De eerste molen op deze plaats werd gebouwd in 1845; deze brandde op 28 mei 1917 na blikseminslag af. Er moest een nieuw maalwerktuig komen.
In het vakblad De Molenaar waren op 14 februari 1917 al de eiken as, Amerikaans grenen roeden en de gehele bovenbouw van een houtzaagmolen in Leeuwarden te koop aangeboden, ofwel: er stond een molen voor de sloop te koop. Zodoende kon er snel worden gehandeld en heeft men de molen hetzelfde jaar in Marrum kunnen herbouwen.

De Phenix bleef lang in bedrijf: tot ca. 1970 werd de polder Ferwerd voornamelijk op windkracht bemalen, al was er na 1945 wel een dieselmotor geplaatst voor geval er onvoldoende wind was.
Later werd de molen ook van de Friese boezem afgesloten; als gevolg is alleen malen in circuit nog mogelijk.

In februari 2016 werd de molen voorzien van een nieuwe stalen vijzel, die een houten vijzel (uit 1982) verving. Aardig was ook dat de dieselmotor, die hier bewaard bleef, werd gereviseerd en in principe kan worden gebruikt. Daarbij blijft het dan wel bijzonder jammer dat hier alleen circuitbemaling mogelijk is.
De Phenix is ook in gebruik als lesmolen voor het Gild Fryske Mounders.

Op 24 april 2024 zijn beide uit 1977 daterende gelaste roeden vervangen door nieuwe.