De Googerpolder werd op 1 augustus 1626 gesticht. Op 30 januari 1649 werd de polder verenigd met de Grote Veender- en Lijkerpolders en op 1 mei 1717 daarvan weer afgescheiden. Krachtens octrooi van de staten van Holland en Westvriesland van 16 maart 1715 werd de polder bedijkt en drooggemaakt. Ongetwijfeld is de huidige stenen molen naar aanleiding van dit besluit gebouwd.

Er is vaak beweerd dat de molen in 1833 is uitgebrand (door een oververhitte vang) en daarna opnieuw opgebouwd; dit spoort niet met het feit, dat Joost Timmers uit Oude Wetering in 1839 de gehele kap vernieuwde. Mogelijk heeft die brand wel plaatsgevonden, maar dan in 1838 of '39.

Op zaterdag 18 april 1903 voltrok zich een ramp: de as brak tijdens het malen. Het complete wiekenkruis, de lange spruit en één lange schoor werden verwoest, terwijl andere delen van de kap werden beschadigd.
De maandag erna had het polderbestuur de zaak al redelijk onder controle: in Dordrecht werd een sloopas aangekocht en waarschijnlijk ook een roede; bij Pot in Kinderdijk werden twee nieuwe roeden besteld, waarvan er één werd geleverd.
Het ongeluk had geen gevolgen voor de jonge, nog geen drie jaar in functie zijnde molenaar Hein de Jong; molenmaker Boot schreef het toe aan het breken van één van de roeden tijdens het malen.
Mogelijk is de ramp van 1903 toe te schrijven aan overbelasting: deze molen moest er vanouds zwaar aan trekken om het water van de Googerpolder in één keer naar boven te kunnen brengen; zo is het bovenschijf ooit vergroot, zeer waarschijnlijk om de molen makkelijker aan te laten lopen (inmiddels is dat bovenschijf vervangen, zodat die ombouw niet meer is te herkennen).

De Dekkerwieken, die reeds in 1929 werden aangebracht, zullen er zeker toe hebben bijgedragen dat de molen beter ging functioneren. Daar bleef het niet bij: in 1932 werd de houten vijzel vervangen door een stalen exemplaar, besteld bij de Leidse machinefabriek Overrijn.
Direct na de oorlog maalde de molen zijn eigen, toen geïnundeerde, polder droog.

De Googerpolder werd tot 1956 uitsluitend op windkracht bemalen (270 ha, opvoerhoogte 4,30 m.). In dat jaar werd een hulpmotor in de molen bijgeplaatst. Sinds vele jaren staat op enige tientallen meters van de molen een elektrisch vijzelgemaal en is de motor uit de molen verwijderd.

Zeer lang heeft deze molen problemen gehad wat betreft vochtdoorslag. Mogelijk toch het gevolg van brand? De bakstenen romp bleef namelijk op veel plaatsen poreus, ondanks vele herstelpogingen. Als gevolg sloegen muren door, gingen de koppen van de houten vloerbalken rotten en werd de bewoonbaarheid nogal eens een moeilijk punt. Ook raakte de molen tegen het einde van de 20ste eeuw steeds meer in verval. Rond 1980 kon niet meer gesproken worden van een maalvaardige molen: ook de (uit 1839 daterende) kap werd slecht.

Halverwege de jaren '90 werd een verlossende restauratie uitgevoerd waarbij zeer veel werk aan de stenen romp en waterlopen nodig was. Ook werden kap, wiekenkruis en vijzel geheel vernieuwd; in 1996 werd de molen feestelijk in gebruik genomen.

In de zomer van 2016 werden de fokken verwijderd vanwege de matige staat en was de molen als gevolg niet maalvaardig. In juli 2017 zijn nieuwe fokken aangebracht en verrichtte men nog wat aanvullend herstel en schilderwerk. Zaterdag 14 oktober 2017 vierde de molen, officieel in bedrijf gesteld door prinses Beatrix, geheel maalvaardig zijn 300-jarig bestaan.

Molenaars van deze molen:
Jacobus de Jong (1890 - 1900)
Hendrik 'Hein' de Jong (1900 - 1948)
Jacobus de Jong (1948 - 1952)
Arie van den Bosch (1952 - 1969)