Reeds in 1556 werd de Mare(n)dijkerpolder opgericht als waterschap. Van 1748 tot 1752 was deze polder samengevoegd met de naastgelegen Kikkerpolder. Daarna bleef de polder tot de opheffing (vanwege vrijwel totale ontpoldering) tot 1 mei 1970 zelfstandig.

De huidige wipmolen is in 1735 gebouwd en moet rond 1840, vanwege de aanleg van de spoorlijn Haarlem-Leiden, ongeveer 100 meter vanaf de Haarlemmertrekvaart naar de huidige locatie zijn verplaatst.

Na het plaatsen van de Ericsson-installatie (een elektromotor via tussenwielen werkend op scheprad of vijzel) in de late jaren ’20 heeft men vermoedelijk al snel de windkracht niet meer benut.
Let wel: de Ericsson was steeds bedoeld als hulpmiddel bij te weinig wind, maar hier (en hier niet alleen!) werd in de praktijk de windkracht min of meer verdrongen.
De polder heeft de molen echter altijd in maalvaardige staat gehouden. Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd de windkracht weer benut maar daarna, tot 1970, weer de Ericsson. Die installatie is nog altijd maalvaardig. 
Lange tijd was hier P.G. van der Geer werkzaam. Reeds als jongen verving hij rond 1909 zijn jonggestorven vader en heeft daarna als molenaar en (vermoedelijk ook) machinist gefunctioneerd. 

Toen de gemeente Leiden de restanten van de polder overnam werd daarna verder goed gezorgd: tot ca. 1983 werd het wiekenkruis regelmatig in een andere stand gezet maar was draaien er, vanwege de slecht geworden omgeving, feitelijk niet meer bij.
Laat in 1960 zou deze molen zwaar beschadigd zijn geraakt bij een flinke storm, maar gezien de foto's uit die tijd lijkt dat nogal mee te vallen: alleen de binnenroede was gebroken. In 1961 werd alles keurig hersteld. 
Vanaf 1983 is er, nadat er nieuwe ijzeren roeden waren gestoken, weer regelmatig gedraaid en is bij voldoende wind ook het scheprad in bedrijf. Evenwel is het zo, dat de windvang uit vrijwel alle hoeken rond deze molen problematisch is. Malen kan deze molen alleen bij veel wind.

De molen werd in 2006 grondig onder handen genomen: binnenroede opnieuw opgehekt, buitenroede waar nodig hersteld, kruirad vervangen, lange schoren en spruit vervangen, evenals de zijbeplanking van de kast. In 2014 is ook het nodige gerepareerd aan het gevlucht.

In de zomer van 2020 is de molen stilgezet voor ingrijpend onderhoud: allereerst zijn beide roeden doorgeschoven en er is verder aan het gevlucht gewerkt. Daarna ging de molen in de steigers om het bovenhuis na te kijken en nadat diverse delen van het kleedhout waren vervangen volgde een grote verfbeurt. Begin november kon de molen weer draaien.

Evenwel kon dit molentje niet onder verder groot herstel uit: hij was al geruime tijd aan het verzakken en stond onderhand te laag ten opzichte van het boezempeil.
In april 2022 begon molenmakerij Verbij aan de ondertoren (o.a. nieuwe beplanking) en - zeer ingrijpend - funderingsherstel. Molen en molenerf zijn opgehoogd zodat deze weer aan de eisen van het Hoogheemraadschap Rijnland voldoen. Al met al nam deze klus veel tijd in beslag. 

Opmerkelijk: de moderniseringen bij deze molen zijn beperkt gebleven tot de ondertoren: niet alleen vanwege de al genoemde (en nog steeds maalvaardige) Ericsson-installatie, maar ook door de 20ste eeuwse bronzen lagers op de wateras. 
Het wiekenkruis is daarmee vergeleken bijna primitief gebleven: van 1735 tot de dag van vandaag een houten as en (tot 1984) houten roeden.