Rond 1840 gingen er stemmen op om in Arkel een molen te laten verrijzen. Op 27 september 1840 werd Antonie Rekoert uit Groot-Ammers vergunning verleend een korenmolen te laten bouwen. Vanwege de hoge accijnzen, de zogenaamde ‘belasting op het gemaal’, zag hij hier evenwel van af.
Korte tijd later, op 15 juli 1846, werd door het plaatselijk bestuur aan Willem van Tuil, korenmolenaar te Giessen-Nieuwkerk, vergunning verleend om in een boomgaard een korenmolen te bouwen. Van Tuil had de boomgaard voor dit doel inmiddels aangekocht. Het provinciaal bestuur weigerde echter een vergunning af te geven omdat naar zijn oordeel de molen te dicht bij de openbare weg was gepland. De minimale afstand tussen rijweg en molen moest vijftig el meten. Omdat het aangekochte perceel kennelijk te klein was het plan aan te passen, kon de bouw niet doorgaan.

In het voorjaar van 1851 werd hetzelfde stuk boomgaard aangekocht door Johannes Westers, aannemer uit Utrecht. Westers had kort daarvoor in het Noord-Hollandse Schermerhorn de twee ondermolens A en B voor ƒ 1.085,-- aangekocht die daar als ondermolens hadden gediend en door en experiment met vervijzeling overbodig waren geworden. Westers zag mogelijkheden beide ondermolens als korenmolens te herbouwen, te weten een in Soest, die ondertussen is verdwenen (zie de database van Verdwenen Molens) en de andere in Arkel.

Om boven de omliggende bebouwing uit te komen, werd de houten romp op een hoge gemetselde onderbouw geplaatst die werd voorzien van een stelling. Vanaf 1851 tot kort voor de Tweede Wereldoorlog was in de molen nog een koppel stenen aanwezig waarmee eikeschors werd vermalen tot run. Dit produkt werd afgezet aan in Gorinchem gevestigde leerlooierijen.

In juli en augustus 1943 volgde belangrijk herstel door de fa. Adriaens uit Weert, onder leiding van Chris van Bussel: een houten roede werd vervangen door een gebruikt exemplaar (dat toen al enige jaren bij de molen lag). Vervolgens werd de Oud-Hollandse ophekking gewijzigd in het systeem Van Bussel. Ook kreeg de molen een ander bovenwiel, afkomstig uit de in 1942 gesloopte beltkorenmolen van Heeze (N.B.). Opmerkelijk: het eveneens uit die molen afkomstige bovenschijfloop is onderweg vermoedelijk gestolen, want het werd bij aankomst van de trein niet aangetroffen!

In 1946, toen de concurrentie van de grotere meelfabrieken steeds meer voelbaar werd, overwoog toenmalig eigenaar C. Scherpenisse de molen gedeeltelijk te laten slopen om in het stenen onderachtkant over te gaan op motorische bemaling. Grote inzet van de Arkelse burgemeester Scheffer heeft voorkomen dat dit kon gebeuren en mede dankzij donaties en leningen kon de molen op 30 december 1947 door de gemeente Arkel worden aangekocht.
Het jaar daarop werd het kruirad vervangen door een lier. Van 1947 tot 1952 was de molen verhuurd aan een lid van de bekende molenaarsfamilie Schuurman.

In 1955 kocht Scherpenisse een koppel stenen aan dat aangedreven werd door een Brons-dieselmotor, voor gebruik tijdens windstille perioden. Door de molen werden toen alleen nog granen tot veevoeder vermalen (malen voor bakkerijen had na 1945 al niet meer plaatsgevonden).
Vijf jaar later werd een belangrijke restauratie uitgevoerd waarbij stelling,  windpeluw, een steenrondsel, staartbalk, korte en lange spruit en vijf velden net werden vernieuwd. Ook verving een Engels kruiwerk de houten rollen.

Toen in 1969 een roede vervangen moest worden, werden bij die gelegenheid op beide roeden fokken aangebracht. Dit kon helaas niet verhinderen dat de molen al een jaar later buiten gebruik kwam.

In 1978/'79 werd de lange spruit in ijzer vervangen en werden de staartbalk, kapzolder en een steenkuip vernieuwd en reparaties aan het rietdek en de stelling uitgevoerd. Die laatste werd in 1982 geheel vernieuwd.

Begin 2010 werd de molen stilgezet vanwege de slechte staat van de fokken. Maar er moet nog veel meer gebeuren; zo was de stenen onderbouw niet best meer en dient grondig te worden hersteld.
Enige tijd later was de molen zover hersteld dat er weer gedraaid kon worden. Later heeft men de onderbouw verhuurd aan diverse startende ondernemingen, maar in 2020 werd anders beslist: de onderbouw zou gaan dienen als bed & breakfast. Te hopen is dat dit niet ten koste gaat van de molen als draai- en ook maalvaardig monument.

De grove verhoudingen van het enorme bovenwiel doen sterk vermoeden dat het afkomstig is van een poldermolen. Dit betekent dat de 'Jan van Arkel' de derde molen is waar dit wiel dienst doet (en dat de molen in Heeze kennelijk ook met onderdelen van elders was gebouwd).