Het Naardermeer, dat op natuurlijke wijze is ontstaan, wordt al omstreeks het jaar 900 genoemd en stond tot in de Middeleeuwen via de Vecht in open verbinding met de Zuiderzee. Teneinde de wateroverlast te beperken werd reeds in 1388 de verbinding met de Vecht verbroken door de aanleg van een dam met spuisluis, waarna het meer als binnenboezem van het omliggende gebied ging functioneren.

Diverse droogmakingsplannen volgden, maar alle zonder succes. Zo viel het meer in 1629 droog, nadat het eerste octrooi tot bedijking op 18 december 1623 door de Staten was verleend aan Philippe Calandriny, koopman te Amsterdam. Helaas werd in datzelfde jaar 1629 de bedijking op last van de overheid doorgestoken, vanwege een mogelijke Spaanse aanval op Amsterdam. Over de voor de droogmaking gebruikte molens is iets bekend: uit een proces van 1633 voor het Hof van Gelderland over door Calandriny gebouwde molens te Wamel, Dreumel en Alphen blijkt dat hij voor de droogmaking van het Naardermeer twaalf molens had gebouwd.
Nieuwe plannen werden gemaakt en naar het schijnt heeft men nadien toch nog eens een poging gedaan om het meer droog te leggen. In het rampjaar 1672 moesten namelijk op last van de overheid alle molens en huizen in het meer worden afgebroken en werd de dijk weer doorgestoken. Daarna schijnt het meer niet meer te zijn bedijkt en is het verlaten blijven liggen tot het begin van de 19de eeuw.
In 1803 maakten F.W. Conrad Sr. en S. en A.S. Kroes een plan op om met twee molens het meer droog te maken. In 1804 werd tegen een cautie van ƒ 55.000,-- octrooi verleend tot het droogmaken van het Naardermeer en het vervenen van bepaalde gedeelten van de Zuidpolder, ten noorden van het afwateringskanaal. Men had het plan opgevat om de kosten der droogmaking te bestrijden uit de winsten der vervening. In 1806 werden 140 bunders land drooggemalen, maar de vervening viel tegen en de verdere plannen werden niet uitgevoerd. Er ontstond onenigheid onder de eigenaren en in 1833 was men nog steeds niet verder gekomen dan de droogmaking van een zeer klein gedeelte van het meer. Inmiddels was in 1809 wel de tweede molen gebouwd, de huidige.

In 1831 ontwierp F.W. Conrad Jr. een nieuw plan om met behulp van een stoomwerktuig met een vermogen van 15 P.K. het water verder weg te malen. Dit werd echter niet uitgevoerd. Tenslotte werd in 1854, door het niet nakomen van de voorwaarden, de concessie ingetrokken en bleef het Naardermeer een meer. 

Eerst in 1883 ging de toenmalige eigenaar van het meer wederom over tot drooglegging, nu met behulp van stoomkracht. Ondanks veel moeilijkheden viel het meer nu wél droog, maar door het hoge waterbezwaar als gevolg van kwel moest de onderneming worden opgegeven, waarna men in 1886 besloot, de nieuwe polder weer te laten vollopen. Aldus bleef het Naardermeer definitief een meer. 

In het begin van de 20e eeuw werd dit bijna tot vuilstortplaats voor de gemeente Amsterdam bestemd, maar dat kon worden verhinderd. Vervolgens is het hele gebied, met daarbij de molen, aangekocht door de speciaal voor de redding van het Naardermeer opgerichte Vereeniging tot Behoud van Natuurmonumenten in Nederland.

De in 1809 gebouwde molen bleef, als gevolg van de telkens mislukte droogmakingen, in gebruik als plasmolen, een molen die een grote partij water onder controle moet zien te houden. Tot de dag van vandaag wordt het Naardermeer uitsluitend op windkracht bemalen.

Constructie
Het eiken achtkant staat op ca 2 m. hoge veldmuren. In de loop der tijd is het verstijfd met ijzeren trekstangen, een extra veldkruis per veld en bouten bij de meeste verbindingen.
In de kap liggen twee penbalken waaruit kan worden afgeleid, dat de oorspronkelijke as langer was dan de huidige, die kennelijk uit een andere molen afkomstig is.

De molen is uitgerust met een op een ijzeren wateras draaiend scheprad van afwijkend fabrikaat. Niet alleen bestaat het centerstuk uit vier delen, maar ook is het rad voorzien van naar het hart toelopende gordingen.
De aandrijving van het scheprad week in deze molen af van wat gebruikelijk is. Via de koningspil werd een op de eerste zolder gelegen horizontale as aangedreven. Een rondsel hierop greep in een tandkrans op de buitenomtrek van het scheprad. Bij deze constructie die eind 18de, begin 19e eeuw wel bij een beperkt aantal molens is toegepast was geen onderwiel nodig. Omstreeks 1920 is deze constructie vervangen door de algemeen gebruikelijke aandrijving op de wateras. Hiertoe werd onderaan de spil een ijzeren bonkelaar aangebracht en op de wateras een ijzeren onderwiel. De constructie van het onderwiel was blijkbaar onvoldoende stijf, wat tot gevolg had dat bij hogere snelheden de kammen van beide wielen niet altijd meer in elkaar grepen waardoor ze soms afbraken.
In 1965 zijn de ijzeren wielen vervangen door nieuwe houten wielen en is tevens hiervoor een wielbak gemaakt. Bij de toen uitgevoerde graafwerkzaamheden zijn geen sporen gevonden die erop wezen dat er in het allereerste begin al een wielbak is geweest. Hieruit kan worden afgeleid dat de molen al bij de bouw van de afwijkende constructie moet zijn voorzien.

Op 10 januari 1993 raakte de molen behoorlijk beschadigd door storm (o.m. een roede verspeeld); in de loop van 1994 is dit hersteld. In 2000 kwam de molen weer tot stilstand vanwege defecten aan het bovenwiel (o.m. breuken in de kruisarmen, waarschijnlijk toch een gevolg van de stormschade van 1993); in mei 2002 was de molen weer maalvaardig.
In 2013 onderging de kap van de molen fors herstel, met onder meer nieuwe voeghoutkoppen (in kunsthars) en windpeluw.

In het voorjaar van 2020 was groot herstel aan de gang aan de waterlopen en alles wat daarbij hoort nodig: alle bladen van het scheprad vernieuwd en het metselwerk van de krimpmuren grondig nagelopen. Ook het raamwerk rond de wachtdeur was geheel 'op' en moest worden vervangen. In oktober was de molen weer maalvaardig.