De oudste vermelding van de Werkhovense molen dateert van 1395. De molen stond toen bij kasteel Beverweerd. In 1882 werd deze molen (beter gezegd: de laatste opvolger daarvan) afgebroken, waarna een nieuwe op de huidige plaats verrees.

In 1921 sloot men de molen aan op het elektriciteitsnet. De komst van een elektromotor betekende hier dat de windbemaling snel buiten gebruik kwam. Eerst werden de roeden gestreken en in 1933 verdween de kap.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog heeft de de molen nog een tijd als uitkijkpost gefungeerd voor de Duitsers. Vervolgens bleef de molen tientallen jaren staan als stenen romp.

De ommekeer kwam in de jaren '80 van de 20ste eeuw: in 1985 proclameerde Prins Carnaval dat de molen moest worden gerestaureerd. Als vervolg daarop werd een jaar later de Stichting Korenmolen Werkhoven opgericht, met als doel de molen maalvaardig te restaureren.

In 1993 werd de molen met veel hulp van vrijwilligers geheel bedrijfsvaardig gerehabiliteerd en kon op 14 mei 1994 officieel in bedrijf worden gesteld. In 2012 is er een klopbuil aangebracht.
Tegenwoordig wordt regelmatig gemalen voor natuurwinkels in de omgeving en ook voor particulieren.

Eind november 2021 hebben de molenaars deze molen voorlopig stilgezet omdat na onderzoek in de provincie Utrecht bij een grote groep molens getwijfeld werd over de technische staat van de roeden. Eind april 2022 stelde men na een nieuwe controle vast dat beide roeden van Werkhoven feitelijk niets mankeerde! Als gevolg ging deze molen kort hierna weer draaien.