Reeds in de 13e eeuw lag hier een molen die aan de Heren van Wittem toebehoorde en de banmolen van hun heerlijkheid was. Gedurende twee eeuwen voerden zij de naam Van Wittem, latere Heren droegen onder andere de naam Van Pallant, Van Waldeck en Von Plettenberg. Ferdinand Adolf von Plettenberg liet zijn wapen in steen aanbrengen op de achtergevel van de korenmolen.

De heerlijke goederen werden in de Franse Tijd in beslag genomen en als domeingoed openbaar verkocht. Eigenaar werden de Gebr. Defisenne, renteniers in Aken. Zij verkochten de graanmolen en het huis in 1807 aan de landbouwer Willem Jacob Watrin te Gulpen. Deze gebouwen lagen toen op de linkeroever van de Geul. De stallen en schuren lagen op de rechteroever en werden door Watrin verpacht.
In 1828 werden de opstallen op de rechteroever afgebroken en vervangen door één groot gebouw, waarin Carl Joseph Hollmann een papiermolen vestigde, zijn tweede. Hij vervaardigde reeds papier op de Onderste Molen en was daardoor de grondlegger van de latere papierindustrie in Mechelen.
Hij stierf echter in hetzelfde jaar en de papierfabricage werd door zijn zonen tot in het begin van de jaren dertig voortgezet. In 1828 was ook W.J. Watrin overleden. De erven Watrin namen de papiermolen in dezelfde tijd van de Gebr. Hollmann over en verhuurden de molen aan Jan Mathijs Noppen, bedrijfsleider van Onderste Molen.

Bij deling van de nalatenschap van Willem Jacob Watrin in 1840 werd Willem Francis Watrin uit Ertzelbach in Pruisen eigenaar van de graanmolen en Thomas Watrin uit Epen eigenaar van de papiermolen.
In 1847 verkocht W.F. Watrin de graanmolen met huis en verdere aanhorigheden aan de molenaar-pachter Michiel Claessens. De papiermolen werd verpacht aan de eerder genoemde Jan Mathijs Noppen; in 1855 werd hij eigenaar.
In die tijd werd de graanmolen aangedreven door een middenslagrad met een middellijn van 5.86 m. en een breedte van 0,83 m.; de papiermolen door een middenslagrad met een middellijn van 6,72 m. en een breedte van 0,80 m.

De papiermolen was toen al een jaar of tien buiten werking en de inrichting verwijderd. Noppen gaf in 1856 een andere bestemming aan het gebouw dat volgens de kadastrale legger werd ingericht als schorsmolen. In een verkoopakte van 3 januari 1857, verklaart Jan Mathijs Noppen aan Jan Antoon Teusch te hebben verkocht een huis met bergplaats en gebouw, genaamd De Bovenste Molen, met tuin en weide. In 1856 was Noppen met Teusch, die apotheker in Gulpen was, een verbintenis aangegaan om in de molen kunstwol te vervaardigen. Bij de vervaardiging van kunstwol werden lompen met behulp van een kunstwolmolen uiteen gerafeld, waarna de vezels met schapenwol werden vermengd en tot garens gesponnen.

De molen op de rechteroever wisselde nog enige malen van bestemming en eigenaar. Enige tijd werd er ook weer papier vervaardigd. Bij een verkoop op 30 januari 1882 werd Jan Mathieu Pluymaekers eigenaar; daarmee kwam het gehele complex van de Bovenste Molen in handen van één persoon.
De ontruimde papiermolen kwam nooit meer in bedrijf: in 1898 werd het waterrad gesloopt. In hetzelfde jaar werd het rad van de korenmolen vernieuwd en uitgevoerd als kroprad met een middellijn van 6,40 m. en een breedte van 0,80 m.
Pluymaekers overleed in 1897, zijn echtgenote in 1912.
Het bedrijf werd daarna voortgezet door de zoon Hendrik Hubert.
In 1914 kreeg hij van het provinciaal bestuur toestemming om de graanmolen te verplaatsen naar het gebouw van de voormalige papiermolen op de rechteroever van de molentak en om een turbine te plaatsen. De maalinrichting en de Francisturbine werden geleverd door de firma Atorf en Propfe uit Paderborn (D.). De hoge maalstoel bestond uit gietijzeren kolommen waarop twee koppels 17der stenen lagen waarvan de steenspillen met een riem door riemschijven op de verlengde verticale turbine-as werden aangedreven. Deze aandrijving bevond zich in een turbinekamer met een lessenaarsdak die tegen de kopgevel was gebouwd.

De Geul splitst zich ongeveer 120 m. boven de molen in twee takken. In de rechter-afslagtak bevond zich vroeger een houten overlaat als verdeelwerk, zodat het water in de linker- of de molentak werd geleid. In de jaren 1950 werd de houten constructie vervangen door een betonnen. Aan de achterzijde is de overlaat uitgevoerd met een vistrap. Naast de maalsluis bevonden zich destijds in de molentak drie lossluizen.
De ruimten op de linkeroever, waarin eerst de korenmolen was ondergebracht, werden na de verplaatsing van de molen bij het woonhuis getrokken.

Pluymaekers kon op een zeker moment niet meer aan zijn financiële verplichtingen voldoen en in 1928 werd het molencomplex verkocht. Eigenaar werd Willem Hubert Theodoor Douven, landbouwer op de Schiffelderhof te Heerlen. Hij verpachtte de molen aanvankelijk aan W. Lanckohr, maar in 1935 betrok hijzelf de molen. Op 8 maart 1966 verkocht hij de molen met aanhorigheden aan zijn neef René e Joseph Hubert Douven, die sinds 1949 in de molen werkzaam was.
Kort nadat Douven bij zijn oom in dienst was getreden, werd een kleine hamermolen met een snellopende luchtgekoelde Magirus-Deutz dieselmotor aangeschaft voor het malen van mengvoeders. De molenstenen werden vrijwel niet meer gebruikt. Tenslotte werd ook de verkoop van het zelf-gefabriceerde veevoer verdrongen door fabrieksmeel, hetgeen het einde van de molen als maalbedrijf betekende.

Het woonhuis en de voormalige papiermolen zijn witgekalkte stenen gebouwen. Het woonhuis met twee à drie wooneenheden is een langgerekt gebouw met een hoog pannenschilddak.
De molen is een karakteristiek fabrieksgebouw uit de vorige eeuw met één verdieping en een hoge zolder onder het markante wolfdak. Voor de molen liggen oude schuren en stallen uitgevoerd in vakwerkbouw. Een fraai molencomplex, dat ook door zijn ligging langs de weg Mechelen-Epen van grote landschappelijke betekenis is. Het was dan ook niet zonder reden dat op initiatief van de oud-burgemeester van Wittem J.J.M. Ficq door molenaar Joseph Douven en de Molenstichting Limburg plannen werden ontwikkeld om de 150 jaar oude molen te restaureren en weer een maalfunctie te geven.

Op het einde van 1975 waren de voorbereidende werkzaamheden afgerond en kon met de eerste fase van de omvangrijke restauratie worden begonnen. De turbine was door verzanding en langdurige stilstand niet meer bruikbaar en zou door een waterrad met een daarbij behorend gangwerk worden vervangen. Na veel zoeken werd een ijzeren gangwerk gevonden in de Moulin Vilvorder Forges, een industriële molen in Baelen bij Verviers (B.).
De bestaande maalstoel werd afgebroken en vervangen door de Belgische stoel, ook bestaande uit gietijzeren kolommen, die de houten steenbedding van de zolder ondersteunen, waarop twee koppels kunststenen liggen. Het gangwerk in de stoel bestaat uit een groot conisch aswiel, dat een kleine conische bonkelaar op de koningspil aandrijft. Daarboven bevindt zich het spoorwiel voor de aandrijving van de twee steenrondsels. De koningspil is tot boven de steenzolder verlengd voor de aandrijving van transmissie-assen. die in fraaie glijlagers van een zeer oud model zijn opgehangen.
Het waterrad met de daarbij behorende watertoevoer werd door Ing. van Bussel ontworpen, op verzoek van de Rijksdienst voor de Monumentenzorg een ander type dan bij de Volmolen in Epen. Gekozen werd voor Zuppingerrad, een type dat onder sterk wisselend verval nog een hoog rendement heeft. De middellijn bedraagt 6,50 m. en de breedte 1.80 m. Het rad werd gebouwd door de B.V. Mechanische Industrie Habets in Nuth.
Van de oude maalstenen werd één koppel 17der zelfscherpende Permanentstenen, voorzien van een gatenscherpsel van de firma Jan Kuyken uit Kiewit-Hasselt (B.), nog gebruikt, het andere koppel voor het malen van tarwe werd geleverd door de firma A. Kees uit Leende.

Helaas overleed molenaar Joseph Douven plotseling op 21 januari 1978. De restauratie, waarvoor hij zich geheel had ingezet, werd drie maanden later voltooid.
Door Douvens heengaan werd de toekomst van de molen onzeker. Eind 1979 werd de molen verkocht aan de Vereniging tot Behoud van Natuurmonumenten in Nederland. Voor de exploitatie werd de Stichting De Bovenste Molen opgericht. Begin 1981 werd met de verdere inrichting van de molen begonnen, gebaseerd op het malen van biologische tarwe en de bewerking van een aantal graanprodukten voor natuurvoedingswinkels.

Voor de ontvangst van grondstoffen werd een grote houten silo ingebouwd, bestaande uit zes cellen en een capaciteit van ongeveer 60 ton. Geïnstalleerd werden: twee reinigers voor het schonen van grondstoffen; twee mengketels, één voor het samenstellen van de te malen mengsels, de andere voor de opvang en afzakking van meel; een bloembuil; een tarwepletter en een grote peller voor gierst of vogeltjeszaad en boekweit. Daarmee behoort de molen tot de best ingerichte watermolens van Nederland.

Inmiddels is de exploitatie als maalwerktuig verleden tijd; vermoedelijk heeft de Stichting De Bovenste Molen, net als de ’Stichting De Volmolen Epen’, het begin jaren negentig niet gered nadat de markt opengesteld werd voor goedkoop Duits meel.

In de zomer van 2009 was de molen niet maalvaardig maar er is later wel het een en ander hersteld. In 2017 zijn een aantal kammen vernieuwd en de steenkoppels opgeknapt, maar helaas staat de molen door gebrek aan molenaars nu stil.