De Oud Aasepolder werd op 7 april 1629 gesticht. Later werd deze polder bekend als "Blauwe polder". Dit ongetwijfeld naar zijn toenmalige molen, een wipmolen met een (blijkbaar) blauw geverfd bovenhuis.

Die wipmolen werd in mei 1904 afgebroken vanwege de slechte staat, waarna de huidige molen werd opgericht. Deze werd hiertoe voor ƒ 950,-- gekocht van sloper J.B. Thobé uit Dordrecht en ter plekke herbouwd door molenmaker Vrijburg uit Oud-Ade. In september 1904 was de nieuwe Blauwe Molen maalvaardig.

Er is wel verondersteld dat het achtkant afkomstig is van één van de in 1772 gebouwde boezemmolens te Hillegersberg; deze molens werden per 1 november 1899 buiten gebruik gesteld en successievelijk voor de sloop verkocht. De romp van molen nr. 2 en de kap van molen nr. 3 zouden hier dan samengevoegd zijn tot één nieuwe molen.
Evenwel is ook gebleken dat het achtkant bij de opbouw in 1904 duidelijk is ingekort en dat zou met de aankoop van een vrijwel even groot achtkant uit Hillegersberg niet in die mate nodig zijn geweest. Verder heeft men geen gebruik gemaakt van ijzeren roeden, maar de bestaande houten roeden van de wipmolen hergebruikt (na verlenging); ook het meeste gaandewerk is afkomstig uit de voorganger. Feitelijk ligt daarmee de vraag over de herkomst van het achtkant van de Blauwe Molen weer helemaal open!

Tot 1960 bemaalde de molen de Blauwe polder (ca. 250 ha, opvoerhoogte 1,55 m.) en raakte, eenmaal buiten bedrijf, snel in verval. In 1968 werd de molen eigendom van de Stichting Zuid-Hollands Landschap en in 1971 volgde een grondige restauratie.

De molen is sindsdien voor beheer en onderhoud ondergebracht bij de Rijnlandse Molenstichting. Al in de jaren '70 werd er op vrijwillige basis vrij veel met deze molen gedraaid.

Als gevolg van de afdamming van de Achterwatering, het stuk boezemwater waarop de molen uitmaalde, kan de molen sinds ca. 1980 alleen nog in circuit malen. Helaas is dit circuit veel te klein om deze molen met zijn grote capaciteit recht te doen. Het scheprad staat daarom doorgaans uit het werk.

Naast de molen is een overhaal aanwezig; een soort windas waarmee boten over de kade van boezem- naar polderpeil konden worden gesleept en andersom. Deze overhaal is, net als de molen, Rijksmonument.

Molenaars van de Blauwe Molen:
Piet Kraan (1877 - 1912)*
Gerrit Kraan (1912 - 1960)
* Piet Kraan was ook molenaar op de voorganger.