De huidige molen is zeer waarschijnlijk gebouwd rond 1675, als vervanger van een molen (mogelijk uit 1535) die in het 'rampjaar' 1672 door Franse troepen werd vernield. Lang is 1696 aangehouden als bouwjaar, vooral omdat op twee kokerplanken dat jaartal met grove cijfers is geschilderd. Aan het einde van de 20ste eeuw werd echter door Jan den Besten vrij overtuigend aangetoond dat dit waarschijnlijk komt door een onjuiste interpretatie van de acte waarbij de waterschappen van Kortrijk en van Gieltjesdorp in 1691 werden samengevoegd. Tevens is door jaarringenonderzoek van het hout in de molen vastgesteld dat dit tussen 1668 en 1670 is gekapt. Juist omdat bekend is dat een aantal andere molens in deze omgeving eveneens door de Fransen zijn vernield, gaan we er nu van uit dat de voorganger van de huidige molen ook dat lot heeft getroffen. Inmiddels is er aanvullend bewijs: in archieven is een acte gevonden van een lening voor de herbouw van de molen vanaf 1674.

In 1899 vernieuwde men bovenhuis en kokerbalken. Het bovenwiel, dat op grond van de toepassing van acht smalle plooistukken zeer oud lijkt, blijkt verrassend jong: 1920. In dat jaar werd daarin voor ƒ 800,-- geïnvesteerd. Gezien dat (voor die tijd forse) bedrag moet worden aangenomen dat het bovenwiel toen geheel of vrijwel geheel is vernieuwd.

Tot 1912 woonde de molenaar in de ondertoren; daarna werd naast de molen een woning gebouwd. Als gevolg bevindt de oude woning ín de molen zich nog in de staat van ruim 100 jaar geleden.

Tot februari 1951 bemaalde deze molen de polder Kortrijk en Gieltjesdorp. In dat jaar raakte de molen, vanwege de aanleg van de autosnelweg A2,  zijn watertoevoer en daarmee functie kwijt. Rijkswaterstaat, verantwoordelijk voor aanleg en onderhoud van de nieuwe snelweg, werd ook eigenaar van de molen.
Langdurige stilstand volgde: tussen 1951 en 1982 is niet meer gedraaid. Alleen heeft men het wiekenkruis een paar keer in een andere stand gezet, met als jammerlijk gevolg dat het onderwiel, vanwege de inmiddels lekke wielbak, niet gedeeltelijk maar geheel verging!

In 1978 werd de Stichting De Utrechtse Molens eigenaar van de toen al behoorlijk vervallen molen. In 1982 volgde een grote herstelbeurt tot draaivaardige molen: zo heeft men toen het wiekenkruis vernieuwd.

Maalvaardig werd de molen bijna 10 jaar later: in oktober 1991 kon een met buizen geconstrueerd maalcircuit in gebruik worden genomen. Het onderwiel is ter plekke verbouwd en was grotendeels afkomstig van de Geremolen te Hazerswoude-Dorp, daar was dat overbodig geworden omdat die molen vervijzeld zou worden (iets waarover later anders werd besloten); het onderschijfloop is de vermaakte oude schijfloop van de Wingerdse molen te Bleskensgraaf (een wipmolen die wél werd vervijzeld). 

Ten tijde van de realisering van het maalcircuit waren plannen om deze molen te verplaatsen, omdat de verbreding van zowel de A2 als de spoorbaan de molen nog verder in de knel zou brengen, al geen optie meer: de gemeente Breukelen wilde deze molen, de enig overgeblevene op haar grondgebied, ter plekke behouden. Verplaatsing naar de Heikop, ten westen van de A2, zat er toen ook al niet meer in.
Later heeft men de windvang op de huidige locatie aanzienlijk verbeterd door het vellen van de populierenrij langs de A2 en kappen van alle bomen tussen noord en noordoost. Ook had de verbreding van A2 en spoorlijn geen verdere verslechtering van de windvang tot gevolg. Latere winst was, in het voorjaar van 2006, de sloop van de 'toegangspoort' tot het Chinese restaurant, vlakbij de molen. Daarna volgden de zoutloods en bouwketen van Rijkswaterstaat. Weer later werd de verrommelde directe omgeving veel overzichtelijker door de aanleg van een parkeerplaats met fietsenrekken en picknicktafels.

Kort voor de jaarwisseling 2018/19 stelde men vast dat de penbalk aangetast was door de bonte knaagkever. Vlak vóór Nationale Molendag 2019 was de molen met een fraai gerestaureerde penbalk weer bedrijfsvaardig; de balk is met ruim 15 liter epoxy opgevuld, aan de buitenzijde is daar echter van weinig te zien.

Eind 2021 heeft men deze molen, net als vele andere van de SDUM, preventief stilgezet: onderzoek naar de kwaliteit van de roeden had problemen aangetoond. Vervolgens haalde men de zeilen en de borden eraf en stond de molen te wachten op betere tijden. 
Begin februari 2024 werden beide roeden kaalgezet en op 3 april gingen zij eruit. Diezelfde dag nog werden de nieuwe roeden gestoken.