In 1861 kregen de houthandelaars de gebroeders Abraham en Frank Elfrink van de gemeente Deventer toestemming om op het Bolwerk een zaagmolen te bouwen. In 1863 werd de molen in gebruik gesteld.

Na 1898 komt Hendrik Ennen hier als molenaar. In 1917 ging hij met de gemeente een huurcontract voor de grond aan, dat tot 1947 zou duren. Vanaf 1927 werkte Ennen bij N.V. Stoomhoutzagerij De Wilpse Dijk en gebruikte de molen alleen nog als opslagloods. De toestand van de molen zelf ging achteruit.

In 1931 verkocht Ennen de molen aan zijn werkgever De Wilpse Dijk. Dit vennootschap verlengde direct het huurcontract met de gemeente tot 1967. Na afloop hiervan onteigende de gemeente grond en molen vanwege het uitbreidingsplan Dubbelstad. Dit plan werd echter niet verwezenlijkt.

In 1950 had De Wilpse Dijk nog voor eigen rekening het riet op de molen laten vervangen en in 1955 werd het wiekenkruis, dat toen door een storm beschadigd was, hersteld met tweedehands roeden, afkomstig van de toen onttakelde Kilsdonkse Molen te Dinther. Ook kreeg de molen wederom een stelling, de vorige was al enige tijd verdwenen.
Na de onteigening in 1967 raakte de molen verder in verval en sloopte men de omringende huisjes.

Op initiatief van een actiegroep, die de molen weer in oude glorie wilde laten herstellen, werd in 1974 met ingrijpende werkzaamheden begonnen. De aktiegroep veranderde zich toen in de Stichting Bolwerksmolen.
In 1976 werd dit grote herstel afgesloten en nam de Stichting de exploitatie van de molen in handen: er werd weer regelmatig gedraaid en ook gezaagd. Daar bleef het niet bij: men had inmiddels bij de molen ook een molenaarswoning in Sallandse stijl gebouwd.

In de 21ste eeuw werd duidelijk dat de molen aan nieuw herstel toe was: op 23 september 2005 werd begonnen met een grondige restauratie. Onder meer moest de fundering worden verzwaard en de molen rechtgezet; daartoe werd het achtkant van de onderbouw getild. Van de gelegenheid werd gebruik gemaakt om dit weer van nieuw riet te voorzien. In de loop van 2006 vorderde het werk, 30 oktober werden nieuwe roeden gestoken.
Overigens vonden sommigen dit rechtzetten een te dure oplossing voor een niet eens zo groot probleem: de scheefstand van de molen bedroeg slechts 0,47°.

De gietijzeren krukas is zes meter lang en bestaat, opmerkelijk, uit twee stukken. De diameter bedraagt 16,5 cm.; de slag 46 cm. De as is vijf keer gelagerd en voorzien van Stauffervetpotten. Eventueel kan de krukas ook via een kettingaandrijving door een elektromotor in beweging worden gebracht.