De Bosmolenpolder ontstond tijdens de droogmaking van de Egmondermeer in de 16e eeuw. Deze zeer grote droogmakerijk bestond, vanwege de verschillen in de diverse peilen, uit meerdere onderdelen. Eén daarvan was deze polder. 
Het bouwjaar van de Bosmolen werd altijd gesteld op 1565, of vlak daaromheen. Sinds 2021 kan over het bouwjaar van de huidige molen evenwel anders worden gedacht: onderzoek naar de leeftijd van het achtkant toegepaste hout heeft uitgewezen dat de eiken die hiervoor zijn gebruikt, in 1590 gekapt moeten zijn. Dit houdt in dat deze molen vermoedelijk iets jonger is, uit 1591 of 1592 is waarschijnlijk. De Bosmolen blijft hiermee een zeer oude molen.

In 1883 werd het scheprad vervangen door een vijzel, een grote herdenkingssteen herinnert hier nog steeds aan. In 1930 werd die vijzel voorzien van een Ericsson-installatie, zodat de bemaling niet langer afhankelijk was van de windkracht.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog stond deze molen met één roede. De Duitse bezetter eiste dat deze roede dwars kwam te staan: zo was er minder belemmering voor het dichtbij de molen gelegen vliegveld Bergen.

Niet helemaal duidelijk is, of de windkracht na 1945 nog gebruikt is. In 1953 werd de molen van zijn overgebleven roede en ook de bovenas ontdaan maar bleef steeds, als onderdak van het elektrisch gemaal, in behoorlijke staat bewaard.

Plannen om deze bijzonder mooi gelegen molen te rehabiliteren waren er al heel lang. Rond 1988 werd de Molenstichting Alkmaar en Omgeving daar speciaal voor opgericht. Het was toen ook mogelijk geworden, omdat inmiddels naast de molen een nieuw gemaal was gebouwd en de molen als poldergemaal niet meer nodig was.
Volledig herstel vond plaats in 1992/'93. Vervolgens heeft molenaar/bewoner Peter Heere het interieur geheel gereconstrueerd en tot een prachtig geheel gemaakt, alles zoveel mogelijk volgens oude indelingen en kleuren.

De molen staat uitsluitend met de vijzel 'aan', dus wordt er, als de molen draait, altijd ook gemalen.