Molen De Otter, vroeger waarschijnlijk genaamd De Kleine Otter, is een in of kort na 1631 gebouwde paltrokhoutzaagmolen. Oorspronkelijk maakte deze molen deel uit van een groep van 12 houtzaagmolens, dat wil zeggen: elf paltrokken en één bovenkruier, die tussen 1630 en 1638 werden gebouwd op een tussen de Kostverlorenvaart en de westelijke stadsgracht gelegen terrein.
In 1638 wordt als eerste eigenaar Barend Willemsz. Prins genoemd. Andere namen van eigenaren in de 17de en 18de eeuw waren: Gelepey, Buys, Napels en Sodenkamp.

In 1817 werd de molen gekocht door Gerrit van der Beyl, waarmee de basis werd gelegd voor de latere firma Gt. van der Bijl. Het molenbezit van deze firma werd hierna uitgebreid met de aankoop van de naburige paltrok Het Luipaard in 1829, De Valk in 1835 en De Kool in 1860.

Vanaf ca. 1860 begon de economische neergang van de Amsterdamse houtzagerijen, maar de firma Van der Bijl was hiervoor minder gevoelig, omdat zij zich tevens met de houthandel bezighield. Haar molenbezit ging evenwel teniet als gevolg van stadsuitbreiding. Het hele terrein van de firma viel namelijk binnen Blok III van het in 1877 vastgestelde uitbreidingsplan van de stad.
Vermoedelijk verdween in of kort na 1892 als eerste De Kool, want in mei van dat jaar werd deze molen aan de gemeente verkocht. Het Luipaard en De Otter zijn waarschijnlijk tot in het begin van de 20e eeuw in bedrijf gebleven. Een foto van laatstgenoemde uit 1917 doet vermoeden dat De Otter toen al enige tijd buiten bedrijf was.

In november 1925 is De Otter, nadat de houten as gescheurd bleek, onttakeld. In 1931 is de eveneens onttakelde en inmiddels vervallen romp van Het Luipaard met bijbehorende molenwerf verkocht en kort daarna afgebroken. De ten noorden van De Otter gelegen paltrok De Eenhoorn was als laatste Amsterdamse windzaagmolen nog tot 1929 in gebruik, maar is in of vóór 1931 eveneens afgebroken. De Otter bleef, compleet met al het binnenwerk, als molenromp staan en handhaafde zich als zodanig, mét houthandel Van der Bijl, gedurende vrijwel de gehele 20ste eeuw. 

Belangstelling voor deze molen, als enig in de stad zelf overgebleven bewijs van het rijke Amsterdamse zaagmolenverleden, bleef. In 1977 werd De Otter op de monumentenlijst geplaatst en later volgden plannen voor een rehabilitatie. 
Deze laatste met groot succes: in 1994 startte een ingrijpende restauratie die in 1996 werd afgerond. Hierna was deze molen weer regelmatig in bedrijf. Als bijzonderheid kreeg deze molen een houten bovenas, evenwel met ijzeren roeden.

Grootschalige stedenbouwkundige ontwikkelingen bedreigden deze molen echter: verplaatsen was de dringende wens van molenliefhebbers; anderen meenden echter dat de molen ter plekke gehandhaafd moest blijven. In de zomer van 2006 bepaalde een rechter, dat de molen op zijn plaats moet blijven. Dit was voor molenaar Paul Rijkers aanleiding om ontslag te nemen.

Begin 2009 werd de molen weer draaivaardig gemaakt, maar veel gebeurde daarna niet meer. Ondertussen was vrijwel iedereen ervan overtuigd dat deze molen beter verplaatst kon worden (er waren volop plannen om De Otter naar Uitgeest te verhuizen), maar ter plaatse bleef verzet.
In november 2011 kwam op formele gronden de voorlopige beslissing, dat de molen niet kon worden verplaatst. Dit omdat de bevoegdheid voor het verlenen van de vergunning niet bij de rechtbank ligt, maar bij de stadsdeel van Amsterdam.
Voor De Otter betekent dat een voortzetting van de zeer onbevredigende situatie. Er werd niet meer gedraaid, alleen werd het wiekenkruis af en toe in een andere stand gezet. Ook raakte het bestuur van de stichting die deze molen in eigendom had gedesillusioneerd.

Tenslotte was er een groep vrijwilligers die daadwerkelijk aan de slag ging om, in de wetenschap dat de molen zeer waarschijnlijk toch niet meer verplaatst zou worden, ter plekke er het beste van te maken. In april 2017 begon men met het opknappen van de molenwerf. Op 19 mei draaide de molen, compleet met zeilen, voor het eerst in tijden weer. 
De bedoeling is dat er vaker aan deze molen en de directe omgeving zal worden gewerkt en tegelijk zoveel mogelijk zal worden gedraaid.
Op 4 augustus 2017 bepaalde de rechtbank dat de De Otter definitief op zijn huidige locatie blijft.
Dit heeft onverlet gelaten dat de molen, nog steeds door een groep vrijwilligers regelmatig in beweging gezet en onderhouden wordt. Inmiddels is houthandel Van der Bijl weer eigenaar.

In 2022 en 2023 is hard gewerkt aan het fatsoeneren van de grote molenwerf; enkele zaagloodsen werden grotendeels vernieuwd, nadat zij eerst een nieuwe fundering hadden gekregen. 
Al met al blijft De Otter met zijn zaagloodsen een merkwaardige enclave in Amsterdam! 

Constructie
De Otter is een vrij kleine molen die evenals verscheidene andere Amsterdamse molens een rechts geplaatste kraan had. De andere overgebleven Nederlandse paltrokken en de overgrote meerderheid van de verdwenen molens van dit type, hadden de kraan links.
De romp van de molen is samengesteld uit eiken- en grenenhout, waarbij ook gebruik is gemaakt van eiken krommers. Zo te zien zijn onder andere de kruisen in de wandconstructie al eens voor een deel vernieuwd, ongetwijfeld om de molen meer stijfheid te geven. Zeer opmerkelijk is ook de borstnaald: die is gemaakt van een oude houten roede, die nog bedoeld is geweest voor een dwarsgetuigd wiekenkruis! Het beeld dat deze molen biedt maakt het aannemelijk, zo niet waarschijnlijk, dat hij inderdaad van omstreeks 1631 dateert. 

Opvallend is, dat de krukas hier aangedreven wordt door een schijfloop in plaats van een varken met kammen. Het bovenwiel wijkt daarom ook af: het bestaat uit een apart vangwiel en een direct hierachter geplaatst 'sterwiel'.
Er zijn drie zaagramen, waarvan het achterste voornamelijk als pompraam lijkt te hebben gewerkt.