De molen werd in 1907 door molenmaker Hazenberg uit Briltil voor K. Dijkstra gebouwd, ter vervanging van een op 4 augustus 1906 afgebrande molen. Die molen was gebouwd in 1834.
Voor de herbouw maakte Hazenberg gebruik van de in 1906 gesloopte koren- en pelmolen van Oostrum bij Dokkum. Het achtkant was voor de onderbouw van de afgebrande voorganger iets te breed; daardoor staan de achtkantstijlen nu letterlijk alleen op de acht hoekpilasters! Het stenen tussenstuk moest aan de binnenkant sterk worden uitgespaard voor de acht stijlen. 

Het meest opmerkelijke feit uit de geschiedenis van deze molen: op 1 november 1951 stortte de stelling naar beneden, met drie personen erop. Niemand raakte ernstig gewond. Vervolgens stond de molen er, zonder stelling, ruim 13 jaar tamelijk hulpeloos bij.
 
In 1964 kocht de gemeente Zuidhorn de molen van J.A. Hummel en liet hem kort daarna herstellen: in 1966 werd een maalvaardige molen opgeleverd. In 1981 volgde een tweede restauratie.

In november 2009 werd de molen stilgezet als gevolg van de matige staat van - wederom - de stelling. In oktober 2010 begon de fa. Dunning met de vervanging ervan. In 2011 volgden werkzaamheden aan de staart: staartbalk gerepareerd en iets ingekort en nieuwe lange en korte schoren. 

In september 2022 besloten de molenaars, deze molen stil te zetten, vooral vanwege de matige staat van het hekwerk. Men heeft vervolgens de zeilen en de borden weggenomen.
Later dat jaar heeft de molenmaker de nodige werkzaamheden verricht waardoor de molen weer kan draaien. Er moet evenwel nog meer gebeuren.
In februari 2023 maakte de Eben Haezer weer zijn eerste rondjes. 

Een interessant constructiedetail: het spoorwiel is een oud bovenwiel uit Friesland. Op de nog aanwezige plooistukken met kamgaten is de spoorwielvelg gemonteerd.