De molen is te vinden aan de westelijke oever van de IJssel en staat daar sinds 1887. In dat jaar werd hij overgeplaatst vanuit Leeuwarden, waar hij als oliemolen 'De Jonge' stond en pas in 1871 was gebouwd. Toen die molen echter in 1887 van een stoommachine werd voorzien, was de windkracht en dus ook de molen niet meer nodig. Aldus verscheen aan de IJssel te Marle voor een afbraakprijs een vrijwel nieuwe molen.

Stichter en eerste eigenaar was Jan Hendrik Kelderman. Hij was molenaarsknecht in het nabijgeleden Wijhe geweest maar begon nu voor zichzelf. In 1921 nam zijn zoon Hermannus Cornelis het bedrijf over. Diens zoon Jan werd eigenaar in 1959 en hij maalde met de molen door tot 1969. Toen beëindigde hij zijn bedrijf omdat het economisch niet meer rendabel was. 

Enige jaren later kwam de molen in andere handen en was er wat de molen betreft sprake van licht verval. Dit werd evenwel nooit ernstig en nadat de molen in 1990 in handen van de stichting "De Wijhese Molen" kwam, werd een flinke restauratie uitgevoerd. 

In 2007 stond De Vlijt vrijwel het gehele jaar stil: na de zware storm van 18 januari dat jaar (waarbij onder meer één van de standerdmolens van Geffen omwaaide) werd een breuk in de bovenas vastgesteld. Die breuk was echter niet zodanig, dat de as onbruikbaar was geworden: in november volgde reparatie door middel van een groot manchet en het aanbrengen van zeer lange houten vulstukken. Op 23 november leverde de molenmaker de aldus herstelde bovenas op. 
De breuk leidde tevens tot de ontdekking van het fabrikaat: het bleek een Koning, gegoten in 1901 in de ijzergieterij te Foxham. 

De molen draait zeer geregeld en er wordt ook gemalen. Naast het al vermelde gaandewerk bevindt zich op de begane grond een koppel maalstenen dat wordt aangedreven door de antieke en bedrijfsvaardige Ruston & Hornby dieselmotor.

Eigenaren van de molen:
J.H. Kelderman (1887 - 1921)
H.C. Kelderman (1921 - 1959)
J.H. Kelderman (1959 - 1971)
Fam. Eilander (1971 - 1981)
Fam. van Dijk (1981-1984)
Fam. de Badts (1984 - 1990)
Stichting De Wijhese Molen (1990 - heden)