In 1454 werd de eerste molen van het latere waterschap Lopik, Lopikerkapel en Zevenhoven (2000 ha.) in gebruik genomen. Vanaf de dinsdag na Pasen dat jaar waren de ingelanden verantwoordelijk voor het gebruik en onderhoud van die molen. In latere tijd is de bemaling uitgebreid tot drie parallel geplaatste wipmolens.

De huidige molen werd gebouwd na het afbranden van zijn voorganger op 29 oktober 1772. Anthony van Lith nam op 30 december 1772 de bouw aan en reeds in april 1773 was de molen maalvaardig.

In 1933 werd de Voorste Molen gesloopt: op zijn fundering verscheen een diesel-schroefpompgemaal. In de Tweede Wereldoorlog werd, vanwege gebrek aan dieselolie, op elektriciteit overgegaan. Gemaal en elektromotor zijn nog aanwezig, maar buiten gebruik.
Omstreeks 1950 was de Achterste Molen door gebrek aan onderhoud nauwelijks meer maalvaardig te noemen. Als gevolg kwam deze buiten bedrijf en in 1961 volgde - voor die tijd eigenlijk al onbegrijpelijk - de sloop.

In 1962 werd de Middelste Molen door de plaatsing van een reserve-dieselgemaal overbodig en alleen nog voor noodgevallen in stand gehouden (wat wél betekende dat men de molen bleef onderhouden!).

In 1977 startte in de Lopikerwaard een groot ruilverkavelingsproject. Oude bemalingsinrichtingen, zoals ook de Middelste Molen, waren meestal niet meer nodig. In 1992 werd de molen van de boezem afgesneden; er kan sindsdien alleen nog in een (overigens zeer ruim) circuit worden gemalen.

In 1993 werd het bovenhuis aangepakt en in 2004 volgde het metselwerk van de waterlopen. Na deze laatste ingreep kon het scheprad weer worden gebruikt: op 5 juni 2004 gaf dat voor het eerst in tijden weer water.
In 2007 en 2008 vond een uitgebreide restauratie van de ondertoren plaats, waarbij het ondertafelement volledig werd hersteld; ook het voor een groot deel uit 1903 stammende rietdek werd vervangen.

Evenwel werd rond de jaarwisseling 2018/19 duidelijk dat deze molen op enkele punten in minder goede staat verkeerde en wel zodanig, dat besloten moest worden tot stilzetting.
Grootste problemen daarbij waren de lekkage van de fundering, de beruchte onderloopsheid en het bovenhuis, dat ondanks eerder rechtzetten toch weer enigszins aan het verzakken was. Ook was in de koker de bonte knaagkever aangetroffen. Niet in het minst: beide roeden, ruim 40 jaar daarvoor uitvoerig gerepareerd, moesten weer worden nagekeken.

Op 2 en 3 september 2019 werden beide roeden gestreken om elders grondig te worden herzien. Omdat geen grote kraan bij de molen kan komen, ging dat strijken nog op de klassieke manier, met lier en roedenslof.
Eind september dat jaar startte de eerste fase van de restauratie. De frontmuren van de voorwaterloop die deels wegzakten werden opnieuw opgemetseld en kregen ook een nieuwe damwand. Het metselwerk van zowel voor- als achterwaterloop werd hersteld en ook kwam een nieuwe beschoeiing.
In een latere fase moest gewerkt worden aan beide roeden, trap en diverse andere delen en dit nam de nodige tijd in beslag. Ook in 2020 is volop aan de molen gewerkt. Eind juni 2021 keerden beide roeden terug en al kort daarna werden zij gestoken. Op 15 juli 2021 maalde deze molen voor het eerst in tweeënhalf jaar.

Enige verdere wetenswaardigheden van deze molen: 
- Een opmerkelijk constructiedetail is dat bovenwiel en -schijfloop hier 'zuiver' op elkaar draaien: 76 kammen tegen 38 staven, ofwel 2 op 1. In de regel wordt het als nadelig beschouwd als aantallen kammen en/of staven in molenwielen op elkaar deelbaar zijn vanwege vermeende hogere slijtage. Hier staat het echter al in het bouwbestek! 
- In de ondertoren is, compleet met bedstee, een authentieke woonruimte aanwezig. Deze bleef, vooral door toedoen van de huidige molenaar, bewust in ongerestaureerde toestand bewaard.
- In 1991 had men het naast de molen staande, toen zeer bouwvallige, zomerhuisje gesloopt. Het bleef steeds de bedoeling, dit te herbouwen. In het vroege najaar van 2012 is dit gebeurd en zo staat hier als vanouds weer een klein huisje. 
- De wateras is, gezien de opschriften, gegoten in 1897. De polder bestelde echter pas in 1901 voor deze molen een gietijzeren wateras! Conclusie: de huidige wateras moet een 'sloopas' zijn. Dat kan ook op een andere manier worden geconcludeerd, want deze as is ook ingekort. Het hoe en waarom hiervan is nog niet duidelijk.