De oudste geschiedenis van deze molen is door raadselen omgeven: hij is hier in 1823 gebouwd maar er zijn aanwijzingen dat de molen ouder is en eerder in die regio heeft gefunctioneerd, maar dan als poldermolen. 
Hopelijk wordt hierover ooit nog meer gevonden dan alleen aanwijzingen. Hoe dan ook: de huidige uitstraling, op de opmerkelijk hoge gemetselde onderbouw, maakt deze molen onmiskenbaar.

Tot 1947 bleef deze korenmolen met windkracht in bedrijf. In dat jaar verkocht Thomas van der Does zijn molen aan de gemeente Wilnis en zette elders in het dorp het bedrijf met een motormaalderij voort. 

In 1965 volgde een provisorische herstelbeurt. De molen bleef stilstaand monument en werd ingericht als museum. Dat bleek geen goed idee: al spoedig was dit een rommeltje. Positief hierbij was dat het gaandewerk al die tijd, ongerestaureerd, intact bleef. 

Na in 1971 in eigendom te zijn gekomen van de Stichting De Utrechtse Molens, volgde in 1972/73 een grondige restauratie tot maalvaardige korenmolen.
Vanaf september 1973 was Karel Dolman, vrijwillig molenaar van het eerste uur, hier molenaar. In de beginjaren werd er veevoer gemalen voor de malerij van de opvolger van de oud-eigenaar, Ad van der Does.
Jan van Beek, woonachtig te Woerden en in die jaren zeer actief bezig met het reviseren van maalstenen, maakte het hier aanwezige koppel weer geschikt voor het malen van consumptiemeel. 
Na het overlijden van Karel Dolman was zijn zoon Maarten, tot zijn vertrek in 1988 naar de toen gerehabiliteerde Windotter te IJsselstein, hier molenaar.

Eind 2021 heeft men deze molen, net als vele andere van de SDUM, preventief stilgezet: onderzoek naar de kwaliteit van de roeden had problemen aangetoond. Een oplossing voor deze molen is nog niet op korte termijn voorzien: de molens van de SDUM met problematische roeden worden stuk voor stuk van nieuwe roeden voorzien, maar de Veenmolen staat helaas laag op de prioriteitenlijst, vervanging wordt niet eerder verwacht dan begin 2025. 

De bovenas
Op het eerste gezicht doet de 'overhoekse' ster op de walpenplaat denken aan het fabricaat Boddaert. Maar: assen, afkomstig van deze destijds te Middelburg gevestigde ijzergieterij, zijn en worden uitsluitend aangetroffen in Zeeland. Het exemplaar te Wilnis zou in dat geval behoorlijk 'verdwaald' moeten zijn (iets wat overigens mogelijk is). Maar diverse constructiedetails, zoals vorm en zwaarte van de ribben, wijzen op een ander fabrikaat. Jan de Witte, Boddaert-expert uit Zoutelande, stelde na grondig onderzoek dan ook vast dat dit geen Zeeuwse as kan zijn, een conclusie die de redactie van de Nederlandse Molendatabase overnam. 
Dit 'onbekende' fabricaat past overigens uitstekend bij deze molen, waarvan met name de oudere geschiedenis tot de dag van vandaag een interessant raadsel is!