De molen werd in 1684 ter bemaling van de Room- en Meerburgerpolder gebouwd door Claes Jansz. van Staveren en Ary Jacobsz voor ƒ 2175,--

Enige eeuwen heeft deze molen zonder al teveel problemen gefunctioneerd. Pas in de 20ste eeuw kwamen er grote veranderingen, zowel voor molen als omgeving.
1936 was een cruciaal jaar voor deze molen, want er werden toen veel verbeteringen toegepast. Niet alleen het stroomlijnsysteem volgens Dekker, maar ook nieuwe gelaste roeden, iets wat toen nog vrijwel niet was toegepast. Uit het polderarchief wordt duidelijk dat deze op initiatief van A.J. Dekker zijn besteld. Voorts werden hier ook de onderlagers volgens de ideeën van Dekker verbeterd. 
Door al deze moderniseringen leefde de molen, die daarvoor langere tijd in matige staat had verkeerd, totaal op.

Al zeer lang stond de Meerburger ingeklemd tussen de autosnelweg 4a (later A4 genaamd) en het na 1970 aangelegde industrieterrein van Zoeterwoude-Rijndijk. Gezien de geplande uitbreiding van het terrein, de aanleg van sportvelden en nieuwe werkzaamheden aan de A4, werd de locatie in de 21ste eeuw onhoudbaar. 

In 2007 werd de molen van de plek, waar hij sinds 1684 stond, weggehaald, zij het voorlopig: een alternatief binnen de gemeente Zoeterwoude was er niet meer; de in mei 2005 voorgestelde plaats in de Papenwegse polder te Wassenaar bleek evenmin te voldoen. In de zomer van 2007 werd besloten, deze molen te verplaatsen naar Leiderdorp, zij het dat dit niet op korte termijn kon gebeuren. Daarom zou de molen, net als dat eerder bij de Bosmolen was gebeurd, bij molenmakerij Verbij worden gestald in afwachting van zijn definitieve plek. 
Op 20 augustus 2007 begon de fa. Verbij met de ontmanteling. Op 31 augustus werd de operatie voltooid met het afnemen van de kap (compleet met één roede) en het verwijderen van het achtkant. Daarna volgde vervoer naar de werf van Verbij te Hoogmade. 

Na ruim zes jaar als complete romp met kap plus één opgehekte roede met Dekkerwieken bij Verbij te hebben gestaan, volgde in september 2013 de verplaatsing naar de nieuwe locatie in de Munnikenpolder. Daar was uiteraard eerst een nieuwe fundering met waterlopen gemaakt. 

Tot begin 2014 was het opnieuw even stil, maar in het voorjaar dat jaar werd de molen geheel maalvaardig gemaakt. Op 17 april werd de molen opgeleverd. Op 19 juli 2014 werd de molen, tegelijk met de Munnikenmolen, officieel in gebruik genomen en draait en maalt sindsdien geregeld. Ook is deze molen in gebruik als lesmolen voor vrijwillige molenaars in opleiding.