De Vroedschap van Schiedam gaf op 26 februari 1770 toestemming tot het bouwen van de molen, waarbij rekening gehouden moest worden met de reeds bestaande molens De West en De Star; de molen mocht niet hoger worden in verband met de windvang van voorgenoemde molens.
De Drie Koornbloemen was de eerste moutmolen na 43 jaar die gebouwd werd in opdracht van een "Compagnieschap van geïnteresseerden", ofwel branders: zakenlieden die zich bezighielden met de jeneverindustrie, iets waar Schiedam vanouds bekend om was (en is).
Erg lang heeft de molen niet gemalen voor die (toen 18) branders, want al in 1814 werd dit een 'bakkersmolen'. 

In 1844 volgde een forse verbouwing: de maalstenen verhuisden een zolder hoger en werden tot vier uitgebreid. Tevens kwamen er twee pelstenen bij waarmee, in ieder geval tot 1917, voornamelijk rijst gepeld werd. Dit alles gebeurde in opdracht van Willem Kouwenhoven, die vanaf 12 maart 1831 eigenaar was. Hij was het ook die, waarschijnlijk in 1832, een woning in de molen realiseerde en een huisje tegen de molen liet bouwen. Hierbij werd de zijgevel van een naastgelegen pandje van de Vlaardinger Poort en de verbindingsmuur tussen de molen en de poort gebruikt, zodat de huisje een wat vreemd uiterlijk kreeg. Eén muur bouwen en een dak er op was voldoende. Ook werden er grote vensters in de molenromp gemaakt. Behalve voor malen en pellen werd de molen toentertijd ook gebruikt voor het zagen van mahoniehout.
Willem Kouwenhoven bleef molenaar tot 1882, toen zijn zoon Jan het molenaarschap overnam. Deze overleed echter al in 1895 en toen werd de derde generatie Kouwenhoven, opnieuw een Willem, molenaar.

Op 10 juni 1927 verkocht Kouwenhoven de molen aan Jacob Poot, een Vlaardingse graanhandelaar. In die tijd 'sierden' reclames de molenromp, maar de molen raakte in verval en werd in 1935 verkocht aan de Schiedamse molenvriend J.R. Sjoer, die met veel moeite een restauratie kon laten uitvoeren. Vervolgens ging Sjoer, zomer 1938, zelf malen voor zijn eigen steen- en tegelbedrijf. Op windkracht werden stenen tot gruis gemalen via een 'kogelmolen'. Deze kogelmolen stond helemaal beneden en werd via een voormalige steenschijfloop en een lange stalen as door het spoorwiel aangedreven. Het zal een stoffige en lawaaiige bedoening zijn geweest... 

Sjoer hield dit een aantal jaren vol en verhuurde vervolgens in 1951 zijn molen aan P. van Voorden, die hier een graan- en veevoederbedrijf startte. In 1955 werd Van Voorden eigenaar en liet een jaar later enige herstelwerkzaamheden uitvoeren.
Langzamerhand werd de windkracht echter minder gebruikt. In 1970 werd de molen stilgezet en de buitenroede, die onbetrouwbaar was geworden, gestreken. In 1976 kocht de gemeente Schiedam de molen, het onderhoud was voor Van Voorden niet langer op te brengen. 

Drie jaar later werd de molen draaivaardig gerestaureerd en kreeg ook twee andere roeden: de Bremers, afkomstig van De Vrijheid, werden hier gestoken en voorzien van fokken met remkleppen; ook was De 3K dringend aan een nieuwe stelling toe.
De opmerkelijke keuze om hier twee gebruikte roeden te steken (en De Vrijheid van nieuwe te voorzien) werd gemaakt omdat De Vrijheid, waarin toen een volop functionerend graanbedrijf gevestigd was, een voor de bedrijfsvoering iets ander type roeden nodig had.

Maalvaardig maken kwam vijf jaar later, tegelijk met herstelwerk aan de molenromp. Arie van Voorden, die zijn vader inmiddels was opgevolgd, bleef hier tot augustus 1991 werkzaam (hij huurde de molen tot stellinghoogte), waarna hij zijn bedrijf beëindigde.
Sindsdien stond de molen leeg, met een onderbreking van febr. 1996 tot april 1998, toen de molenaars van de uitgebrande Walvisch hun winkeltje onderin deze molen voerden.
In het voorjaar van 1999 werden molenaarshuisje en de woning in de molen gerestaureerd.

In 2003 is veel aan de molen gebeurd: de gehele tweede en derde zolder; daarbij zijn tevens alle balkkoppen hersteld met kunsthars. De molenromp werd ontdaan van algen en mos en enkele scheuren onder de stelling zijn ingeboet. De rest van de molen is geschilderd, zodat hij er weer fris uitziet. Een zinken goot is rond de binnenkant van de stelling aangebracht om het regenwater af te voeren, dat van de romp boven de stelling komt.

Ondertussen gaf het metselwerk de nodige zorgen: vooral de bovenkant van de romp vertoonde scheuren. Om te kijken of deze nog 'werkten' werd in 2003 een groot aantal meetpunten aangebracht. Als gevolg viel het besluit om in het vroege najaar van 2013 te starten met groot herstel van het metselwerk.

In het voorjaar van 2014 werden beide roeden kaalgezet en later ook gestreken om gecontroleerd te worden op plaatdikte en levensverwachting. Verder werden werkzaamheden aan de staart voorbereid. Besloten werd om beide gelaste roeden te vervangen door nieuwe.
In juni 2014 zijn twee nieuwe roeden gestoken en een staartbalk aangebracht. Ook was het metselwerk inmiddels geheel hersteld.

Vanaf maart 2017 totaan de ingebruikname van De Walvisch als museum- en bakkersmolen in 2018 was de molenwinkel in De Drie Koornbloemen gevestigd.

Helaas heeft men, vanwege het inmiddels bekende probleem met de gedeelde roeden, de molen in april 2017 stilgezet. 18 december 2017 zijn beide gedeelde roeden verwijderd.
In mei 2018 werden de nieuwe roeden aangeleverd en deze zijn de 22ste van die maand gestoken. In juli was de molen weer geheel maalvaardig.