De molen werd in 1870 gebouwd door molenmaker Roelof Hunse uit Assen voor de bemaling van de polder De Vereniging (613 ha). Voor deze verenigde polder bouwde men niet ver van Baflo nog een molen, De Ruimte genaamd. Deze brandde op 28 februari 1967 af, kort na een uitgevoerde herstelbeurt.

Door werkzaamheden in het kader van de ruilverkaveling Delt-Oudeweer werd De Zilvermeeuw in 1965 reservegemaal en is ook als zodanig in 1973-1974 door de fa. Bremer gerestaureerd.

Vanaf ca. 2000 verkeerde de molen echter in minder goede staat en was toen ook niet langer maalvaardig. In 2005 werd de molen voorlopig stilgezet en de kleppen van de zelfzwichting verwijderd.

In 2007 begon de fa. Doornbosch met een grote herstelbeurt aan wiekenkruis en staart. Eén en ander vorderde langzaam; pas in 2009 was weer sprake van een draaivaardige molen. Het gaandewerk moest nog verder worden hersteld, zo dienden vrijwel alle in de vier wielen aanwezige kammen te worden vernieuwd.
In 2014 heeft men de molen rechtgezet, de kap van nieuw riet voorzien, de vijzel hersteld en de veldmuren opnieuw gevoegd. Kort daarna volgde het gaandewerk. Dit werk is eveneens uitgevoerd door de fa. Doornbosch.

Op 10 oktober 2015 werd de molen feestelijk in gebruik genomen. Diezelfde dag gebeurde dat bij de Krimstermolen, ook die molen was geruime tijd niet maalvaardig geweest.