Het kleine Aalburg moet al veel eerder dan 1872, het jaar waarin deze molen werd gebouwd, een korenmolen gehad hebben. Reeds in de achttiende eeuw staat er een molen, eigendom van ene A. Duijsers. Deze maalderij op windkracht is verloren gegaan.

Waarschijnlijk zijn het twee broers Den Hoet geweest die de nieuwe molen laten bouwen. De familie Den Hoet verkoopt De Twee Gebroeders in 1896 aan P. Vos uit Genderen, die met zijn zoon H. Vos de molen zestig jaar in gebruik heeft.
In deze periode worden de nodige moderniseringen aangebracht. Zo werd een stalen koningspil met gietijzeren spoorwiel aangebracht, waardoor er met vier koppel maalstenen gewerkt kan worden. Door middel van eveneens gietijzeren rondsels worden de maalstenen aangedreven. Jacobsladders, een centrifugaalbuil, zakkenklopper en draaibank maken De Twee Gebroeders tot een echte productiemolen. Tegen de molen wordt een motorhok geplaatst, de dieselmotor kan bij windstilte de koningspil aandrijven waardoor er toch gemalen kan worden. Ook het wiekenkruis wordt veranderd en voorzien van het systeem Van Bussel.

Helaas ging de Tweede Wereldoorlog aan De Twee Gebroeders bepaald niet voorbij en raakte hij ernstig beschadigd: het gevlucht was deels kapotgeschoten en bovenaan de romp zaten enkele grote gaten.
Gelukkig volgde direct na de oorlog herstel, waarbij gebruik gemaakt werd van onderdelen van de verwoeste korenmolen van mulder Van Hooff, die op de wallen van Heusden had gestaan. Mulder Vos kreeg daarbij steun van jhr. mr. F. van Rijckevorsel, bestuurslid van De Hollandsche Molen, zo vermeldt de uitnodiging voor de opening van de molen op zaterdag 21 december 1946. De molen heeft toen onder meer een andere bovenas gekregen.

In 1954 deed Vos De Twee Gebroeders over aan de Coöperatieve Boerenbond van Aalburg, die de windmaalderij beëindigde en de molen als opslagruimte in gebruik nam. Na de liquidatie van die coöperatie in 1963 was de molen nog vijf jaar eigendom van de eier- en boterhandelsfirma E.A. van Ballegooijen en Zoon. De molen zelf raakt ondertussen in verval. Rond 1966 was de toestand slecht: zo was de stelling deels verdwenen.

In 1968 nam de Molenstichting Het Land van Heusden en Altena de stellingkorenmolen over. Een restauratie werd voorbereid, maar die kon pas vier jaar later plaatsvinden.
Het motorhok werd toen gesloopt, de restanten van de gietijzeren gaandewerken verwijderd. Een nieuwe koningspil werd aangebracht, alsmede onderdelen, afkomstig van de in juni 1969 gesloopte grondzeiler De Graanhalm te Wissenkerke (Zld.). De molen draait daarna regelmatig en maalde af en toe. 

Toch kon niet voorkomen worden dat de staat van onderhoud daarna weer achteruitging. De Molenstichting Het Land van Heusden en Altena kreeg te maken met enkele bijzonder grote projecten, zoals de verplaatsing en restauratie van De Witte Molen te Meeuwen en de reconstructie van de door brand zwaar beschadigde Noordenveldse molen. Herstel van de Aalburgse molen moest daarom wachten. 

In 1996 was "De Twee Gebroeders" aan de beurt: inmiddels waren grote gebreken geconstateerd en het was al niet verantwoord meer, te draaien. Jan den Besten - die ook de herbouw van de Noordeveldse had begeleid - had al een bestek voor een grote herstelbeurt gemaakt.
Draaivaardig maken stond voorop, maar er was ook een totaalplan, dat voorzag in een maalvaardige molen. Eerste doel was herstel van metselwerk en gevlucht.

De Hollandsche Molen heeft in haar jubileumjaar 1998 de Molenstichting Land van Heusden en Altena niet in de steek gelaten: De Twee Gebroeders werd betrokken als zuidelijke molen in de actie 4 Windstreken, waarbij voor vier molens in Nederland extra geld werd ingezameld. Restauratie werd snel ter hand genomen.

Bij de zware storm van zondag 27 oktober 2002 kon een alerte vrijwillige molenaar het op hol slaan en verongelukken van deze toen nog in restauratie zijnde molen voorkomen.
Op 5 september 2003 nam men de geheel gerestaureerde molen feestelijk in gebruik.

Na jaren van alleen maar draaien, maalde deze molen vanaf de zomer van 2017 ook weer. Tezamen met buurmolen 'De Hoop' te Veen maakt De Twe Gebroeders onderdeel uit van een maalbedrijf. Wekelijks worden hier voornamelijk biologische granen gemalen.

Over de in de molen aanwezige maalapparatuur kan nog wat worden vermeld: mengketel en graanpletter zijn afkomstig van de maalderij van Toon Rombouts in Elshout, het motorkoppel komt uit de Anna te Keent (Weert) en de borstelbuil is vervaardigd door molenmaker Kees Straver uit Almkerk.

De huidige lange spruit is gemaakt van de Derckx-roede nr. 20 (1969) van de Noordenveldse molen te Dussen. Die was na de brand van die molen afgekeurd.
Van het uit Wissenkerke afkomstige gaandewerk is bij de laatste grote restauratie vrijwel alles vervangen omdat het meeste aangetast was door houtworm. De kruisarmen van het spoorwiel waren nog goed maar zijn hier niet meer gebruikt en in plaats daarvan beschikbaar gesteld aan 'De Jonge Sophia' te Groot-Ammers.

Opmerkelijk is ook dit: in september 2012 werd de oude metalen staartbalk door de fa. Straver vervangen door een nieuw stalen exemplaar. De oude bleek een deel van een Potroede waarvan het nummer, 795, nog leesbaar was. Bijzonder, omdat hier ook een binnenroede met numer 796 heeft gezeten. De vraag is nu: zijn de Potroeden 795 en 796 origineel voor deze molen geleverd, wat gezien het bouwjaar van de molen heel goed mogelijk is, of is er ooit een set slooproeden van een andere molen aangekocht? Maar in 1902 bestelde molenaar Vos voor deze molen een nieuwe buitenroede, die als nummer 1923 had. Heeft die in dat geval de 795 vervangen?

Op 10 juni 2022 bracht de fa. Straver op de buitenroede nieuwe aluminium fokken (met remkleppen) aan. Ondertussen zijn de molenaars bezig met de installatie van een tweede koppel maalstenen. Naar de stenen zelf hoefde men niet lang te zoeken: die bevonden zich in het dijklichaam vlakbij de molen en hebben daar vermoedelijk meer dan 50 jaar gelegen!

De vele investeringen in deze molen namen niet weg dat in de molen nog steeds de gevolgen van de oorlogsschade merkbaar zijn: het metselwerk is indertijd dusdanig beschadigd dat dit hier en daar lek is. Omdat in deze molen inmiddels een professioneel graanbedrijf werkt, is een waterdichte romp min of meer een vereiste. 
Begin 2024 is de molen in de steigers gezet om alles na te kunnen kijken. Inmiddels is besloten, de stenen romp te voorzien van een nieuwe pleisterlaag.