De Obdammermolen is een achtkante binnenkruier die waarschijnlijk in het laatste kwart van de 17de eeuw is gebouwd. In de regel houdt men 1698 als bouwjaar. Hij bemaalde tezamen met een gemaal de 905 ha. grote polder Obdam op de Vereenigde Raaksmaats- en Niedorperkoggeboezem.
Het gebied, dat de huidige polders Obdam, Hensbroek, De Wogmeer en Ursem omvat, vormde in vroeger tijd een watergemeenschap, met daarin gelegen het Wogmeer dat in open verbinding stond met het omliggende polderwater. Bekend is dat hier al in 1544 windbemaling aanwezig was. Vermoedelijk zijn de molens hier opgericht kort na de invoering van de bemaling in het Geestmerambacht in 1532.
Als eerste scheidde Ursem zich van genoemde watergemeenschap af, naar aanleiding van de bedijking en droogmaking van de Wogmeer, welke plaatsvond volgens octrooi van 1608.
Obdam volgde en scheidde zich in 1659 van Hensbroek en van de ringsloot van de Wogmeer af. Zo ontstond de polder Obdam, waarop als onderbemalingen uitmaalden de volgens octrooi van 1632 drooggemaakte braakjes onder Obdam. Vanwege deze droogmaking was de uitmaling van Obdam nog met een molen versterkt. Deze is omstreeks 1691 echter al weer afgebroken.

Blijkens een in 1680 uitgegeven kaart had de polder Obdam in die tijd drie molens. In 1743 was in ieder geval één van de beide Obdammer molens al vervijzeld. Ter versterking van de bemaling werd in 1877, nagenoeg op de plaats van het huidige gemaal, een stoomvijzelgemaal gebouwd. In 1890 werd de zuidelijke molen, die ca. 150 m. ten zuiden van het gemaal stond en vermoedelijk het oudst was en het eerst vervijzeld, afgebroken.

Deze molen is al in of vóór 1864 vervijzeld en in 1894 met licht en zwaar werk uitgerust. Zo kon de vijzel met twee verschillende snelheden worden aangedreven.

In 1915 bleek bij het steken van een nieuwe roe, dat er scheuren in de as aanwezig waren. Direct volgde vervanging door de huidige, iets ingekorte, haspelkruisas. Deze werd gekocht van de polder Hensbroek, waarvan de molen in die tijd buiten bedrijf was (maar die enkele jaren later - met een andere as - weer in bedrijf zou komen).
Tot 1936 heeft De Obdammermolen gemalen met een haspelkruis. In dat jaar zijn beide roeden voorzien van Bilauwieken. Daartoe heeft men de as doorboord en de tussenschotten uit de askop verwijderd. Deze roeden bestonden uit stalen kokers met hierin gestoken halve houten roeden, die echter onvoldoende stijf waren. Daardoor werd de werking van het Bilauwieksysteem regelmatig verstoord, zodat al in 1937 geheel nieuwe gelaste stalen roeden werden aangebracht, vervaardigd door Wijnveen, welk bedrijf als enige een licentie had voor maken van het Bilausysteem.
Of het systeem Bilau hier echt een succes is geweest, is niet helemaal duidelijk. Een regelmatige gang, iets wat bij koren- en pelmolens zeer gewenst is en bij uitstek een eigenschap van een (goed afgestelde!) Bilauwiek, is bij poldermolens veel minder noodzakelijk. Feit is, dat in 1956, dus na 20 jaar, dit systeem vervangen werd door fokken.

Omstreeks 1970 heeft men de molen als hoofdbemaling van de polder buiten bedrijf gesteld.

In de 20ste eeuw was het polderpeil hier geregeld een probleem: in 1954-1955 heeft men de molen geschikt gemaakt voor diepere bemaling, dit toen vanwege de ruilverkaveling (die ook zou leiden tot een  polderpeilverlaging). Bij die gelegenheid is de achterwaterloop verdiept, de houten vijzel door een langer en smaller stalen exemplaar vervangen en de hellingshoek ervan verkleind.
De peilverlaging ten gevolge van de ruilverkaveling Obdam was echter zo groot, dat in 1975 nogmaals verdieping van de waterloop en verlenging van de vijzel plaatsvond. Opmerkelijk is dat de molen toen al formeel buiten bedrijf was. Blijkbaar heeft men het belang van een goed maalvaardige molen achter de hand, toen ingezien. 
In 2001 ging de molen in eigendom over van het waterschap West-Friesland naar de huidige eigenaar.

In 2005 bleken beide Wijnveen-roeden aan vervanging toe. Gestoken in 1937, waren zij waarschijnlijk de oudste gelaste roeden van Nederland. Met een levensduur van ruim 67 jaar voeren zij voor gelaste roeden vooralsnog de ranglijst aan.