De Munnikkenpolder werd in 1457 gesticht. De oudste vermelding van een molen voor deze polder dateert uit 1486. In 1566 werd de molen naar de nieuwe locatie verplaatst (of werd op die plaats een nieuwe molen gebouwd). In 1834 werd deze wipmolen (of een opvolger daarvan) vervangen door een nieuwe.

Op 10 april 1890 verbrandde deze molen, kennelijk door nalatigheid van de molenaar, want die werd ontslagen.
De herbouw werd aangenomen door de fa. Melman uit Warmond voor ƒ 5375,--. De oude molen was gunstig verzekerd, namelijk voor ƒ 6400,-- en de molenmaker hoefde de boete voor de (net iets te) late oplevering daarom niet te betalen. Na de brand was de bemaling tijdelijk overgenomen door de molen van de naastgelegen Zijllaan- en Meijepolder. Zowel het polderbestuur als molenaar Rasser daar kregen een extra vergoeding.
Opmerkelijk is dat Melman op dat moment nog een wipmolen nieuw moest maken, namelijk de Lageveense molen te Lisse, van welke polder de molen eveneens was afgebrand.

De Munnikkenmolen bleef in bedrijf tot 1958; toen werd naast de molen een dieselgemaal gebouwd. Daarna werd er maar af en toe nog gemalen.

In 1964 werd de gemeente Leiderdorp eigenaar. Later, in de jaren '70 en '80 werd de Munnikkenpolder vrijwel geheel volgebouwd en gingen omgeving en windvang dramatisch achteruit. Evenwel investeerde de gemeente tot ca. 1980 behoorlijk in de molen; daarna volgden stilstand en verwaarlozing en stonden tenslotte beide roeden kaal.

Verplaatsing, waarover al vaker was gesproken, was nog niet aan de orde: in 2002/2003 werd de molen van nieuwe roeden voorzien en daarna weer af en toe aan het draaien gebracht. Vanwege de slechte omgeving was dat eigenlijk alleen nog bij W of NW-wind mogelijk.

In de zomer van 2007 gingen wederom serieuze stemmen op om deze molen te verplaatsen: de omgeving zou toch, door allerhande bouwplannen, alleen maar verder verslechteren. De beslissing werd genomen in de zomer van 2010: de molen zou naar de uiterste hoek van de Munnikkenpolder worden verplaatst, waar de Dwarswetering overgaat in de Does.

In december 2011 werden palen geslagen voor de nieuwe fundering en in april 2012 begon de werkelijke overplaatsing.
Nadat het wiekenkruis was verwijderd, werd de molen in de nacht van 9 op 10 mei in twee grote delen (ondertoren en bovenhuis apart) over bijna 30 kilometer gevaren, om uiteindelijk  uit te komen op een plek, enkele honderden meters van de oude locatie! De reden van deze enorme omweg was de grote autosnelweg A4, een onoverkomelijke hindernis.

Eenmaal overgeplaatst heeft de molen geruime tijd op voltooiing moeten wachten. Pas in het najaar van 2013 werden de werkzaamheden voortgezet, de roeden gestoken en de staart aangebracht. In het voorjaar van 2014 werd een maalvaardige molen opgeleverd. Op Nationale Molendag, 10 mei, was de molen voor het eerst voor publiek geopend.
Op 19 augustus 2014 werd deze molen, tegelijk met de Meerburgermolen, officieel in gebruik genomen. Bij deze gelegenheid werd het pad waaraan deze molens liggen, onthuld als 'Peter van der Voortpad'. Peter van der Voort was beoogd vrijwillig molenaar voor deze molen, maar overleed vlak voordat de molen klaar was.

Molenaars van deze molen:
Boudewijn 'Bou' Borreman I (1890 - 1933)
Boudewijn 'Bou' Borreman II (1933 - 1958, daarna op vrijwillige basis tot 1995).