De huidige stenen grondzeiler werd in 1889 op de zelfde plek gebouwd na het afbranden van een houten achtkante poldermolen uit 1721 op 30 Augustus 1888 om 13.00 uur.
Vanaf de bedijking in 1507 werd overtollig water van de 385 ha grote polder Zwartenberg rechtstreeks op de Leurse Vaart en de rivier de Mark geloosd.
Begin 17e eeuw was het afvoervermogen vanwege aanslibbing en verzanding drastisch teruggelopen.
Na jaren lange wateroverlast besloten de ingelanden in 1721 een watermolen met stenen goot naar de Leurse Vaart te bouwen. Deze houten achtkante poldermolen brandde in 1888 door blikseminslag af.
Verschillende ingelanden van de polder van Zwartenberg overwogen toen de bouw van een stoomgemaal, maar een molenherbouw van de verzekeringspenningen bleek toch financieel aantrekkelijker. Met een partij stenen, die voor de bouw van de plaatselijke kerk was afgekeurd werd de huidige stenen poldermolen herbouwd voor een totale aanneemsom van 9558 gulden.
In 1922 werd voor de bemaling op windstille dagen een motorpomp in de molen opgesteld.
Het grote ijzeren binnenscheprad is 6,45 m hoog en sloeg tot 1950 het overtollige polderwater uit het hoge deel van het in 1942 opgerichte waterschap 'De Haagsche Beemden', waaronder de polder Zwartenberg.
Bijzonder is dat op de eerste zolder tevens een kleine maalstoel staat die door de koningsspil werd aangedreven. De molenaarsfamilie Coppens maalde hiermee graan voor eigen gebruik en tijdens de Eerste Wereldoorlog tevens voor het dorp Leur.
Na verlaging van het polderpeil in 1945 werd een dieselmotor met vacuümpomp aangeschaft. Na plaatsing van een sterkere motor in 1956 werd er niet meer op windkracht gemalen en raakte de molen in verval.
In 1963 is de molen met bijbeborende grond voor 1.000 gulden overgedragen aan de gemeente Etten-Leur en gerestaureerd. Als gevolg van de ruilverkaveling daalde het polderwaterpeil en verloor de molen zijn bemalingsfunctie.
In 1999 werd het rondmaalcircuit, waarbij het op de boezem uitgemalen water via een ondergrondse buis weer terugloopt naar de 1152 ha vergrote polder, voltooid. Daartoe werden in 1972/73 de waterlopen al gerestaureerd en is de molen toen weer maalvaardig gemaakt voor een reservebemalingsfunctie.

De Zwartenbergse Molen is de enige watermolen in de hele regio van Zuidwest Brabantse die nog volledig functioneert. De molen draait meestal om de twee weken dankzij de inzet van een vrijwillig molenaar.
De molen werd in 2008/2009 gerestaureerd/hersteld in opdracht van het Waterschap Brabantse Delta.

Bron transcriptie: onbekende parenteel c.q. genealogie:

Jacobus Hendricus Moonen was molenaer op de watermolen van Zwartenberg en wonende op de huijsinge daer bij staende. Deze achthoekige molen aan het zuideinde des polders werd in 1722 gebouwd om het polderwater in de Leurse haven te lozen. In 1792 werd Jacobus op een traktement van 120 gulden per jaar aangesteld door het polderbestuur. Hij was op 8-7-1757 te Waspik gedoopt en overleed op de Leur op 11-4-1806. In 1797 leed hij door de rampen des oorlogs 400 gulden schade. Hij is op 4-5-1774 getrouwd met Jacoba van Arendonk, die op 2-8-1769 aldaar werd gedoopt. Zij was herbergiester en molenaresse. Na Jacobus dood trouwde Jacoba, met haar molenaarsknecht Paulus van den Berg. Jacoba, dochter van Wouter van Arendonk op de lange Leur en van Maria Pieter Luijcx. is op 26-07-1848 te Etten-Leur gestorven.

Zoon van Hendrik Moonen Hendrik Moonen was landbouwer en exploiteerde de watermolen in de Zwartenbergse poler onder Etten. Hij werd op 5-2-1799 op de Leur gedoopt en is te Etten overleden op 20-01-1878. Te Etten-Leur trouwde hij op 3-11-1833 met Adriana Lucia Claasen gedoopt op de Leur op 1-12-1799 en op 17-3-1876 te Etten overleden. Zij was een dochter van Jan Jan Claassen en van Antonia Adriaanse Thijs, landbouwers in de Lagebanken onder Etten.