem, dat de molenroede aan sterk wisselende belastingen blootstelde.
Wat voor soort roede de nieuwe buitenroede was, is niet bekend. Aannemelijk is echter, dat de Fransen-roede werd vervangen door een gelaste Wijnveen-roede. Wat een dergelijke zware roede met de Bilau-kleppen hier voor de houten as met gietijzeren kop aan gevolgen heeft gehad, laat zich niet moeilijk raden: eind 1940 kwam alles naar beneden.

Er werd zolang op de motor gemalen: het bedrijf had naast de eerder genoemde elektrische maalstoel reeds een elektrische hamermolen van 40 PK en een mengmachine met elevator in gebruik.
Eind 1942/begin 1943 werd door de firma Chr. van Bussel uit Weert een gebruikte as en roeden gestoken, waarop het Van Bussel-stroomlijnsysteem werd aangebracht. Hierbij werden eveneens windpeluw, aswiel en wieg (bovenschijf) vernieuwd. Op 24 maart 1943 kon de molen weer in bedrijf worden gesteld.

Met de stroomlijnwieken, het lange gevlucht en de tamelijk kleine overbrengingsverhouding van 1: 5,33 draaide de molen gemakkelijk, ook bij een zware belasting. Als maalstenen werden zelf-scherpende kunststenen van de firma Gebr. Jaspers uit Aarle-Rixtel (N.B.) gebruikt, waarmee voornamelijk enkelvoudig voergraan werd gemalen.

Tijdens de bevrijding in 1944 liep de molen geen schade op. Het mengvoederbedrijf breidde zich in de daarop volgende jaren onder de derde generatie Gebr. Coenen sterk uit. In 1960 kochten zij ook de windmolen en het bedrijf van de erven Rutten in Roggel-Nijken. De St. Antoniusmolen stond toen reeds stil en het pachtcontract werd niet meer verlengd.

In 1969 nam de gemeente Heythuysen de molen, die zich in een slechte staat bevond, over. Het noodzakelijke onderhoud was een aantal jaren achterwege gebleven. De kap lag gedeeltelijk open en derden hadden gemakkelijk toegang tot de molen, zodat aan het interieur inmiddels stevige vernielingen waren aangebracht.
In de loop van de jaren zeventig vonden er nog enige veranderingen plaats. Het mengvoederbedrijf van Coenen werd opgeheven en de grote ronde plaatijzeren silo’s en de bedrijfsruimten kwamen leeg te staan. Het karakteristieke molenaarshuis was onbewoond en ook daarin vonden vernielingen plaats en trad het verval op. Ook de omgeving had reeds een deel van haar landelijkheid verloren.

Aan deze situatie kwam een einde door een restauratie, uitgevoerd door de firma Gebr. Adriaens uit Weert. Het omvangrijke werk werd met een drie dagen durend molenfeest afgesloten. Op zaterdag 14 oktober 1973 lichtte gedeputeerde J. van der Woude officieel de vang.

Probleem bleef echter vochtdoorslag in de romp. In 1978 werd het voegwerk aan de buitenkant vernieuwd. Acht jaar later werd de molenberg deels afgegraven om het metselwerk onderaan de stenen romp aan te pakken. Hiermee was het probleem nog niet opgelost. Bij de laatste restauratie werden de slechte stenen vervangen en de stuclaag aan de binnenzijde van de romp t.h.v. de maalzolder en begane grond verwijderd, zodat het metselwerk beter kan ademen.

Van 2001 tot 2004 werd de molen door molenmakerij Adriaens uit Weert stukje bij beetje gerestaureerd en was toen weer volledig maalvaardig. Opmerkelijk is dat de bovenas moest worden afgedraaid: de hals was niet rond meer, waardoor de molen veel te zwaar liep. Het systeem Van Bussel, dat in 1972 plaats had moeten maken voor Oud-Hollands, keerde bij deze herstelbeurt terug.