De molen van de voormalige polder Weel en Braken bemaalde deze 76 ha. grote polder als onderbemaling op de polder Obdam. De polder is ontstaan door het droogmaken van een aantal in de polder Obdam gelegen meertjes (of braakjes). Het octrooi tot droogmaking van de vier braakjes onder Obdam, groot tezamen ruim 68 morgen (en later verdeeld in negen poldertjes), werd op 19 januari 1632 verleend aan Jhr. Jacob van Wassenaar, Heer van Obdam, Hensbroek enz. De negen omdijkte en van elkaar gescheiden poldertjes waren oorspronkelijk door acht duikers onder de sloten van de polder Obdam door met elkaar verbonden. Twee ervan, de Weel en de Poel lagen ten westen van het dorp, de overige ten oosten ervan.

Op een in 1680 uit gegeven kaart staan op de Zuiderbraak twee molens aangegeven, waarvan de huidige molen de zuidelijke is. Waarschijnlijk werd het poldertje droog gemaakt en tot in de 18de eeuw bemalen door twee wipmolentjes, waarvan wordt aangenomen dat ze samen een tweegang vormden. Blijkbaar hadden de bedijkers zich verplicht de bemaling van de polder Obdam te versterken met een op de Ringsloot uitmalende extra molen. Op eerder genoemde kaart staat deze met daarbij de vermelding 'Juffermole' getekend op bet buitendijks gelegen boezemland, ongeveer ter hoogte van bet huidige gemaal van de polder Obdam.

Uit een contract tussen de regenten van Obdam en de Ingelanden van de Braakpolder van 29 maart 1690, blijkt dat men deze molen, die indertijd voor gezamelijke rekening werd gebouwd en waarvan de kosten en het onderhoud volgens een bepaalde sleutel over beide was verdeeld, nu kon afbreken. De Juffermole zou worden verkocht tot voordeel van beide polders, mits Obdam de beide grote poldermolens, die door haar waren gebouwd in maalvaardige staat zou houden.
De gang van twee wipmolentjes die als zodanig tot enkele jaren geleden in de verkaveling goed te herkennen was, zal vanwege vervijzeling van één van de molens in de 18de eeuw zijn opgeheven. De noordelijke van beide molens, de bovenmolen, zal in verband hiermee zijn verdwenen. Waarschijnlijk heeft hierbij de naburige polder De Berkmeer, die in 1725 als eerste in deze omgeving de vijzel invoerde, voor deze bemalingswijziging model gestaan. De nu nog bestaande molen, vroeger de ondermolen, zal hiervoor een aanmerkelijk eind zijn gerezen.
Door middel van een hogere stenen voet zal bij op een aan de polder Obdam aangepast niveau zijn gebracht, wat een verklaring kan zijn voor zijn nogal hoge ligging. Blijkens de kadastrale kaart van 1825 was de huidige molen toen al vervijzeld en de enige bemalingsinrichting voor deze polder.
In 1856 is de watergemeenschap tussen de westelijke en oostelijke poldertjes verbroken en is op de Weelpolder een kleine wipmolen met vijzel gebouwd. Deze kleine onbewoonde molen is in 1934 vervangen door een windmotor.

De oostelijke poldertjes werden tot 1966 uitsluitend op windkracht bemalen door de nu nog bestaande molen. In dat jaar werd de bemaling overgenomen door enkele kleine elektrisch gedreven pompjes, waarna de molen nauwelijks dienst meer heeft gedaan.
Als gevolg van een rond 1970 uitgevoerde ruilverkaveling in de polder Obdam is het polderpeil ca. 1,05 m. verlaagd, daarmee kwamen alle onderbemalingen te vervallen.
De polder Weel en Braken werd later opgeheven en in 1972 volgde verkoop van molen en molenaarswoning aan de gemeente Obdam. Niet lang daarna nam een speciaal voor deze molen opgerichte stichting het eigenaarschap over. In 1973-1974 is de molen deels gerestaureerd en sindsdien wordt hij met enige regelmaat weer in werking gesteld, zij het - door de verlaging van het polderpeil - alleen nog in circuit.

Vanwege de slechte staat van beide roeden werd de molen in april 2008 stilgezet. Nieuwe gelaste roeden werden gestoken op 31 januari 2012, waarna de molen weer maalvaardig werd.

Constructief bezien is dit een opmerkelijke wipmolen: de ondertoren heeft in elk veld onder andere over de volle hoogte een groot veldkruis. Ook is de toren in de loop der tijd versterkt met extra ijzeren verbindingsmiddelen. De buitenzijde is onderaan bekleed met een getrapte weeg en pas op ca. 2 meter hoogte begint de rietbedekking.
Koker en bovenhuis zijn zo te zien al eens vernieuwd, vermoedelijk in de vorige eeuw. Ook bovenwiel en -schijfloop lijken al eens vernieuwd te zijn. De stutvang is ooit gewijzigd in een Vlaamse vang.