De windbrief voor deze molen was uitgereikt aan Cornelis Abrabamsz Relk en Dirk Claasz. Groot en gedateerd 6 februari 1722. Op 4 september daaropvolgend werd de molen opgenomen in een assurantiecontract ten name van Cornelis Relk in compagnie, zodat de molen in of kort voor 1722 zal zijn gebouwd.
In 1781 kwam de molen in bezit van de familie Trip die hem in 1878 in eigendom overdeed aan Jan Dekker Azn., die hem op zijn beurt in 1889 weer verkocht aan ene De Vries.
Hij zou toen al niet meer als pelmolen in gebruik zijn geweest; volgens de Zaanse molenkenner Pieter Boorsma heeft de verbouwing tot doppenmolen pas in 1899 plaatsgevonden.

Het vermalen van doppen vond plaats tot 1918, in welk jaar werd overgegaan op het vermalen van zaagsel tot houtmeel, een product dat destijds als grondstof werd gebruikt voor de fabricage van linoleum. Dit bepaald brandgevaarlijke werk heeft de molen overleefd, dankzij het vakmanschap van de twee molenaars De Vries. In augustus 1954 gingen zij op eigen initiatief met pensioen. G. de Vries was daar toen 55 jaar molenaar geweest.

In 1955 werd Het Prinsenhof gekocht door de Gebr. Laan te Wormerveer, eigenaars van de pellerij Mercurius aldaar, met de bedoeling er weer een pelmolen van te maken. De reconstructie tot pelmolen was een succes; de belangstelling daarna evenwel gering. Daarom verkocht men de molen in 1961 voor ƒ 6.000,-- aan Vereniging De Zaansche Molen. Deze liet Het Prinsenhof nadien weer min of meer regelmatig draaien. 

Na een restauratie, uitgevoerd in 1970-1972, waarbij onder meer de kap grotendeels werd vernieuwd en een nieuwe roede werd gestoken, zijn pogingen gedaan om de molen weer te laten pellen. In 1978 werd dit, na tussenkomst van enige Groninger peldeskundigen, weer mogelijk. De molen heeft sindsdien regelmatig gedraaid waarbij soms werd gepeld, maar dit laatste bleef problematisch, vooral vanwege twee ongeschikte en niet goed op te hekken roeden.

Op 8 februari 2008, ruim 35 jaar na de laatste herstelbeurt, streek men de buitenroede als aanzet tot een nieuwe, veelomvattende, restauratie. Zo zijn windpeluw en middelbalk vervangen en is de kap veel meer in proportie tot de vroegere situatie gebracht: kapspanten en gordingen zijn daartoe eveneens vernieuwd.
De molen kreeg nieuwe roeden, helemaal bestemd voor een 'pelmolenkruis', dus met een zeer diepe schoot en brede windborden. Men had daartoe ook een oude Potroede, afkomstig van De Bijenkorf te Gemert (die tot 1908 als pelmolen 'De Veenboer' in Zaandijk, hemelsbreed niet ver van Het Prinsenhof, stond) naar de Zaanstreek teruggehaald om als voorbeeld te dienen. De feestelijke ingebruikstelling na deze ongewone herstelbeurt vond plaats op 25 april 2009. 

In de zomer van 2015 werd begonnen met het vervangen van boventafelement en kuip. Daarbij boekte men een forse tegenvaller: de bovenzijden van enige achtkantstijlen bleken aangetast door de bonte knaagkever. Al met al duurde dit werk daarom langer dan was bedoeld. Maar in november 2015 pelde de molen weer!

In het late voorjaar van 2017 heeft men de molen stilgezet als gevolg van de problemen rond de gedeelde roeden: de in 2008 gestoken roeden moesten worden vervangen. Eind 2017 waren nieuwe roeden geleverd en deze werden, nadat zij elders al waren opgetafeld, in de tweede week van januari 2018 gestoken. Dit steken gebeurde op klassieke wijze met een antieke kaapstander en takels. Begin februari was men volop bezig met de ophekking. Niet lang daarna was de molen weer maalvaardig. 

Constructie
De romp en de schuur van deze molen zijn nagenoeg geheel van grenenhout gemaakt. Het onderachtkant, dat een bintlaag heeft en in slechts drie velden een veldkruis, staat op vrij hoge penanten. De begane grondvloer ligt dan ook op ca 1,2 m. boven het maaiveld. Op het onderachtkant staat een bovenachtkant met twee bintlagen en een waarschijnlijk pas later ingebrachte tussenzolder.
In elk veld van het bovenachtkant zijn drie veldkruisen aanwezig waaronder een ter plaatse van de kapzolder. Aan inkepingen in de achtkantstijlen is te zien dat er vroeger een andere verdeling met slechts twee kruisen per veld moet zijn geweest. Op de kapzolder is aan de binnenzijde tegen de stijlen nog een geheel rondgaande gording aangebracht, waarvan de functie niet duidelijk is.
In de vloerconstructie ter hoogte van de stelling zijn twee koppel pelstenen aanwezig, die afkomstig zijn uit de pellerij Mercurius te Wormerveer en in 1956 aangebracht. De waaierij wordt via een snaaraandrijving vanaf de bolspil van het zuidelijke koppel stenen in beweging gebracht. Eerder gebeurde dit via de bolspil van het noordelijke koppel, maar uit onderzoek bleek dat dit vroeger anders is geweest.
De korenharp, tweebaksharp en warme schepperij worden met snaren via een derde schijfloop, de zgn. 'dooieman', aangedreven; de koude schepperij vanaf de koningspil.

Naast de molen bevindt zich de hut, een houten schuurtje met een stookplaats, dat als verblijfplaats diende voor het personeel wanneer dit niet aan het werk was, bijvoorbeeld tijdens het schaften of in geval van te weinig wind.
Helaas werd op 2 januari 2008 deze antieke hut getroffen door brand(stichting). Door snel optreden van de brandweer bleef de molen gespaard. De hut werd geheel verwoest maar is snel daarna herbouwd.