De Geestmolen is een achtkante binnenkruier en is waarschijnlijk gebouwd omstreeks 1565. Hij bemaalde de 170 ha grote Geestmolenpolder van de Egmondermeer op de Schermerboezem.

De molen werd in 1886 vervijzeld en waarschijnlijk later pas uitgerust met licht en zwaar werk, zodat de vijzel met twee verschillende snelheden kan worden aangedreven.
In 1963 werd de houten vijzel vervangen door een stalen exemplaar en een elektromotor als hulpkracht geplaatst. De vijzel kon zowel door de molen als de motor worden aangedreven. Met de plaatsing van een nieuw elektrisch gemaal in 2006 verdween de motor weer, zodat de Geestmolen nu weer uitsluitend windmolen is.
De molen is nooit bewoond geweest (vlakbij staat al sinds 1703 een molenaarswoning), maar heeft wel een eigen bedstee.

Vanaf ca. 1960 verrees in deze polder langzamerhand nieuwbouwwijk De Hoef en sindsdien heeft de molen geen vrije windvang meer. Uit vrijwel alle hoeken wordt de windtoevoer ernstig belemmerd. Bovendien werken sommige nabijgelegen flatgebouwen sterk verkleinend. Niettemin werd veel met deze molen gedraaid en soms ook gemalen.

Op 15 januari 2015 brak tijdens het malen de bovenas. Als gevolg kwam het wiekenkruis naar beneden. Bijna twee jaar heeft de Geestmolen zonder as en roeden gestaan.
In november 2016 kreeg de molen een nieuwe bovenas, op 17 november 2016 werden de nieuwe roeden gestoken. Korte tijd later was de Geestmolen weer maalvaardig.