De geschiedenis van "de Hamse Molen" gaat terug tot het jaar 1810, toen in Wanroij werd besloten om een eigen standerdmolen te plaatsen. Tot die tijd bevond zich in Wanroy geen molen. Drie personen vormden een compagnonschap om de molen te gaan exploiteren.
Tijdens de bouw kocht één ervan, J. Reijnen, beide andere deelgenoten uit en werd hierdoor de eerste molenaar van Wanroij en stamvader van het muldersgeslacht Reijnen.
Op 10 mei 1811 draaide "de Hamse Molen" voor het eerst. De naam van de molen was afgeleid van de vlakte waarop de molen werd gebouwd, "het Hamse veld".

Vijf generaties Reijnen hebben de Hamse molen geëxploiteerd. Vooral in de oorlogsjaren 1944-1945 was de molen een zegen voor de Wanroijse bevolking: er werd vooral 's nachts gemalen om de controleurs zoveel mogelijk te ontlopen.
Na de oorlog begon de molen tekenen van verval te vertonen. In 1947 deelde de vereniging "De Hollandsche Molen" aan het gemeentebestuur mee, dat de Hamse Molen hoog nodig aan herstel toe was. Met financiële medewerking van het Ministerie van Onderwijs, Kunsten en Wetenschappen en de gemeente Wanroij werd de molen in 1950 door eigenaar H. Reijnen sr. gerestaureerd. Opmerkelijk was één wijziging van het uiterlijk: de grote achtpuntige ster aan beide zijden van de kast werd een vijfpuntige.

In 1959 werd door H. Reijnen jr. aan de Dorpstraat een nieuwe elektrische graanmaalderij opgericht. Dit had tot gevolg dat de molen vrijwel niet meer gebruikt werd.
In 1961 werd de molen en de grond eigendom van N.V. Van Gemert, die de grond wilde gaan gebruiken als bedrijfsterrein. Met de molen gebeurde helemaal niets, met als gevolg dat er snel verval optrad. In de loop van de jaren '60 ging de molen ook duidelijk voorover hellen.

Weer werden er pogingen ondernomen om de molen te restaureren. Ook aan verplaatsing van de molen werd gedacht. Door molenmaker Beijk uit Afferden werd een begroting opgesteld. De kosten werden geraamd op ƒ 70.000,--; de verplaatsing van de molen op ƒ 40.000,--.
Door onvoorziene omstandigheden kon de restauratie niet doorgaan. Het gemeentebestuur van Wanroij zat echter niet stil. Allerlei acties werden gevoerd tot behoud.

Op het moment dat bijna alles geregeld was en de molen eigendom zou worden van de gemeente sloeg het noodlot toe: op 3 juli 1974 viel de molen van pure verwaarlozing om. Temidden van de ravage stond alleen de standerd nog overeind. Al enige jaren had de molen voornamelijk op de binnenroede geleund, tot ook die de zware en oneigenlijke last niet meer aankon.

Er werd vervolgens hard gewerkt om deze molen, door De Hollandsche Molen als "cultuurmonument enig in zijn soort in geheel Nederland" aangeduid, te herbouwen. Op 23 september 1974 kwam het verlossende antwoord van het Ministerie van CRM, alleen zou de subsidie pas in 1977 uitgekeerd worden.
De plaatselijke commissie van de ruilverkaveling Wanroij wees de gemeente een perceel toe op enkele honderden meters van de plaats waar de ingestorte molen had gestaan.
Op 12 januari 1977 besloot de gemeenteraad van Wanroij een krediet van ƒ 293.580,-- beschikbaar te stellen voor de herbouw. Gedeputeerde Staten gaven goedkeurig aan het voorstel, waarmee met de herbouw kon worden gestart. Het had wel zeer veel inspanning gekost.

In maart 1977 startte aannemersbedrijf Gebr. Van der Zanden B.V. met de onderbouw, terwijl molenbouwer Beijk in augustus met de overige werkzaamheden begon. Tijdens de bouw waren er nog wel problemen met de as (de oude insteekas was tijdens de val van de molen gebroken) maar ook deze moeilijkheden werden opgelost. Er kwam een nieuw gegoten ijzeren askop in de bestaande houten as. Van de oude molen werden houten gedeelten van de bovenas, standerd en bovenwiel opnieuw gebruikt.
De herbouw van "De Hamse Molen" kostte uiteindelijk ƒ 313.800,--.

In latere jaren liep de omgeving van de molen gevaar vanwege de voorgenomen uitbreiding van het industrieterrein. Nadat aanvankelijk was besloten, de molen opnieuw te verplaatsen, werd daar eind 2005 van afgezien; bij de aanleg van het terrein hield men rekening met de molen.

Eind 2014 is de molen stilgezet vanwege de matige staat van de roeden. In de zomer van 2016 bleken deze gestreken. In november 2016 stak men nieuwe roeden, die daarna weer werden voorzien van het systeem Van Bussel.