In april 1818 werd door ingezetenen, woonachtig onder Wierum, Fransum, Garnwerd en Aduard, het voorstel gedaan om een watermolen aan het Aduarderdiep op te richten, op de plek waar de Wierumertocht in het Aduarderdiep uitmondt. In negen artikelen werden de voorwaarden voor de bouw van de molen opgesomd: de kosten van de bouw en het onderhoud, alsmede de aankoop van de grond waarop de molen zou komen staan, zouden naar evenredigheid van het aantal grazen land dat ieder bezat, in rekening worden gebracht. In de lijsten komen we de namen tegen van tien boeren, die aan de zuidkant van de ‘Hereweg’ (de oude weg van  Groningen via Dorkwerd naar Aduard) hun landerijen hadden en drieëntwintig boeren die landerijen bezaten aan de noordkant van deze weg. Er werd een rekest ingediend bij gedeputeerde staten van de provincie Groningen met de bedoeling om ook de enkele weigerachtigen te verplichten mee te betalen aan de molen.
Het verzoek voor het oprichten van de molen door Pieter Klaassens Huizinga (1764-1844) - op wiens land de molen zou worden gebouwd - werd goedgekeurd bij resolutie nr. 31 van 9 april 1821. Het zou echter nog tot oktober van dat jaar duren voordat tot uitvoering kon worden overgegaan. De provincie eiste namelijk een verdeling van de kosten door middel van een door ingezetenen opgestelde classificatie, gerekend naar het niveau waarop ieders landerijen lagen. 
Bij de oprichting van de watermolen in 1821 werd onder de naam "Fransummerpolder" het gebied van 589 Ha. onder bemaling van de nieuwgebouwde windwatermolen gebracht.

De nieuwe molen was enkele jaren in functie toen iets opmerkelijks gebeurde: in 1825 kondigde Gedeputeerde Staten van de provincie Groningen een aantal grote veranderingen voor de omgeving aan. Deze hadden ook gevolgen voor de nieuwe watermolen van de Fransummerpolder.
Plan was om langs het Aduarderdiep een met puin verhard pad aan te leggen vanaf de Lindt bij Aduard (Nieuwklap) tot aan de Fransumertocht, waardoor een doorgaande verharde trekweg tot aan Aduarderzijl tot stand zou komen. Dit plan had grote gevolgen voor de watermolen die in 1821 op de dijk van het Aduarderdiep was gebouwd: het pad kon namelijk niet om de molen heen gelegd worden, omdat de nieuwe weg ook bestemd was voor trekschuiten. Er mochten dus geen obstakels tussen de trekweg en het water staan. Zo stonden er bijvoorbeeld geen bomen langs de waterkant van het Aduarderdiep.
De watermolen moest dus verplaatst worden, maar ook de uitmonding van de Wierummertocht moest worden veranderd om de molen weer uit te kunnen laten malen.

Het waterschap ontving op 30 juni 1827 geld van de provincie om de molen volgens het opgemaakte bestek te verplaatsen. Die verplaatsing werd voor ƒ 260,60 uitbesteed aan molenmaker Berend de Haan te Groningen. W.D. ter Borg uit Aduard ontving ƒ 101,-- voor het volgens bestek graven en dichten van de grond bij de molen.

De eerder aangebrachte splitsing in de Wierummertocht die uitmondde in het Aduarderdiep werd gedempt. Er werden een nieuwe fundering en waterloop gemetseld. Tussen de nieuwe fundering en het Aduarderdiep werd een stuk land bedijkt tot een geul om weer op het Aduarderdiep uit te kunnen malen.
De watermolen werd vervolgens afgebroken om amper 60 meter verder weer op te worden gebouwd.

Sinds de verplaatsing van de molen in 1827 stroomt het door de molen opgemalen water uit de Fransumerpolder door een aan weerszijden met dijken aangebrachte droge molensloot, waarna het water door een duiker, onder de weg door, het Aduarderdiep instroomt.

Bij het Statenbesluit op 14 juli 1869 verdween de naam Fransummerpolder en werd het waterschap Fransumer-Wierumerpolder opgericht en het Reglement vastgesteld bij de Statenbesluit van 22 Juli 1869.

Op 17 oktober 1935 werd de Fransummer-Wierummerpolder opgeheven en werden de waterschappen de Fransumerpolder en de Nijlandsterpolder opgericht.
De aanleg van het Van Starkenborghkanaal splitste de polder doormidden en als gevolg hadden beide gebieden qua bemaling niets meer met elkaar te maken. Het zuidelijke deel werd een zelfstandig waterschap (met een eigen bestuur) en kreeg de naam Nijlandsterpolder (138 Ha.) en werd bemalen door een nieuwe windmotor. In 1978 is dat waterschap opgeheven en overgenomen door het waterschap Westerkwartier. Het restant van deze windmotor is na 1981 afgebroken.
Het noordelijke deel werd de Fransumerpolder (451 Ha.), bemalen met de huidige watermolen De Eolus. In 1975 werd dat waterschap opgeheven en overgenomen door het waterschap Westerkwartier. Op 31 dec 1994 ging dat waterschap op zijn beurt over in het waterschap Noorderzijlvest.

Tot 1895 was de molen bewoond; in dat jaar werd een molenaarswoning gebouwd.
In 1925 stak molenmaker Holman uit Stroobos een ijzeren as, afkomstig van de korenmolen te Ureterp. Een deel van de oude houten as diende daarna nog tot 1971 als windpeluw. Het gat voor de zwichtstang was naar verluidt nog altijd te zien!
In 1927 werd bij Pot een nieuwe binnenroede besteld (kennelijk de eerste metalen roede voor deze molen), dit nadat de voorganger door blikseminslag onbruikbaar was geworden. Ook moest de houten vijzel worden vervangen.
De polder moest in die tijd behoorlijk in de molen investeren: op advies van molenmaker Hazenberg kwam er in 1930 een nieuw bovenwiel, een nieuwe houten vang en een nieuwe penbalk.

In 1952 ging de onbruikbaar geworden houten buitenroede eruit, waarna de molen tijdenlang met één (inmiddels niet al te beste) binnenroede verder moest.
In 1963, na ruim 10 jaar met één roede te hebben gestaan, kreeg de molen twee nieuwe stalen roeden met stroomlijnneus en remkleppen, vervaardigd en aangebracht door molenmakerij Bremer; de kosten bedroegen ƒ 18.860,--. Op 23 november 1963 werd de molen officieel in gebruik genomen als hoofdbemaling van de polder.
Let wel: in de tijd dat de molen met één roede stond en in het algemeen in matige staat verkeerde, was er geen tijdelijk gemaal of iets dergelijks: het water werd zoveel mogelijk op natuurlijke wijze afgevoerd op het Aduarderdiep maar als het erg nat was, liet de molenaar de molen (met die ene roede, die ook niet best meer was) malen.

Tijdens een storm in de nacht van 9 op 10 november 1969 ging de molen aan de haal. Molenaarsvrouw Riek Dijk-Rienks kreeg de molen tot stilstand en redde daarmee de molen, maar de schade was aanzienlijk: één roede nagenoeg kaalgewaaid en de meeste kleppen verdwenen. Begin 1970 werd de schade voorlopig hersteld.

Diverse herstelwerkzaamheden en verbeteringen in 1972 kwamen totaal op ƒ 33.000,--. Onder die verbeteringen vielen een nieuwe (stalen) bandvang, ophoging van het molenerf en een kruilier met rondgaande ketting in plaats van de traditionele kruipalen.
In 1978 werd het rietdek geheel vernieuwd; hier en daar zat nog riet van 1827!

De medeoprichter van de Vereniging Vrienden van de Groninger Molens was tevens de initiatiefnemer, die de cursus voor vrijwillige molenaars in Groningen startte. In 1971 ging molenaar Bernard Dijk, op dat moment al twintig jaar molenaar op De Eolus, daar als instructeur vooraan de slag. Dijk heeft zo'n zeventig vrijwillige molenaars opgeleid. Niet alleen Bernard Dijk, maar zeker ook zijn vrouw, de al genoemde Riek Dijk-Rienks, bemaalde de molen.

Aan het begin van de 21ste eeuw raakte deze molen langzamerhand in minder goede staat; de roeden waren aan vervanging toe en de kleppen werden deels verwijderd. Desondanks maalde de molen nog wel.
Op 28 april 2009 werden nieuwe roeden gestoken en ook een nieuwe vijzel geplaatst; ook zijn de staart en schoren vervangen. Daarmee was deze molen weer volledig voor zijn taak berekend.
Omdat de roeden op de hoeken van het achtkant wat weinig ruimte hadden (vermoedelijk als gevolg van het nieuwe, dikkere, rietdek) is bij de nieuwe binnenroede de porring iets vergroot.

In mei 2022 kreeg de molen een nieuwe penbalk. De oude, die in 1930 was aangebracht, kon de druk (letterlijk) niet meer aan en bleek van binnen ook verrot.